水系以赣江为主流，赣江主流吉安段有众多的支流分布在其东西两岸。所有的支流除莲花县的六市水流入湖南的绿水外,其他支流都汇入赣江，构成以赣江为中心的向心水系。境内以不同级别最终汇入赣江的、流域面积大于10平方公里的大小支流共733条，河流河网密度为0.4。其中大于100平方公里的一级支流共23条。东岸12条支流自南而北为良口水、武术水、通津水、云亭水、仙槎水、横山水、孤江、乌江、住岐水、沂江、湄湘水、狗颈水（又名澡江）；西岸的11条支流自南而北为皂口水、遂川江、土龙水、蜀水、杨溪、 禾水、横石水（又名文石河）、柘塘水、同江、黄金水、砚溪水（又名龙盘江）。在这23条一级支流中，流域面积大于1000平方公里的大支流有5条,其规模由大而小依次是禾水、乌江、孤江、遂川江、蜀水。
赣江主流赣江为江西的第一大河流，是流经区境的过境河。它是由源于赣州地区的章、贡二水在赣州市汇合而成，并由此得名赣江。赣江流向自南向北，在万安县涧田乡良口入境，纵贯区境中部，流经万安、泰和、 吉安县、吉安市、吉水、峡江、新干等县（市），于新干县三湖镇的蒋家出境,进入宜春地区的清江县永泰镇。境内河段长264公里，天然落差54米，干流吉安境内流域面积为29294平方公里，占赣江流域总面积的30. 8%，多年平均径流量:万安良口以上为283.4亿立方米,清江县永泰镇以上为523. 5亿立方米。 赣州至万安一段,流经变质岩区，由于岩性不同而受侵蚀的程度不一致,河床骤深骤浅，多礁石,水急滩险。著名的赣江十八滩有九滩在境内，即良口滩、昆仑滩、晓滩、武术滩、小蓼滩、大蓼滩、棉津滩、飘神滩、惶恐滩。在宋代曾凿石排险。1949年后又炸礁清滩。至1990年万安水电站的建成，形成集水面积为36900平方公里、库容量为22.16亿立方米、平均年径流量为299亿立方米的万安水库，险滩才被水库淹没。在万安境内,赣江纳江水后进入吉泰盆地，再穿行峡江变质岩区后进入冲击平地。新干以上河道除在峡江束窄为300余米处外均宽浅而多滩，农田分布多在盆地中心至新干平原逐渐开展。
赣江吉安段五大一级支流禾水禾水是赣江吉安境内最大的一级支流，也是源于境内的最大的河流。它是由禾水和泸水两条规模相当的河流在其下游吉安县曲瀨乡江口汇合而成。
禾水源出两处，主源出自武功山南麓的莲花县高洲乡东北部的塘坳里，该源流在莲花县境内称为莲江, 莲江由北北西流向南南东，纵贯整个莲花县,并在莲花升坊折向东流至碧江口进入永新县禾川，经永新的龙田、沙市在江畔与另一源流汇合;另一源头发于井冈山黄洋界西麓拐湖西北，由东南向北西，流经宁冈大陇、 葛田、龙市、古城于中江坪进入永新三湾乡境内并纵贯永新南部，流经埴背、枫渡，在江畔与莲江汇合形成禾水。两源汇合后的禾水向东流经永新城区、石桥、高桥，吉安县的天河、敖城、永阳、横江、高塘，在吉安县曲瀨乡江口与泸水汇合。禾水干流自南西向东北流,主河长256公里，流域面积3103平方公里，落差1202米, 主河道纵比降为0.59%。,流域平均坡度0.05米/公里，多年平均径流量78.3亿立方米。其支流溶江水系建有禾山水库和丰源水库；支流龙安水系建有洞口水库;斗溪水系建有斗上水库,其支流宁冈河上游建有灵坑水库、中游建有枫渡水库;其支流牛吼江上游六八河井冈山境内建有罗浮水库。 泸水发源于安福县钱山乡五里山，由西向东贯穿安福县境中部，流经大布、钱山、洋溪、严田、横龙、 江南、平都、枫田、竹江进入吉安县浬田、固江，在吉安县曲瀨江口与禾水汇合。