黄榦继承朱熹理学衣钵，讲学书院，仅福州地区书院就有十几所。此外，他历官州县，讲学不辍，或书院或郡学，成效显著。

福州高峰书院，是历史上颇有名气的黄榦讲学书院之一，与著名的白鹿洞书院、岳麓书院齐名，是嘉定年间（1208—1224）全国学子最向往的书院之一。由于生源不断地增多，书院变得非常拥挤，遂借邻近寺庙作为课堂。朱熹曾在庆元年间（1195—1200）为该寺撰书“华峰”匾额，故名“华峰寺”。后来，华峰寺又改名为“石牌庵”。

历经岁月的磨洗，高峰书院、石牌庵己只存遗址。书院占地面积800多平方米，其左右及后侧被山峰围护，门前石阶路经石牌庵右边通往山谷。

如今，黄榦后裔在石牌庵和高峰书院遗址周边建造围墙，修整有关遗迹，重建华峰寺（石牌庵）及高峰书院，并修建一座跨越溪涧的桥梁，使之直通岭头至林阳寺公路。书院遗址于2005年5月被福建省人民政府公布为省级文物保护单位。

黄榦在高峰书院期间，一边讲学一边著书，所著有《周易系辞传解》一卷、《读仪礼经传通解》二十九卷、《孝经本旨》一卷、《论语注语问答通释》十卷、《勉斋先生讲义》一卷、《朱子行状》一卷、《勉斋诗钞》一卷、《黄勉斋先生文集》八卷、《晦庵先生语续录》四十六卷、《勉斋集》四十卷等。

嘉定十四年（1221年）三月的一天上午，黄榦看完书卷，闭目安息在书斋的躺椅上，从此再也没有醒来……

出殡那天，给黄榦送行的除了他的四个儿子黄辂、黄辅、黄輹、黄玘之外，还有他的“门人弟子执绋者二百余人，皆衰绖菅履，引柩三十余里至山间。丧仪如礼，乡人叹息，以为前此未之见”。

绍定六年（1233年），黄榦已作古12年，理宗皇帝下诏赠他为“朝奉郎”；端平三年（1236年），赐谥“文肃”。元至正十九年（1359年），福州官府建造勉斋书院，以示纪念。清雍正二年（1724年），黄榦从祀于孔庙，又在府学里建了黄勉斋祠。

由于黄榦生前声名远播，所以历代圣贤名将显宦前往凭吊者很多。陈宓（1171—1226）赞其像曰：“貌之癯有颜之乐，气之刚得轲之养。以身任道，老而益壮。仰止朱门，孰出其上。”诗人刘克庄（1187—1269）在《后村大全集》中有《哭黄直卿寺丞》二首。

其一

久在文公几杖旁，暮年所得最精详。

贫甘香火辞符竹，病整衣冠坐箦床。

壮士军中悲亮死，先师地下惜回亡。

洗云破寺三间屋，却有门人远赴丧。

其二

当年出塞共临戎，箭满行营戌火红。

督府凯旋先请去，坚城筑就独无功。

身谋彼此皆迂阔，国事中间偶异同。

莫怪些词含哽噎，在时曾赏小诗工。此外，有明一代，陈鸣鹤《拜黄勉斋墓》诗：

三尺残碑立水田，姓名犹识宋前贤。

松楸有谱传遐胄，苹藻无人荐九泉。

石马嘶风林下卧，野狐吹火雨中燃。

隔林薄暮闻钟鼓，知是林僧礼法筵。

傅汝舟《陪汪郡公谒勉斋墓》诗：

先生坟在庖羲谷，异代虚无草木间。

俎豆自今开时庙，衣冠终古閟空山。

峰高元气长回合，地迥精灵自往还。

浅薄叨陪堂下拜，几瞻遗像愧尘颜。

徐㶿诗：

幽坟荆棘里，传是宋名贤。

古柏摧荒冢，丰碑立野田。

西风谁下马，夜月自啼鹃。

冷落清明雨，无人挂纸钱。

谢肇淛诗：

典型犹在望，异代更谁论？

马鬣孤坟在，鸡碑十字存。

野田侵基道，寒烧燎松门。

苹藻何人荐，伤心问九原。

卢龙云诗：

想像遗踪五百年，溪山留胜尚依然。

一时厉禁浑无恙，万古斯文赖有缘。

仰止将兴闽绝学，景行端藉曾多贤。

讲堂况复余光霁，桃李当春已自妍。

最为感人的是，明代抗倭英雄戚继光（1528—1588）带领3000名山东子弟兵入闽歼倭时，戎马倥偬还专程绕道至黄榦墓前凭吊，戚将军还写了一首诗，云：

倥偬戎马越闽关，感慨当年国事艰。

凭吊宋儒文肃墓，英豪终古扼权奸。

黄榦溘然离世，和他相濡以沫了一生的妻子朱兑肝肠寸断，喟然长叹：“直卿去了，我的存在还有何意义？”一百二十三日后，时嘉定十四年（1221年）八月朔日，朱兑便在郁闷愁烦中随夫而去，同穴长眠于高峰书院西南侧的长箕岭庖牺谷。

庖牺谷，即在今天的福州市晋安区寿山乡石牌村江南竹自然村，相传上古时伏羲因为看到这清旷幽静的佳境，认定这里正是他梦寐以求的完成演画八卦造福人类夙愿的理想之地，于是到此取象演画八卦，故有“庖牺谷”之称。

