据不完全统计，境内自唐至清末共创建书院363所，其中建于唐、五代的5所、宋代53所、元代21 所、明代104所、清代159所、年代失考者21所。有些书院在全省以至全国都有较大的影响。境内历代书院情况简介如下：唐代创建于唐代的书院有2所，即永丰的皇寮书院，吉水的泰东书院。
皇寮书院唐贞观年间（627〜649）,吉州郡通判刘庆霖退休后，在吉水醪桥固州西北的竹篁里（宋代划入永丰县境内）创建。到宋代，刘庆霖12世孙进士刘炎重修。
泰东书院唐乾符年间（874 -879）,解世隆在吉水县城东门外傅家桥建泰东书院。清康熙三十三年（1694）,县人重建。
五代创建于五代的书院有3所，即泰和的匡山书院，吉水的兴贤书院，庐陵的光禄书院。
匡山书院创建于五代十国时期的杨吴大和年间（930 - 934）,邑人罗韬曾以文学征授端明殿学士，他淡于声利，不久以疾辞归，隐居不仕，在泰和东匡山下（苑前乡书院村）建匡山书院，聚徒讲学。因书院办学成绩卓著，唐明宗令翰林学士赵凤手书“匡山书院”匾额，并赐敕书嘉励。书院至宋重和年间 （1H8 -1119）裔孙罗宏重修。书院曾征集诗文书稿，刻印文集汇编,现存有《匡山书院文选汇编》刻本。
兴贤书院创建于五代十国时期的杨吴末（934〜937）,创建人解皋谟，其他情况失考。
光禄书院在庐陵县富田。创办人刘玉,创建于南唐开宝二年（969,用北宋年号）。宋代创建于宋代的书院有53所。宋代，江西为理学创始人周敦颐及其集大成者朱熹与陆学、王学的创始人陆九渊、王守仁等理学家进行学术、教育活动的重要地区，为宋、明理学的发祥地。理学家以书院为其学术研究、传播发展的重要基地。境内的书院，有一部分是他们讲学之所，如吉水的仁文书院，即为邹元标聚徒讲学之所，泮东书院则为邹元标讲会地;永丰的双溪、云邱书院即为聂豹讲学之所。有一部分书院则为纪念他们而创立，如吉水的江阴书院即为祀罗洪先而建;求仁书院祀胡直而置；同仁书院则为合祀罗洪先、胡直而创立。
白鹭洲书院坐落在吉安城东白鹭洲上，宋淳祐元年（1241）,江西提举兼吉州知州江万里创建，并置田八百余亩，每年将租银50两给书院以赡学。
建院之初，建有文宣王庙、根星门、云章阁、道心堂、万竹堂、风月楼、浴沂亭等楼台亭阁，后陆续建山长厅、古心祠、逢原堂、景贤祠、六君子祠，斋舍（宿舍）、庖福（厨房、浴室）具备。现仍保存的古建筑有: 云章阁、风月楼、古吉台、泮月池。
书院初建时，山长无合适人选，江万里自立其事，自掌其教,其功业、道德、言论、风采深得士民爱戴。 淳祐六年（1246）,江万里经朝廷核准，延请庐陵名儒欧阳守道任山长。欧阳氏掌教数十年，以自己的德行，渊博学识,获得诸生好评，“所造就皆为伟人”，突出的有文天祥、刘辰翁、邓光荐等。特别是宝祐四年 （1256）殿试，吉州考取进士 39名，占全国进士中的五分之一，文天祥廷试擢为状元，事闻于朝，理宗御书额“白鹭洲书院”，以褒赐书院。与庐山白鹿洞书院、铅山鹅湖书院并称江西三大书院。景定三年 （1262）,吉州又取进士 47名，爱国诗人、著名文士刘辰翁、邓光荐等书院门生名列其中，书院影响进一步扩大,为吉安的各类书馆学馆起到了引导和示范作用。景定四年,理宗诏吏部授诸书院山长。随后继任白鹭洲书院山长（院氏）的，元代有曹奇、余天民、许山立、郭庆传、杨本岩、毛奇龄;明代有汪公重、黄州； 清代有郭標、伍诸禄、黄文则、蒋恒、符乘龙、冯秉忠、孔兴淅、宋治咸、刘绎、王邦玺、王廷植。在刘绎主持白鹭洲书院时，曾一科8人中举，声誉朝野。山长待遇:据清同治二年（1863）《曾太守兴复书院经费告示》，山长每年薪脯修金共钱400串，镇关洋钱20元，舆费、节礼共洋钱20元。