泸水干流自西北向东南流，落差864米,主河长160公里，流域面积3400平方公里,主河道纵比降为0.59%。，流域平均坡度0.08 米/公里。其上游武功山东南麓建有全区4座大型水库之一的社上水库，其控制集水面积427平方公里， 总库容2.034亿立方米,多年平均径流量4. 66亿立方米。其支流泸溪上游永新县芦溪乡境内建有繁荣水库;其支流陈山水的谷源水上建有谷口水库、柘田水上建有柘田水库;在吉安县梅塘乡境内的支流还建有福华山水库。
禾、泸两水汇合后，东流20公里，流经腊塘、禾埠桥、余家河，最后在吉安市神冈山南麓汇入赣江。 禾泸水长256公里，流域面积9103平方公里,多年平均径流量71.92亿立方米。禾、泸两水汇合后,到赣江入江口的那一段，人们仍习称其为禾水。- 乌江又名恩江，是赣江干流吉安段第二大支流。它发源于永丰县中村乡的社公坑与宁都县交界的零山山脉中的牛牯山东侧,源流作北西流向抚州乐安县，经乐安县的招携镇、牛田镇后折向西流，在永丰县七都乡的牛山再次入境，继续向西流经永丰县七都、永丰县城区、富溪、八江和吉水县丁江、乌江，在吉水县文峰镇汇入赣江。乌江在永丰境内称恩江，进入吉水县后称乌江。境内河流全长171公里，落差660米，主河道纵比降为0.87%。,流域平均坡度0. 06米/公里，流域面积3883平方公里,境内流域面积2515平方公里，全流域多年平均径流量33.4亿立方米,境内多年平均径流量32.7亿立方米。其上游永丰北坑乡境内建有返步桥水库;其支流藤田河上游建有高虎脑水库;其支流白水门水中游建有白水门水库。
孤江又名消龙河、浓冈河、注江，古称明德水。它是赣江干流吉安段第三大一级支流，源出两处:主源孤江源于赣州地区兴国县良村乡上游10公里的田心坪山中。该源流作北北西流向从永丰县杜溪入境，流经永丰县龙冈、潭头，在永丰与吉水交界处的吉水南坪与另一源流汇合。次源滋江源于永丰县东部山区老马石东麓,源流作北西流向流经永丰县水浆、沙溪,在南田进入吉水县后于南坪与孤江汇合。两江汇合后作近正西流向，流经吉水县白沙、水田、富滩和吉安县值夏，在吉安县张家渡汇入赣江。河流总长162公里，境内长148公里，流域面积3103平方公里,境内流域面积2318.6平方公里。主河道纵比降0.089%。,流域平均坡度0.11米/公里，多年平均径流量28.1亿立方米,境内为21.6亿立方米。其支流富田水建有全区4座大型水库之一的白云山水库,总库容11400万立方米，年平均径流量为4.06亿立方米。
遂川江遂川江古称龙泉江。它是由左溪河和右溪河在遂川县李派渡汇合而成。左溪河又称草林河、南支河。它源于湖南省桂东县北部的龙潭脑，从遂川县高坪乡白沙入境，作北东流向，流经高坪、汤湖、左安、南江、草林、珠田在李派渡与右溪河汇合，右溪河又名大坑河、北支河。它发源于湘赣交界万洋山主脉南段东麓，流经营盘坏、戴家铺、七岭、滁州、井冈山市下七、洪坪，再折回遂川县,并流经遂川县七坪、大坑、盆珠在李派渡与左溪河汇合。左、右两溪河汇合后始称的遂川江,作北东流向流经零田，在白沂进入万安县（遂川江在万安县境内亦称桂江），流经万安桂江，在罗塘乡云州汇入赣江。主河长176 公里,多年平均径流量25.3亿立方米,境内为22. 8亿立方米。流域面积2882平方公里,境内为2596平方公里，落差1513米，主河道纵比降为2.36%。,流域平均坡度0.312米/公里。
