嘉定十三年（1220年）春，黄榦致仕后回到福州，居住在晋安区寿山乡石牌村。闲暇作诗《游寿山》，由此开启了福州寿山石文化的序曲。诗云：
石为文多招斧凿，寺因野烧转荧煌。
世间荣辱不足较，日暮天寒山路长。
黄榦因美石而感悟世间荣辱交替的道理，这是最早吟咏寿山石的诗作，借物言志，把士人崇“道”的信念和对气节的坚守，以及不因穷达际遇的改变而改变的精神传达出来。这时候，黄榦还在石牌村长箕岭创办了一所高峰书院，专事讲学著述，从学弟子日盛。四川、湖南、安徽、浙江、江西等地的文士都来找他学习。每天晚上，黄榦讲论经典、论说理义，勤勉不倦。
朱熹当年讲学之所武夷、建阳有“闽邦邹鲁”之称，他也被后人尊为“南方孔子”，黄榦因之有朱门“颜曾”之誉。所谓“颜曾”，分别指孔子的弟子颜回与曾参。颜回是以德行著称，品德高尚，学识渊博，被后人尊为七十二贤之首，尊为“复圣”；曾参发展了孔子的孝道，被尊为“宗圣”。
黄榦在继承和弘扬朱熹思想体系的同时，还致力于确立朱熹的道统地位，并创立了“勉斋学派”。
勉斋学派是以黄榦为代表的学派，因黄榦世称勉斋先生，故名。黄榦受业于朱熹，成为朱熹女婿，深得师传，以笃行直道著闻。他注重儒家圣贤道统传授，对周敦颐极为推崇，对其思想有所继承。
政治（主要是军事）上，黄榦主张抗金御敌，既依靠兵，也依靠民；既用民力，更用民心。
在学术思想上，黄榦在坚守师说的同时，以更为通俗易懂的道理来阐发朱熹的思想。比如，他认为：“道之在天下，一体一用而已。体则一本，用则万殊。一本者天命之性，万殊者率性之道。天命之性即大德之敦化，率性之道即小德之川流。唯其大德之敦化，所以语大莫能载；唯其小德之川流，所以语小莫能破。语大莫能载，是万物统体一太极也；语小莫能破，是一物各具一太极也。”这就将朱熹的“理一分殊”的思想，发展成为黄榦的有体有用论，而其大旨，最终又归结到朱熹的“理”——以太极为世界本原的理学思想体系之中。
哲学上，黄榦以“太极”为最高范畴，提出“有太极而阴阳分，有阴阳而五行具，太极二五妙合而人物生”的宇宙生成说，认为“太极”的“静而阴”是“体”，“动而阳”是“用”。他指出人得秀而灵之气而成，“精气凝而为形，魂魄交而为神，五常具而为性，感于物而为情，措诸用而为事”。而“圣人者，又得其秀之秀而最灵者焉，于是继天立极，而得道统之传，故能参天地，赞化育而统理人伦”。他认为千圣万贤所传之道，是“居敬以立其本，穷理以致其知，克己以灭其私，存诚以致其实”，以此四者存之于心，就可得到圣贤相传的道统。他还用“理一分殊”来说明“道”的体用关系，指出“道之在天下，一体一用而已。体则一本，用则万殊”。宇宙的本体是“道”，而天地万物是“道”的表现，是“道”之“用”，“万物统体一太极”，“一物各具一太极”。但他又认为“体用合一”，“自理而观，体未尝不包乎用”，“自物而言，用未尝不具乎体”。要认识“太极”或“道”，就要通过认识“道”所表现出来的事物来实现，“尊德性，所以存心，而极乎道体之大；道问学，所以致知，而尽乎道体之细”。
黄榦指出，“自性观之，万物只是一样，自道观之，一物各是一样。唯其只是一样，故须穷理致知，而万事万物之理，方始贯通”，论述了理学“理具于心”“性即理”的观点。
在思想上，黄榦调和朱熹的倾向，认为“仁义礼智，特就人心而立者耳。天以是心而成万物，人以是心而成万事”。
黄榦认为道出于天，表现为天地万物和人事的变化，故有道统。道统传授的次序是：尧、舜、禹、汤、文王、武王、周公、孔子、颜子、曾子、子思、孟子、周敦颐、张载、二程、朱熹。黄榦把“传承道统”看成是朱熹的最大成就，在《朱文公行状》中，黄榦详细叙述了恩师不平凡的一生，深入论述了朱熹的学术思想和人品道德，并给朱熹以“绍道统，立人极，为万世宗师”的高度评价。这种“万世宗师”的提法，与孔子被尊为“万世师表”的提法很相似。可以说，孔孟而后，朱熹是一位地位仅次于孔孟的“夫子”。
