嘉定七年（1214年）九月，黄榦被任命为汉阳知军。汉阳就是今天的湖北汉阳一带。开禧北伐之后，这里成了宋金边境。

黄榦受命知湖北汉阳军，当时湖北数郡大旱，其中又尤以汉阳军为甚，“乡村草民皆掘草根以食”。监司无一人过问旱情，百姓饿死者不计其数。黄榦力抗两司，全力投入救灾，从各处设法筹集米粮7万余石，以市价的一半卖给灾民。从嘉定八年（1215年）冬至嘉定九年春，黄榦共收外地流民2700多人，皆发常平仓赈济。他还上书漕司，主张将湖北诸州所管鱼湖、所收课利，尽行蠲免，而“所产渔蚌之属，听贫民从便采取。……使贫民得采鱼为食，以度饥荒”。到了第二年春暖花开的季节，对于那些愿意回乡的人黄榦送给他们一些粮食带回，而不愿意回去的黄榦也为他们搭盖茅屋让他们有地方居住，民众因此感激万分。

此外，黄榦重视教育，政事之余，他于郡治后凤栖山构屋，创建凤山书院，招纳四方学者。黄榦在凤山书院又立周敦颐、程颐、程颢、游酢、朱熹五先生祠，撰《汉阳军学五先生祠堂》，欲使“此邦之士知道统之有传，圣贤之可慕”，不遗余力地阐扬朱熹的理学思想。同时，黄榦在汉阳军讲朱子学时，反复强调“养浩然之气”，认为此气“有以养之，则富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈”。

黄榦心中非常清楚，最高统治者为维护其统治的需要，可以容纳部分理学家参政议政，但并不意味着朝廷已为在“庆元党禁”中含冤蒙垢的理学人物彻底平反。作为一个正直的官员，在其位要谋其政，黄榦要招募士勇，退城视防，反击金兵的侵掠。他主张的抗金御敌，既依靠兵，也依靠民；既用民力，更用民心。他第一次书信两淮制置使（官名，掌本路诸州军事，多以安抚大使兼任）李珏说：“今日之计，莫若用两淮之人，食两淮之粟，守两淮之地。”他还说：“且淮民遭丙寅之厄，今闻金人迁汴，莫不狼顾胁息，有弃田庐、挈妻子渡江之意，其间勇悍者且将伺变窃发。向日胡海张军之变，为害甚于金。若不早为之图，则两淮日见荒墟，卒有警急攘臂而起矣！”

然而，一些诸如修城、赈饥、听讼等杂务纷陈，占据了黄榦大量的时间和精力。为了更好地阐扬道统、确立朱子学说的道统地位，他还有许多事需要去完成。

因此，从嘉定八年（1215年）六月起，黄榦一再上疏乞祠。当时，尽管湖北漕运使一再上疏挽留，对其知汉阳军的政绩赞不绝口。疏中说：“自黄知军有奉祠之请，阖郡士民皇皇然皆恐其去，如赤子之慕慈母。”然而，为了阐扬朱子之道统，黄榦还是毅然再三乞祠。终于在这年十二月旨下，准其主管武夷山冲佑观。按照宋代的宫观制度，任者可以从便居住，可不到任所而领取俸禄。奉祠家居，使黄榦得到了一个能够专心致志地阐扬朱熹思想的机会。

祠官，是宋朝特设的一种官职。一些得罪于朝廷的逆臣、年迈体衰的老臣，以及无职位可以安排的朝臣，都暂充各名山道观寺庙的祠官，食祠禄而养亲。因此，乞祠、丐祠、奉祠之官都是闲官，没有担任实职，拿朝廷一半俸禄。在某种程度上来说，也可以说是遭受贬谪之臣，故大诗人陆游曾有“世路涩于棘，祠官冷于冰”之叹。祠官坐在冷板凳上，一坐就是数年，甚至死于任上，报国无门，牢骚满腹，而俸禄少得可怜。他们之中，有一部分是闻名朝野的理学家，官场失意，但在闲职上却有充足的时间潜心钻研学问。