蜀水又称衙前水，是由左、右两江在遂川县东北隅的双桥汇合而成。左江为主流，发源于遂川、井冈山与湖南郦县交界的井冈山市茨坪镇荆竹山，自西南向东流，主河道纵比降为2. 14%。,流域平均坡度 0.543米/公里。右江发源于遂川县西北部的桃子坪。两江在遂川双桥汇合而成蜀水后，作北东流向，先横贯万安县西北隅,再进入泰和县、流经泰和县苏溪、马市,在泰和县马市镇的蜀口洲汇入赣江。主河长、 152公里,总落差1347米，流域面积1301平方公里，多年平均径流量11.9亿立方米。其上游梅陂峡谷建有梅陂水利工程。
赣江右岸吉安段10条一级中小支流良口水又称涧田河,发源于赣州地区兴国均村乡北部的西洋山，自东北向西南流，经兴国县坪源、 均村，万安县涧田、优田等地汇入白鹭水后，于良口从右岸汇入赣江。主河道长47. 8公里，境内河道长42公里,多年平均径流量4.4亿立方米。全河流域面积535平方公里,境内流域面积169平方公里，境内多年平均径流量1.39亿立方米。
武术水发源于万安县该县宝山乡天湖山的长安和庄下，两源流自东北向西南流，经宝山乡的东坪交汇于武术乡的元塘、过大岭街等地汇石龙坊水后，于油草坪从右岸汇入赣江。主河道长27. 2公里，流域面积140平方公里，多年平均径流量1.2亿立方米。
通津水发源于万安县观头乡东南部的天湖山西北麓大茅坪,形成芦源溪;另一源出自万安县枫林乡蕉源，形成蕉源溪。两溪流作北西流向交汇于观头乡的南洲，再流经八斗、通津桥、于窑头乡的鹅颈头从右岸汇入赣江。主河道长50.6公里，流域面积408平方公里，多年平均径流量3.9亿立方米。其支流芦源溪上建有芦源水库,焦源溪上建有焦源水库。
云亭水又称珠林江。源自赣州地区兴国县崇贤乡的佛子山，由东南向西北流，经泰和县老营盘、 老营盘水库、沙村、冠朝、塘洲镇的横塘，于塘洲镇金滩村下500米从右岸汇入赣江。主河道长92. 6公里，流域面积761平方公里，多年平均径流量全流域为7.03亿立方米,境内为5.22亿立方米。上游建有老云盘水库，控制面积172平方公里,总库容1.07亿立方米，平均年径流量为1.43亿立方米，全区4座大型水库之一;其支流上建有缝岭中型水库。
仙槎水发源于泰和县中龙乡东南部的水源坑，由东南向西北流，流经小龙、中龙、灌溪乡的古坪、 灌溪、寺下，于泰和县樟塘乡的江背村从右岸汇入赣江，主河道长54.4公里，流域面积569平方公里,多年平均径流量4.5亿立方米。其支流仁善河上游建有洞口水库。
横山水发源于吉水县白凫岭南麓，至吉水县水田水新市汇入赣江。主河道长15公里，流域面积 100平方公里，多年平均径流量0. 8亿立方米。
住岐水又名八都水,发源于吉水县八都镇上富村东部的山岭中，由东向西流，经太山水库、八都、 银村、住岐乡的中村,至钓鱼台从右岸汇入赣江。主河道长34.1公里，流域面积319平方公里，多年平均径流量2.6亿立方米。其上游建有太山、横山2座中型水库。
沂江沂江旧称泥溪、泥江口。发源于丰城市石江乡的新子石，由东北向流向西南流，经丰城的上舍、新干县的窑里水库、城上乡、潭丘乡、麦墾镇、至峡江县的马埠折向北流，过水边镇，再折回新干，于新干县沂江乡的陈家从右岸汇入赣江。主河道长99. 8公里，流域面积921平方公里，多年平均径流量全流域& 3亿立方米，其中境内7.43亿立方米。其上游建有窑里水库;其支流洋峰水上游建有黄泥埠水库; 其支流南元水上游建有幸福水库。
