洪武二年(1369年) 二月，改建昌路为肇昌府，九月又改为建昌府。

永乐五年(1407年) 瘟疫流行，死者万余。

正统十四年(1449年) 邓茂七农民起义军余部从福建经瑞金、石城至广昌，歼建昌千户杨清部千余人。

成化七年(1471年) 自此年起，连续三年灾荒，饥民大量死亡。

弘治八年(1495年) 益端王朱祐槟就藩南城。

弘治十五年(1502年) 二月十五日地震。

嘉靖十九年(1540年) 大饥，饿殍遍野。

嘉靖三十五年(1556年) 特大洪水，城郭被淹。

嘉靖三十六年(1557年) 设抚建守备司于南城。

嘉靖四十年(1561年) 十月，闽蔡石峰率农民起义军五千余人攻克建昌。

万历六年(1578年) 划出五十六都至七十二都，置泸溪县<今资溪县）。此后县境范围无大变动。

万历四十三年(1615年) 益王府大火，毁宅舍二百六十余间。

万历四十四年(1616年) 葡籍天主教传教士潜入本县秘密传教。

崇祯三年(1630年) 葡籍传教士费奇观在县城内西南隅建立第一座天主教堂。

崇祯八年(1635年) 兴建万年桥，至清顺治四年(1647年)竣工。

崇祯十六年(1643年) 十二月，张献忠农民起义军攻克建昌。