吉州区位于江西省中部，地处赣江中游，吉泰盆地中心。地理坐标为北纬27º9′30″～27º17′50″、东经114º48′～115º7′25″。全境东西长31千米，南北宽28.5千米。东与青原区隔河相望，南、西、北三面均与吉安县接壤。北距南昌219千米，南距赣州210千米。片区图似三角形，城区被神岗山、天华山、真君山、螺子山三面环抱，千里赣江傍城北流。京九铁路、105国道、赣粤高速公路、武吉高速公路，承东接西，贯通南北。距南昌国际机场240千米，井冈山机场40千米，构成通往全国的全方位十字架交通格局，1小时航程，6小时车程，可通达周边8个省会城市。

吉州区是吉安市党政军机关驻地，为市中心城区。区党政机关驻城北吉安北大道6号。区辖6个街道、5个乡镇：古南镇街道位处城区南端，永叔街道地处城区中南部，文山街道地处城区中心，习溪桥街道地处城区中心，北门街道地处城区北端，白塘街道地处城乡结合部。兴桥镇地处城区西郊，距城区中心10千米；长塘镇地处城区北郊，距城区中心6.5千米；樟山镇地处城北郊，距城区中心8千米；曲濑镇地处城区西南，距城区中心10千米；禾埠乡地处城区南端。