据《白鹭洲书院志》载，清同治二年，书院除山长外，还有斋长四名管理瞻学的租钱。设院斗一名负责门卫。设学长（相当于现在的班长）负责生童的勤惰登记。
到白鹭洲书院讲过学的主要有江万里、欧阳守道、郭公度、刘南甫、胡敬文、罗钦顺、邹守益、欧阳德、 聂豹、严台、胡直、钱一本、吴士奇、龚道立、王时槐、邹元标、李邦华、郭景昌、施闰章、张贞生、张自勋、杨洪才、毛奇龄、彭元瑞、陈源觉、孔兴淅、陈宗元等。
书院的课期:三月初启馆开课，至十月止,共课八个月。书院对生员、童生的课考制度很严格。清同治二年（1863）,吉安知府《告示》规定：白鹭洲书院每月初三由府署进行官考，十三日由庐陵县府进行官考,二十三日由山长进行考试。生、童升降结合这三次考试的成绩计算。如生、童连考三次前五名者，副课升为正课，附课升为副课;有连考三次后五名者，正课降为副课，副课降为附课;有抄录旧卷或内容雷同者扣课（扣考试分数）;旷课两次未经告（请）假者扣课;有放荡不遵礼法教条者除名（开除学籍）。每年定于十一月内甄别（总复核）次年书院肄业生、童。每年甄别书院生、童原卷存署（山长署），以便随时校对字迹，以防假替（弄虚作假或请人顶替代考），如有假替者扣课。课考经费:师课花红（教师主持课考报酬），每年共140串,官课另由官府发给。
书院除教学外，很注重自学，学生有日课簿记载每日的自学情况。提倡学生“以心身体认道理”。除了定期课考外,提倡学生共“拟题相为揣摩，或自见为是,不妨质之同人，或今见为非,不改改诸明日”。
书院订有馆规、馆例、学规。明万历间江太守订了馆例12条，其中规定每月三、八日各号房公堂会文，初一、十五于正堂会考。清代康熙间罗太守订了馆规13条，其中规定每月初二、十六进行课会，书二艺、经一艺,间试论、表、策各一篇，知府亲临课会。学规的主要内容有:学生平时要注意人品，不得到市肆游荡，有事外出必须请假。规定自立课簿，每日或看经书若干或读时文、古文、论、表、策、判、通鉴、性理若干，不日抽查。乾隆间王太守订的《学规》规定一月三课，以“八”为期，外课有屡考名列前茅者，即准入内课;内课有常殿后者,即改附外课。
学额及学生待遇:明万历间汪太守令每名生童每月供银3钱。清康熙间每月每名生童供给钱300 文，米1斛(合50升)。乾隆二十年(1755),书院正课额30名，正课膏火(学费)每月银一两，附课者不给。课日茶点每名二分，凡赴课者同给;三十八年增10人，共50人，皆为内课，膏火均平概给;三十九年复增内课额10人。道光三年(1823),在原额生童正副课外增额各20人，共100人。同治二年( 1863), 定取生员正课24名，每名膏火24串,定取生员副课24名，每名膏火16串;定取童生正课16名，每名膏火24串,定取童生副课16名，每名膏火16串;广取生童附课40名，每名膏火8串。
书院藏书除有“四书”、“五经”、“性理”、“纲目”之类一般通用的图书及民间流行的医卜星相及一切技艺等实用书外，还有历代名师鸿儒和哲人乡贤的言论、著作等重要图书。但由于年代久远，加之火灾水患、兵燹匪劫,藏书大都散失，流传下来的甚是寥寥。