湄湘水俗称南门河，又称金川河，源于新干县麦镇的大富坪村，作西北流向，流经新干县的鸡峰、 洋湖、桁江、神政桥，在金川镇南部塔下从右岸汇入赣江。主河道长30.4公里，流域面积191平方公里, 多年平均径流量1.5亿立方米。
狗颈水旧称石口溪水，又称棵江、金水。发源于新干县桃溪乡东部的才地岩，由东南向西北流，经新干县的桃溪、板埠、沧州、裸江镇后,至张家口从右岸汇入赣江。主河道长36. 4公里，流域面积213平方公里，多年平均径流量1.8亿立方米。其上游玉华山水系建有田南中型水库。
赣江左岸吉安段8条一级中小支流皂口水皂口水又称沙坪河、社坪水。发源于万安县柏岩乡的牛牯岭，自西南向东北流，经柏岩乡的斗王、下造、大塘丘、柏岩，沙坪乡的梅塘、沙坪、长桥，于沙坪乡的皂口村岸汇入赣江。主河道长44. 6 公里，流域面积243平方公里，多年平均径流量2.18亿立方米。
土龙河又称罗塘河。发源于遂川县横岭乡的大坑尾村，自西向东流，经遂川县横岭乡的南回湾、 龙头湖，万安县罗塘乡的光明水库、金溪、黄公塘等地，于罗塘乡的土龙村汇入赣江。主河道长33. 8公里，流域面积239平方公里,多年平均径流量1.84亿立方米。
杨溪又名洪塘水、枫山水。源于泰和县上田乡的玉华山，由西南向东北流，流经康家、枫山水库、 枫塘桥、杨溪,于沿溪乡的江畔村从左岸汇入赣江。主河道长22. 8公里，流域面积115平方公里,多年平均径流量0.78亿立方米。
横石水又名文石河、桐水。发源于吉安县大冲乡的新塘边，自西北向东南流，流经吉安县固江镇的银湾桥水库、桐坪乡的龙冈、吉安市长塘乡的晏家、裴家、樟山乡的奶奶庙,于井头下的江口村从左岸汇入赣江。主河道长48.1公里，流域面积360平方公里，多年平均径流量2.7亿立方米。在吉安县固江镇境内，建有总库容为2750万立方米的银湾桥水库,在吉安市长塘镇境内建有总库容为1600万立方米的官溪水库。
柘塘水发源于吉水县西部尚贤乡的耀南背由西北向东流，经黄桥乡的太坪、南陂、社下，于吉水县金滩乡的柘塘从左岸汇入赣江。主河道长16.6公里，流域面积120平方公里，多年平均径流量0.90亿立方米。
同江发源于新余市分宜县大冈乡西下村，由西北向东南流，经大冈乡的铜岭、松山乡的枫溪，在安福县赤谷入境，经安福县赤谷乡永家、至吉安县油田折向南流，经花桥乡的下边村、万福镇、再流经吉水县阜田镇又折向东流、经枫江镇,于盘谷乡水南村从左岸汇入赣江。主河道长108公里，境内河道长100 公里。流域面积960平方公里，境内流域面积为860平方公里,多年平均径流量7. 5亿立方米，境内多年平均径流量为6.72亿立方米。流域内建有江口、双山两座中型水库。
黄金水发源于吉安县油田乡的黄蚁岭香花坑，由西北向东南流，流经峡江县金江乡的万宝水库、 金滩、罗田,沙坊乡的茶林洲，于沙坊乡邓家附近从左岸汇入赣江。主河道长49. 6公里，流域面积289平方公里，多年平均径流量2.4亿立方米。其上游建有万宝中型水库。
砚溪水又称龙盘江。发源于新余与峡江交界处的良山镇上界头村，由西向东流经峡江县万能水库后由西北向东南流，经戈坪乡的水东,于峡江县巴邱镇乌口村从左岸汇入赣江。以江蜿蜒曲折似盘龙而得名盘龙江。主河道长37.1公里，流域面积293.26平方公里，多年平均径流量2.4亿立方米。