经过黄榦的提倡和阐发，朱子学成为统治阶级的正统思想。作为朱熹理学的直接继承者，黄榦在捍卫和阐扬理学方面做出了巨大的贡献。黄榦不但继承了朱熹书院讲学的优良传统，而且论定了朱熹的道统地位，并使这种道统地位的观念逐渐从思想界走向政界，为以后的统治者所承认和接受。
黄榦还在后面的《朱文公行状》中，高度概括了朱熹“自筮仕以至属纩五十年间，历事四朝，仕于外者仅考，立于朝者四十日”的一生坎坷的事迹；全面论述了朱熹的学术思想和人品道德，并将朱熹提到中华民族文化代表者的高度。在行状中，黄榦还论述了朱熹“为学”“为道”“著书讲学”的种种活动，为后人留下朱熹幅巾方履、规步矩步、瞑目端坐（即朱熹所提倡的“静坐”）的理学家状貌。所以说，在闽学学者中，黄榦被理所当然地尊为理学继承人，居闽学学派领袖地位长达21年之久。
南宋晚期的重要理学家黄震（1213—1280）评价说：“朱熹门人号高弟者，遍于闽浙和江东，独勉斋先生强毅自立，足任负荷。同门有误解，勉斋一一辨明。”
黄榦在《圣贤道统传授总叙说》一文中，进一步发挥了由唐代韩愈、李翱发明，并经北宋二程，南宋刘子翚、朱熹等所接受并进一步阐发的道统心传说，并由此论定了朱熹的儒家道统地位。韩愈在《原道》一文中认为，中国文化的根本传统是儒家传统。这个传统是尧开其端，后尧传舜，舜传禹，禹传汤、文王、周公，一直到了孔子、孟子，史称“道统论”。
刘子翚（1101—1147）的《圣传论》则认为，这个道统的传承方法是“密契圣心，如相授受”的。而黄榦则将这个道统下延至周、张、二程和朱熹，并说：“道之正统待人而后传，至周以来，任传道之责，得统之正者不过数人，而能使斯道章章较著者，一二人而止耳。由孔子而后，曾子、子思继其微，至孟子而始著。由孟子而后，周、程、张继其绝，至熹而始著。”
道统的观念指的是圣人相传的谱系和儒家正统文化精粹的传承关系，这种传承并不一定是师徒之间的直接传授，也可以是跨越时代的密契心传。
黄榦说：“先师之得其统于二程者，圣贤相传，垂正立教，灿然明白，若天之垂象。昭昭然而不可易也。”把道统的产生和发展，都归结为“天理”的必然。
黄榦还认为，圣人之间的心传，并非不可捉摸，其要旨有四，曰：“居敬以立其本，穷理以致其知，克己以灭其私，存诚以致其实。”以是四者而存诸心，则千圣万贤所以传道而教人者不越乎此矣。
“居敬”是宋代理学家所提倡的道德修养方法，出自《论语·年雍》的“居敬而行简”；“穷理”则是理学家的认识论原则，出自《易·说卦》的“穷理尽性”。朱熹曾说：“学者工夫，唯在居敬、穷理二事。此二事互相发。能穷理，则居敬工夫日益进；能居敬，则穷理工夫日益密。譬如人之两足，左足行，则右足止；右足行，则左足止。又如一物悬空中，右抑则左昂，左抑则右昂，其实只是一事。”在黄榦看来，二者是互相促进的辩证关系。
“克己”也是儒家的修养方法，源于《论语·颜渊》的“克己复礼为仁”，意为以仁德克制自己，使之合于礼义。朱熹在《论语集注》中注云：“克者，胜也。己，谓身之私欲也。”《勉斋文集·朱子行状》云：“克己以灭其私，存诚以致其实。”
“存诚”则源于《孟子·尽心上》中的“存其心，养其性，所以事天”。朱熹认为“心若不存，一身便无所主宰”，“存其心，则能养其性，正其情”。“诚”字是真心实意开诚布公的，“存诚”谓胸怀坦诚。
总而言之，居敬、穷理、克己、存诚是以朱熹为代表的宋代理学家所极力提倡的修养心性和认识外界事物的重要方法。黄榦认为，“以是四者而存诸心，则千圣万贤所以传道而教人者不越乎此”，这就是在宣扬道统论的同时，又进一步阐扬了朱熹的理学思想。