为记载白鹭洲书院的历史，先后数次编纂了《白鹭洲书院志》。明嘉靖二十一年(1542),知府何其高与山长孔兴淅首纂《白鹭洲书院志》。其后于清康熙三十年(1691)、乾隆十九年(1754)和同治二年、九年重修了多次。同治九年纂修本(知府定祥任主修，刘绎总纂)至今尚存，其余已佚。
自南宋到清末，白鹭洲书院先后遭大的洪水灾害6次,3次毁于战乱，院址曾三度从洲上迁至城内。 书院时兴时废，先后修建、改建、重建计26次。清光绪二十九年(1903),白鹭洲书院改为吉安府中学堂。 民国时期，拆除原书院大门及左右两侧的先贤祠、古心祠，在原址上建中山院，并在其前方建文山院和阳明院,原书院大门四根石柱保留在新建中山院的两边。中华人民共和国建立后，洲上一直办有中学，现为江西省重点中学一一白鹭洲中学所在地。
龙云书院(又名东园精舍)在永丰县，为宋嘉祐间(1056〜1063)乡人刘炳、刘炽创建，建于东湖。 永新刘沆与安福刘算曾先后在此讲学。“自乡邑以达于闽、浙、楚、蜀诸豪杰，皆集门下为弟子”；“自宋元至清其教不废”。
濂溪书院(又名龙溪书院)在万安县县署西，临大街。宋仁宗时，周敦颐知南康军,偕二程(程伯淳、程正叔)来万安县讲学，后改任虔州通判，同赵清献讲学于龙溪及香林寺，“四方之士及门环听者甚众”。邑人沐先生之教者,于宋淳祐元年(1241)建祠以崇祀之，曰濂溪祠，后改为“龙溪书院”，丞相周必大曾记其事。龙溪书院是崇仰理学的书院。清康熙五年(1666),知县胡枢特建濂溪祠于书院;二十五年，知县黄图昌始榜“濂溪书院”。清咸丰六年(1856)遭兵毁。
元代元朝建立后，汉族知识分子纷纷隐归，士子亦耻于走科举求仕之途,书院随即锐减,元代吉安创建的书院仅21所,但永丰县却占6所:至元二十九年(1292)进士陈应沐与弟起元、起鸣创建的阳丰书院(曾获得朝廷赐额褒奖)；至大四年(1311)艾幼学创建的文儒书院;延祐元年(1314)曾靖翁创建的志欧书院;延祐四年曾德裕修建的武城书院;泰定四年(1327)刘鹑创建的浮云书院;至顺间( 1330 - 1333)进士陈植创建的中山书院。朝廷将书院纳入官府节制，然而民间仍有一批不愿由元廷主持的、不以书院为名的书院。万安的儒林义塾，安福的安田书塾就是其中的典型代表。
儒林义塾元至元末,刘桂平在万安县桂江邓林村建儒林义塾。元代最著名的经济学家，教育家吴澄,为万安刘氏儒林义塾所记的文中说到:“余考前代义塾之设，睢阳为首称，学舍四五百间，好义之家所自为而不属于官府,其后遂有天下四书院之号。五季衰乱之余，上无数,下无学，而士子读诵传习，犹幸不废者，其功为多。今日所以书院鳞比栉密，然教之之师，官实置之，而未尝精于选择,任满则去矣。养之费，官虽总之，而不能尽塞其罅漏，用匮则止矣。是以学于其间者往往有名无实，其成功之藐也。固宜刘氏义塾既不受官府之拘牵，则与睢阳之初一也。”吴澄不仅肯定这些义塾实为书院，还进一步提出了如何办好这些书院的许多见解。
安田书塾元泰定间(1324 - 1328),县人李辛翁及其子李刚在安福县城西五里建安田书塾。因未具文请于朝廷批准，又未经朝廷栓叙官员主持，所以未名之为书院。吴澄、欧阳玄为其撰记。李辛翁始建时，“礼殿府门、讲堂、斋舍多有其所，未几即世，规模有未备者,其子李刚慨然念先世美绩无加于此，遂割上田若干定为教育恒式，度凡可以经久而不废者——讲求而完美之”。