石牌村有着十分丰富的文化历史积淀，有建于后唐长兴二年（931年）的瑞峰林阳寺，为福州“五大丛林”之一。该村东连松柏模、西毗粪桶岩之麓、北邻溪下、南接黄土坪。“石牌”村名何处来？明代谢肇淛《游寿山、九峰、芙蓉诸山记》云：“过黄勉斋先生墓，十字石碑（注：碑上书刻‘宋黄文肃公勉斋先生墓’计十字）圭立水田中。旁有寺名石牌，以先生故得名也。”此外，这里还有一座石牌庵，明《闽都记》载：“石牌庵在怀安四都，去府城三十里，与黄勉斋墓道石牌相近，因以名庵，万历初建。”

黄榦逝世后，历代对其坟墓都进行修缮。据《贤陵园记》碑中载：“从宋至清，先后有十一位皇帝书赞，并由朝廷和福建布政司修葺祠墓达三十次。”1919年，黄榦裔孙、民国海军总司令黄钟瑛的胞兄钟沣及良安等人修复其墓。1987年初，黄榦裔孙黄宏珂、黄忠浩等人重修黄榦墓。2003年，黄宏飞等后人对墓园进行扩建，建山门，设碑廊，廊内立有历代名人赞颂黄榦以及黄榦门生祭文等碑刻，周以围墙。山门为石构，四柱三门，门柱楹联，云：

其一

人间祥瑞古灵妙，嘉定陵园长润贤。

其二

比翼天涯归大道，珠玑太极照千秋。

黄榦一生致力于兴学传道。据明代王应山《闽都记》卷十载：“勉斋书院在乌石山阳。勉斋有祠，以太平公辅坊废，荐福寺为之，贡师泰记。国朝洪武八年改建左卫，移书院今所。嘉靖间，祠宇倾圮，鞠为蔬圃，豪门瓜分而去。隆庆间建祠，府学、射圃东偏，甚湫隘，莫展祀事。”太平公坊即今三牧坊。勉斋书院到清代已不存在，直到2010年，黄榦后裔黄如论为了纪念其先祖的伟大功绩，在旧址上重建了勉斋书院。

黄榦故里长乐青山村还保留有他的故居（即黄瑀旧宅），据《长乐县志》记载：“黄勉斋祠，本勉斋先生旧宅黄御史（黄璃）第。清康熙三十年（1691年），乡人为纪念黄榦的功绩，将其旧宅改建为‘黄勉斋特祠’。乾隆二十七年（1762年），知县贺世骏领帑重修。道光二十四年（1844年），黄姓族人鸠资重修，裔孙黄见三、黄荣庚董其事。”

2002年6月6日，经长乐市人民政府批准，“黄勉斋特祠”和青山村另一处古建筑“江夏黄氏祠堂”被列为文物保护单位。

江夏黄氏祠堂始建于南宋，朱熹择地，扩建于明弘治年间（1488—1505），大重修于清光绪十八年（1892年），民国十一年（1922年）缮修前座。祠分前座、中座、后座三进厅结构，总面积1200平方米，高大雄伟、宽敞明亮，体现出明清两代古建筑的风格，文物资料珍贵丰富，是长乐少有的古祠。

黄榦为传播和推广朱熹理学、确立中国思想界之正统地位立下了汗马功勋。时人对他在阐述朱熹学术思想方面的贡献，评价很高。南宋末参知政事真德秀在《勉斋先生祝文》中说：“唯公之在考亭，犹颜曾之在洙泗。发幽阐微，既有补于学者；继志述事，又有功于师门。”清代《四库全书》录有元刊本《勉斋先生黄文肃公集》四十卷，其《闽学渊源》篇录有黄榦事迹。

至元代，金履祥（1232—1303）在《濂洛风雅》中尊周敦颐为理学开山祖师，以周敦颐——二程——杨时——罗从彦——李侗——朱熹——黄榦——何基——王柏为理学传承的正统世系。

明末清初，由黄榦整理编辑的朱子著作，还经传教士漂洋过海，得以在欧洲广为流传，影响深远。

公元1700年左右，一位叫白晋（1656—1730）的法国传教士，送给他的德国朋友莱布尼茨（1646—1716）一件礼物。这是一本朱熹的著作《周易本义》，里面的数张“易图”，引起了这位绰号Lovenix，即什么也不信的人的浓厚兴趣。莱布尼茨发现“伏羲六爻”的排列与二进制记数法的顺序是相同的，他为几千年前中国圣人的创造与自己的发现相一致而高兴，并为自己解开了《周易》之谜而欣喜若狂。钦佩激动之余，莱布尼茨写信给当时的中国皇帝康熙，称赞康熙尊崇儒学、导倡程朱的行为。

在莱布尼茨看来，中国宋儒思想的“理”与基督教的“上帝”简直就是同一个概念，这个“理”超越了智慧，是一种超智慧。通过莱布尼茨的传入，再通过孟德斯鸠、伏尔泰、狄德罗等人的启蒙，朱子理学思想被有机地融入现代文明中，焕发出生机和活力。而在这个过程中，黄榦传扬朱子理学，更显功不可没。

写到最后，得以借用朱熹《观书有感》中的一句诗：“问渠哪得清如许，为有源头活水来。”理学之树常青，历史给予黄榦“朱子学第一传人”的褒奖，这是当之无愧的。