境内其他流程30公里以上河流基本情况，见表2M-1 ₒ表2M-1 境内其他流程30公里以上的河流河流名称另U名河源位置河口位置注入水道境内主河道长 （公里） 白鹭水兴国县大江村万安县涧田乡优田左岸注入良口水 37.5 右溪河万洋山主脉南段东麓遂川县泉江镇李渡派右岸汇入遂川江 133.0 左溪河遂川县高坪乡烂泥湖遂川县泉江镇李渡派左岸汇入遂川江 92.8 大汾水湖南桂东县崛度山遂川县堆子前庙前左岸注入右溪河 51.5 左江衙前河遂川县与湖南鄢县遂川县双桥江口左岸注入蜀水 64.0 交界的江西坳右江大旺水井冈山市画眉跳架遂川县双桥江口右岸注入蜀水 70.9 桥头水大沙水湖南桂东县遂川县南江口大河背右岸注入左溪河 42.2 桥头乡竹子鑑禾源水上犹县大荡遂川县草林官溪右岸注入左溪河 39.0 金沙水巾石水南康市隆木乡鸭婆坳遂川县枚江乡舍上右岸注入遂川江 33.0 零田水遂川县横岭乡茶亭坳遂川县零田镇甘竹左岸注入遂川江 32.5 水槎水泰和县水槎乡浪川洞泰和县沙村苗莆左岸注入云亭水 34.2 缝岭水泰和县水槎乡大竹山泰和县冠朝乡龙陂左岸注入云亭水 30.7 潭头水上固河宁都县大沽乡何脑竦永丰县谭头乡谭头右岸注入孤江 57.1 沙溪水法岗河永丰县上溪乡钩刀咀吉水县白沙乡南坪右岸注入孤江 60.6 富田水富水水兴国县良村乡其林坳吉安县值夏乡马埠左岸注入孤江 100.0 续表河流名称别名河源位置河口位置注入水道境内主河道长 （公里） 文竹水永新县高溪乡永新县龙田乡潞江右岸汇入禾水 30.6 水口独木岭小江河宁冈河宁冈县大陇乡黄洋界永新县江畔乡双江口右岸汇入禾水 89.5 新城水郑溪水宁冈县白石乡三咀界宁冈县古城乡罗亚右岸注入小江水 33.8 三湾水永新县三湾乡石峰仙永新县三湾乡漸江左岸注入小江水 37.5 龙源口水黄陂水永新县龙源口乡永新县在中乡排形右岸汇入禾水 41.7 禾桶山北麓溶江水永新县龙门乡石门山永新县埠前乡湖田左岸汇入禾水 53.3 南江水永新县石桥乡曲连坑吉安县前岭乡流江右岸汇入禾水 34.5 龙陂水吉安县官田乡湾角里吉安县永阳镇陇陂桥左岸汇入禾水 42. 1 牛吼江牛吼河井冈山市上井泰和县螺川乡王家坊右岸汇入禾水 118.0 六七河永新县白沙乡枫木坳泰和县桥头乡湛口左岸汇入牛吼江 74.3 泰山水安福县浒坑镇武功山安福县严田乡坛洲姜洲上左岸注入泸水 34 东谷水安福县章庄乡明月山安福县横龙乡何家左岸注入泸水 56.4 山庄水双田水宜春市新坊乡胡仙娘安福县江南乡东田左岸注入泸水 50.2 洲湖水陈山河安福县彭坊乡陈山村安福县竹江乡洋口右岸注入泸水 99.6 芦溪水永新县象形乡木坡坳安福县金田乡泉村右岸注入洲湖水 31.1 金田水柘田水安福县柘田乡梅树村下安福县金田乡洋村左岸注入洲湖水 31.1 谷口水谷源水安福县严田乡上谷源安福县太平乡小江边左岸注入洲湖水 39.9 万漂河乐安县湖坪乡贺立坪永丰县遇源乡马蹄洲左岸注入乌江 62.3 永丰水麻江河永丰县鹿冈乡王竹坑永丰县桥南乡麻江村右岸注入乌江 40.0 藤田河八江河永丰县石马乡永丰县八江乡八江村左岸注入乌江 85.8 冕峰山北麓水库至2000年，吉安地区已建成大型水库4座、中型水库37座,基本情况见第七篇第二章第一节。
浅层地下水浅层地下水是指埋藏较浅、与地表水有直接水力联系、补给条件较好、平均矿化度小于2克/升的淡水。境内地下水储量丰富，从含水层的性质看大致有四种:松散岩类孔隙水,主要分布于诸河流的谷地; 碳酸盐岩裂隙岩溶水，主要分布于莲花一安福等地;一般碎屑岩、变质岩裂隙水，广泛分布于境内山地和丘陵;红层裂隙孔隙水,广泛分布于吉泰盆地。全区尚未开展地下水观测，而是利用河流的基流量,代表浅层地下水的近似值。按水量平衡的原理,计算出全区各水系多年平均的浅层地下水资源共46. 25亿立方米，各水系的平均产水模数为102.7万立方分米/平方公里。