吴澄作为元代理学大师、著名学者曾至吉安讲学,吉安境内的书院多有为其撰记的。
明代 ,明初，朱元璋加强对书院的控制，撤并了大批书院。嘉靖以后官府曾四次禁毁书院,吉安境内一些与地方书院关系密切的人士如新涂练子宁被杀,并株连亲朋;永丰邹瑾、魏冕，新筮徐子权，泰和周是修等被迫自杀，有关的书院受到摧残。即便如此,明代境内仍建有书院104所。究其原因，一是与王守仁及其门人后学有密切关系;二是与地方抵制朝廷禁毁书院分不开。
明时吉安府各县有很多讲会式书院，如庐陵的青原会馆、依仁书院;安福的复古、连山、复真、道东、 识仁书院;泰和的萃和、云津、求仁书院;永新的崇正、明新书院;永丰的云邱、淤冈、太极、求志堂书院;吉水的石莲、仁文、淤江、泮东、曲江书院;万安的云兴书院。其中以青原会馆、西原会馆、复古书院、复真书院影响最大。
青原会馆青原会馆亦称九邑（庐陵、吉水、安福、龙泉、永丰、万安、永新、泰和、永宁）会馆。坐落在吉安市东南,距市区15华里的青原山麓。会馆有会规、会约、会期，有会田、会仓，有主盟之大儒,有经理之士绅。青原大会时，除九邑“同志”外，大江南北，不远千里，学者云集，绵起凡数十百年。时人将青原与白鹿、岳麓、石鼓相媲美。
明正德五年（1510）,王守仁（号阳明）任吉安庐陵知县,偕同安福邹守益在青原山讲“良知之学”，从此奠定了江西王学发展的基础。此后罗洪先、聂豹、欧阳德、王时槐、胡直、刘方兴、刘文敏、钱德洪、刘元卿、王畿、甘采都相继讲会于青原。春秋两季，吉安邻近5郡的士大夫们汇聚一堂,还吸引了江南甚至江北的王门学子，一同探讨“阳明心学”，在全国有较大影响。后因相继来讲会者众多，便于青原山僧舍之右创传心堂、五贤祠（祀王守仁、邹守益、罗洪先、聂豹、欧阳德），并置田四百亩。万历年间,吉水邹水标、 刘同升，泰和郭子章倡明“姚江之学”（阳明学派最早的讲会于余姚），会讲于此,研究理学风气甚为浓厚。寺僧本寂谓“佛不可溷,祖庭不可荒”，乃相与移建五贤祠及传心堂于谷口之北，旁建九邑会馆。清康熙八年（1669）,分守湖西道施闰章讲会青原，倡刘洞诸子，重修传心堂、五贤祠，传心堂右有学舍4间， 题额分别为“志道”、“据经”、“依仁”、“游艺”，堂左有居室3间。祠后增建明德祠，祀邹元标。并在山门外立“祖关”（颜鲁公书）坊,会馆内立“圣域”坊（“祖关”、“圣域”两坊石碑,今犹存）,会馆并置学田以膳学会。不久,青原会馆停办，学田归白鹭洲书院资肄生膏火。
复古书院明嘉靖十三年（1534），安福人邹守益以国子监祭酒致仕归里;十五年，邹与知县程文德倡建书院，取名复古，设安福县城东郊儒学旧基（今安福中学校址），为讲会式书院。
王门影响最大的讲会要数安福——青原的“惜阴会”。王门生刘邦采于嘉靖五年首创“惜阴会”于安福。《惜阴说》载:“同志之在安成（安福古称）者，间月会五日，谓之’惜阴’，其志笃矣！然五日之外， 孰非惜阴时乎？离群而索居,志不能无少懈，故五日之会，所以相稽切焉耳。呜乎！天道之运，无一息之或停;吾心良知之运，无一息之或停。良知即天道。”“知良之日运无一息之或停矣，则知惜阴矣。知惜阴者，则知致其良知矣！ ”每逢春秋两季,出青原山大会，凡乡大夫在郡邑者皆与会，从而四方同志之会相继而起,此乃惜阴为之倡也。直到明末复古之会仍然延续不断。
