主管冲佑观的旨意下达之时，黄榦已先到了庐山拜访李燔、陈宓，相与盘旋玉渊、三峡之间，俯仰拜谒朱熹到过的旧迹，黄榦宣讲乾、坤二卦于白鹿洞书院，强调自强不息。庐山士大夫们集会于此，他写了《南康白鹿洞书院讲义》。周兆兰《白鹿洞书院》记载：“山南北之士群集听焉。”不管在任何时间、任何地方，黄榦都致力于固守师说、弘扬理学，为确定朱熹的道统地位而不懈努力。他指出：“自强者内以进其德，外以修其业，该终日乾坤不息也。”之后，黄榦主管明道宫（即武夷山冲佑观），设局于建阳考亭，重修《仪礼经传通解》续卷，聚徒授业，讲解朱熹“教人之意”及“教人之方”。

嘉定十二年（1219年）四月，黄榦抵达建阳；十月，又回到福州寓所，从此专事讲学，他深居简出，致力于闽学的传播和弘扬。有一首诗《生平》：

生平因寡合，岁晚交更少。

非干世俗薄，自是志量小。

诗的大意说，黄榦素来不容易与人投合，到了晚年交往的人更少了，这不关世态炎凉，只是他的志向和抱负太小了。想来他是自负的，作为朱熹的门生兼爱婿，追随朱熹讲学、编书，为朱子理学的北传奠定了基础，怎么可能是志向抱负太小呢？此诗正话反说，其实要表达的是，因为他自己的志向和抱负太高了，所以曲高和寡，身边没有多少知音了。

这时期，四方学子也会聚于福州，讲解朱熹学说。黄榦继承朱熹讲学的优良传统，因地制宜，因陋就简，创造条件兴学授徒，并在福州乌山法云寺旁边收徒讲课。黄榦云：“投老来归，先庐无可栖宿，得法云寺僧寮数间，葺治居之。”可见知府大人告老还乡却居无定所，寄身僧舍。门生弟子也“毕集于法云寓居”，而他置书局于寓舍及城南张氏南园，开始重修《仪礼经传续卷》。此外，黄榦还并购书楼，以建阳“云谷”命名之，以示不忘先师之训。

黄榦为了使学子们学有所成，也以勤奋励之。他与门生订立《同志规约》，以每日各读一经、一子、一史，而以《论语》《周易》《左传》为之首，日记所读多寡，所疑事目，并书于簿，定期集聚，讲明辩难，钻研提高。

黄榦以传播先贤思想为己任，但并没有受束缚而胶柱鼓瑟，不合理的，他极力反对。古代家风中对女子的限制较为严重，如三从四德、男尊女卑。黄榦大胆地反对维护封建社会秩序的等级观念。在他的思想里，没有主奴界限，并强烈反对男尊女卑的传统。他的《戒溺女歌》就是对旧礼教制度的声讨：

儿是爹娘生，儿生爹娘弃。

喜见爹娘面，不识爹娘意。

抛儿在水中，绝儿一口气。

战战盆中泣，哀哀万苦备。

欲生生不得，欲死死犹未。

儿虽非男儿，儿罪何至死。

爹娘莫忧贫，万事由天地。

今年杀小儿，明年恐又是。

不如存好心，心好天自庇。

是年底，黄榦以承议郎主管亳州明道宫致仕。所谓致仕，用今天的话说就是退休。