泉由于吉安地区地下水较丰富，地层有多褶皱断裂，故出露的泉眼较多。尚未对境内泉进行普查，资料不全，在此仅就已知的略作叙述。
温泉境内温泉不多，著名的有： 汤湖温泉位于遂川县汤湖乡，原名大鄢泉。共有泉眼10多处,主泉大汤湖和小汤湖，水温高达 84七，是江西省内最热的温泉。泉区有9个土墩，泉水顺坡而下，谓“九龟下潭”。热水无色透明，具有较强烈的硫化氢臭味,pH值6.8〜&5。水质属重碳酸钠或重碳酸钠钙水。日产热水2218吨。除建有浴室和泳池外,还设有地热利用研究所，已培养出不少热带生物,故有“江西小南海”之称。
武功山文家温泉位于安福县泰山乡的文家温泉,含有硫、锂、總、锌、碘等多种矿物元素及偏硅酸， 日岀水量300〜350吨,常年水温达80T ,温泉掩映于万顷林海中，与青山合抱，与松竹相依。
樟木坑温泉位于遂川县杨芬乡樟木坑村水塘中。泉水以冒泡翻沙状涌出，气泡呈串珠状，沿 60。~90。方向展布，水温40〜42七，具有强烈硫化氢味,pH值为&3,属碳酸钠一重碳酸钠型水,涌水量 107.9 吨/ 日。
热水洲温泉位于遂川县滁洲乡岭下村热水洲小河西岸的河漫滩中。热水成泉群形式沿河岸涌岀，分布长度100 - 150米，宽约10米。热水于沙砾石层下呈伏状，流量难以测量。热水清澈,无色透明，水温M°C,p H值7.2 - & 8,偏碱性，水质类型为重碳酸一钾钠型。
湖丘温泉位于吉安县云楼乡，日出水量100.8吨，水温28.5七。
横头温泉位于吉安县安塘乡横江村，日出水量5184吨，水温22 ~28T。
西口温泉位于吉安县值夏镇，日出水量1728吨，水温15 ~19T。
田心温泉位于吉安县登龙乡田心村，日出水量3556吨，水温20rₒ 坝下温泉位于吉安县永和镇长流水库坝下，水温22 ~28七。
冷泉境内冷泉较多，但大部分由于地处偏僻山区，已开发利用的很少。
五味矿泉清同治十三年《永丰县志》记载:“五味泉在县西九峰岭下,世传张果老经此杖拄，泉出如珠，有五味。”位于永丰县佐龙乡九峰山下的天然五味泉，经北京有色金属研究所、省水文大队、省环卫监察站、中国科学院化学所等部门取样水检测，作出《江西永丰县九峰山饮用天然矿泉水水源地勘察评价报告》。报告称:五味泉是可以直接饮用的矿泉水，含有人体不可缺少的锂、總、锌、硒等二十多种微量元素;其中锂、總元素对心血管、肠胃病、高血压等均有一定的疗效;该泉深0.6米,水面长、宽1米，流量 1000毫升/秒，日产泉水约1.44吨。
州湖龙泉位于安福县洲湖镇南0.5公里处。龙泉面积约5亩，泉水一年四季日夜不停从地下涌出,大小喷泉口不计其数，泉水常年保持水温17T。水量大。
九女窟泉位于安福县甘洛乡社背村，安（福）永（新）公路21公桩左侧。泉水面积0.5亩,泉水冬温夏凉。相传古时有九女在此采荷花，因一个失脚落入深潭，其余八个女子手拉手欲救，不幸全部溺死深泉，故名“九女窟”，又名“九女国”。
蜜湖位于安福县枫田乡蜜湖村，湖面原有10余亩,后因水土流失，湖面淤塞,面积逐渐缩小，现仅有七八亩。湖内有多条泉脉，均从石块裂隙中喷出。因泉水甜味，故称“蜜湖”。
接鱼泉位于莲花县六市乡大沙村龙潭里,每年春季有一百多斤鱼涌出,守泉接鱼,唾手可得。
布口井位于莲花县良坊乡布口村，日喷出量达1296立方米，四季恒温18〜19七，清晰见底，水质好，可供饮用。