据聂豹记称:“学有古今,故人有古今,治亦有古今。欲还古治,当求古人，欲求古人，当复古学。”“阳明先生悼俗学之涂炭生民也，毅然倡道东南，而以良知为宗。盖良知者未发之中也，不学不虑自知为宗。 盖良知者未发之中也，不学不虑自知自能，故曰良知。有志之士闻风而从者,惟江西为盛,江西之盛惟吉安，吉安之盛惟安福。”故复古书院称雄一时，流芳后世。清光绪三十一年（1905）,书院改为学堂。宣统元年（1909），复古学堂易名“安福高等学堂”。现为安福中学。
复真书院院址设安福县南洲湖，亦称复贞书院。明嘉靖三十七年（1558）冬，邹守益首倡，与刘邦采、刘阳、尹一仁、周儒等就北真观废址建。刘阳题其堂曰：“砥德砺材”，题其楼曰“萃胜”，内藏书籍。 左为飞中阁，还有聚奎楼和祠宇等。明末，书院废圮，仅余聚奎楼清康熙、乾隆、道光年间多次重修葺治,恢复了萃胜楼，增建了魁星阁。
邹守益是江右王门(江西王学传人)的主要代表人物,他与诸子弟联讲会,而讲学之足迹遍江南,有人曾用“负墙侧聆者肩摩，环桥跋睹者林立”来形容邹守益讲学之盛况。复真之会，每岁一大会、三小会， 会聚以百计，而在青原、白鹭聚讲则听课常以千计。邹守益一生讲学皆以申论师说为旨归,特别强调“慎独”，其“慎独”观点,后来被刘少奇《论共产党员修养》一书所采纳。复真书院在全国享有一定声誉。 《复贞书院志》尚存，可知书院、讲会式书院之概况。
清末废科举后,该书院改为复真学堂,现为洲湖中学。书院旧址仅存萃胜楼及一对石狮。
西原会馆馆址在庐陵城(今吉安市)西门外能仁寺左(今能仁巷)，唐朝为吉州司户杜审言(杜甫之祖父)诗社,宋朝祭祀杜审言诸公于其社，号“诗人堂”。明隆庆元年(1567),王时槐、陈嘉谟倡讲会， 刘文敏、刘邦采、周祉、周禄、刘教、刘学朱、贺泾、贺祉等均临讲会。其会约定每岁季月有小会，九月有大会,四方来聚者千百人。万历八年(1580)置会田；十一年，王时槐、陈嘉谟倡建会馆，贺如川、刘少悟、邹述亭、刘凤阁等赞助。天启年间( 1621 - 1627 ),魏忠贤禁书院，“讲学之典郁而不彰”。崇祯元年 (1628),会馆恢复；次年，会馆遭火灾，堂室化为灰烬，知府吴炳章率绅士重建,明末毁废。
清代清初，朝廷曾下旨不许兴建书院，群聚党徒，然而对原有的著名书院仍然采取了笼络控制的政策，加上地方官吏把创办书院造就人才视为政绩，书院仍有较大的发展。清代吉安地区创办的书院达159所， 但发展较滥,书院本为古代的大学,但是至清代,许多小学程度的私塾亦充数期间。清顺治、康熙年间的吉安境内书院建设方面影响最大的，当属担任分守湖西道的著名学者施闰章。他创建庐陵的景贤书院、 修复吉水的仁文书院均名噪一时。
景贤书院在庐陵南关外仁寿山前(今吉安市商业步行街牌坊附近)，明代原有景贤祠祀王守仁。 康熙五年(1666)，施闰章在景贤祠旧址建讲堂，取名为景贤书院,施与张贞生等人讲学其间。次年，知府郭景昌、知县于藻等又加以修整，增建房屋，并取租以书院供给，聘山长、集生徒，景贤书院由此从宣讲式书院发展为聚徒式书院。
燕山书院位于遂川县堆子前镇鄢背村井下组，始建于清乾隆五十九年(1794),竣工于嘉庆十一年 (1806)。系从湖南迁徙而来的黄姓客家人兴建,乃一处仅供家族子弟研习的私人学府。
