顺治二年(1645年) 清军攻占建昌府及所属各县。

康熙十二年(1673年) 重建太平桥，改木桥为十二拱大石桥。

康熙十三年(1674年) 三月，耿精忠叛清。六月耿部陷建昌府及属县。次年四月，朝廷以安亲王征建昌。十二月安亲王西征，令许贞率千众守建昌。耿军十余万驻从姑山、二圣山、沙坪、洪门、麻姑山等地，连营数十里，许坚守孤城，以少敌众，大败耿军。十五年（1676年）冬，耿军残部退往新城（今黎川）。

康熙六十年(1721年) 五至九月大旱。

乾隆九年(1744年) 入夏大水，冬季流行瘟疫。

乾隆十二年(1747年) 于县城河东建盐仓。

嘉庆二十四年(1819年) 正月初一，城内四街大火。

道光十五年(1835年) 蝗虫成灾。

咸丰六年(1853年) 二月，太平军攻占南城。八年四月，退往新城。

咸丰十年(1860年) 太平军由石城经南丰直驱本县上唐镇，大败清军。

咸丰十一年(1861年) 正月，太平天国忠王李秀成率太平军围攻县城，未克。

同治三年(1864年) 二月，太平军复攻县城。四月，侍王李世贤率太平军由抚州退至本县，受清军夹击，再退至福建。

光绪二十四年(1898年) 创立南城高等小学堂。

光绪二十六年(1900年) 发生反教会斗争，县城天主堂为群众烧毁。其后，教会用庚子赔款于旧址重建。

光绪二十八年(1902年) 废科举，办新学，创建郡中学。

光绪二十九年(1903年) 耶稣教抚州教区遣德籍传教士柏永年至本县传教。三十一年(1905年)于县城内南大岭建耶稣堂。

光绪三十四年(1908年) 基督教牧师雷戴宾来县传教，建美以美会福音堂。

宣统二年(1910年) 乡绅饶蔚祥创办匡德女子学堂。

宣统三年(1911年) 十一月，建郡中学生响应辛亥革命，捣毁上谕亭。不久南城光复。