书院前有根星池、院门、马厩;尽管院中墙角屋檐有些破落塌陷，但整体建筑保存基本完整，总占地面积约3000平方米。书院正楼回廊曲折，错落有致;二进为书楼，两侧厢房与文昌阁相接，屋顶为假歇山顶。跨入二进大门，仰头就能看见直径为1米的鱼跃龙踞图。
书楼上下两层，大门两侧回廊有3个规则的小房间，回廊前后均有楼梯可登上第二层，在第二层也分有若干小房间。从众多规则错落的小房间分布来看，燕山书院实行的是分班教育。
在书院回廊和正楼的壁板上有百余幅中国彩绘图，均以古代传说典故为题材，内容为明理求学、修身仕途类。其中文臣武将、大夫仕女、书童侍从俱刻画得栩栩如生，数百张面孔、数百件服饰无一类同。 颜色光鲜亮丽，彩绘历经200年仍不褪色。
燕山书院是江西乃至全国家族私塾建筑文化的典型，已申报省级文物保护单位。
八角楼书院八角楼书院有两所，一所在今井冈山市黄坳水洲村，清乾隆年间(1736 ~ 1795),由江开明创建,永丰县状元刘绎曾在此读书,1960年被大水冲毁;另一所在今遂川县戴家埔乡淋洋村,清道光十三年(1833)由郭赞文创建，邑人岁贡生江泱、恩贡生巫先扬曾先后长期在此讲学。书院主楼高9. 64 米，占地420平方米。1984年8月15日，县人民政府公布为县级重点文物保护单位。
龙江书院清道光二十年(1840)春，宁冈县羊坳吴典勋在县城龙市河西倡捐创建，二十三年落成。 为当时宁冈及湖南茶陵、鄢县三县客籍绅民的最高学府。“书院前后三进:前考课座次、中明道堂、后孔圣殿,上建魁星阁。东三斋，西三斋，西北崇义祠，东北报功祠，东南经理局，西南守院所，共百间。院前泮池,外围墙，东西隅门。”因岁久失修部分倾塌，几经重修，仍感残破。1972年底，书院被焚。1974年， 按原来面貌重修。清光绪三十四年(1908),在此开办公立龙江高等小学校。1927年冬,在此办红军军官教导队。1928年,湖南秋收起义、南昌八一起义两支红军在龙市会师时,毛泽东、朱德、陈毅等在书院文星阁第一次会见,现为参观点。
攀龙书院清光绪年间(1875 - 1908),宁冈县四保茅坪等地绅耆谢冠南在茅坪倡捐创建攀龙书院。1919年，由黄应庚、谢生春等倡捐于攀龙书院办攀龙国民学校。1926年，袁文才在此办文治学校, 院舍规模渐次扩大，前后两进，楼上楼下房间数十，院前有余坪，院侧有山有祠，风凉清幽。1928年，在此设立红军医院。今作为参观点，原貌基本保留。
观澜书院明万历三十一年(1603),邑令郑耀(汝孚)捐俸创建。院址滨峡江县成子洲，名“观澜书院”。清康熙四十九年(1710)，南康通判许廷瑜摄县事,购城东民房一栋为肄业所;五十三年，署令林升烈厅廃若干间。乾隆三年(1738),邑令朱士依因其地喧溢，重建于凤凰山麓,城东原书院旧屋改作店房; 二十四年，邑令余丙新建前后各一栋五间，中间过亭一座,左右房各三间;四十一年,邑令邓廷辑改建于万寿寺侧。咸丰五年(1855),被粤兵烧毁;八年重修。光绪三十一年(1905),设县立高等小学堂。1913 年,吴仁山捐资建新式楼房一座，楼上宿舍十五间，楼下教室三大间。抗日战争时期，国民政府在此设军政部第三十六兵站医院，后改为峡江中学校舍。
清光绪三十一年(1905),废除科举制度，境内的书院先后改为学堂，实施班级授课制度，从此结束了境内书院千年的历史。