境内山脉属武夷山支脉南东段，山脉主要走向与本区构造线方向相一致，大多呈北东向及近南北向，只有少数呈北西及近东西向。全境共有243座山，其中千米以上的山峰有13座，低山53座，丘陵177座。
南段北东向山脉：
华家山山脉 座落莒口的西南方，与顺昌县、邵武市交界，总体走向为北东向。分为两条支脉，一为华家山往北经三峰山——野猪窠——乌沙垅——羊头岗至湖桥岩头，全长约23.7公里；二为华家山往东北经油窠——上山坪——水古栋——大金山——罗岩——草山岩延伸至高山达庵口，全长约38.5公里。华家山山脉分布着全镇千米以上的山峰，华家山、三峰山、油窠、水古栋、大金山、罗岩等，最高峰为水古栋1181.6米，两侧山岩陡峭，多呈“V”型谷，山体呈北东向，地形切割强烈，高度大，坡度陡，一般坡度30—40度，局部可达50—60度。
云谷山山脉 座落在莒口北面，与武夷山交界，总体走向呈东北和南西向，主脉从云谷山——莲花山——翁山——刘阳山往西延伸与麻沙交界，全长约11.75公里。九条支脉呈北高南低，呈南西走向。云谷山山谷陡峭，多呈“V”型谷，地形切割强烈，一般坡度30—40度，局部可达70—80度。
境内主要山脉山峰：
云谷山 位于东山村，座北朝南，与武夷山交界。主峰呈东西走向，有蜡烛山、冲水岩、四角塔，蛇仔岗、莲花岗等五条山脉，峰峦蜿蜒起伏，呈北高南低直汇东山村，内宽外密状。云谷山昔称庐峰山，宋乾道六年（1170）年，朱熹更名曰“云谷”，与西南西山对峙，最高海拔999.3米，这里草木繁茂，古木参天，白云缭绕，是一座具有悠久历史，充满神奇色彩的文化名山，蕴藏着灿烂的文化和丰富的旅游资源。1175年朱熹在这里修建“晦庵”著书立说（又名云谷庵），蔡沉亦建庐峰精舍（又名大明堂），主峰一顶有朱熹命名的赫曦台山，蛇仔岭有南宋宝祐三年（1255年）宋理宗皇帝御书“庐峰”摩崖石刻，石蜡烛及朱熹命名的人文景点二十六处。
朱熹于南宋乾道六年（1170年）葬母祝氏夫人于马伏天湖。守墓期间，在云谷山结庐读书，他被这里的奇山秀水所吸引，他酷爱这里的白云，留恋这里的山水。他深情地说：在这里耕山、钓水、养性、读书、弹琴、鼓缶以咏先王之风，亦是以乐而忘死矣。巍峨云谷山成为朱熹的象征与朱子的“云谷记”、“云谷二十六咏”扬名海内外。
宋朱子撰《云谷记》
云谷在建阳县西北七十里庐山之巅，处地最高，而群峰上蟠，中阜下踞，内宽外密，自为一区。虽当晴昼，白云坌入，则咫尺不可辨；眩忽变化，则又廓然莫知其所如往。乾道庚寅，予始得之。因作草堂其间，榜曰“晦庵”。
谷中水西南流七里所，至安将院东，茂树交荫，涧中巨石相倚。水行其间，奔迫澎湃，声震山谷。自外来者，至此则已神观萧爽，觉与人境隔异。故榜之曰“南涧”，以识游者之所始。循涧北上，山益深，树益老，涧多石底，高下陡绝，曲折回亘。水皆自高泻下，长者一、二丈，短亦不下数尺。或诡匿侧出，层累相承，数级而下。时有支涧自两旁山谷横注其中，亦皆喷薄溅洒可观。行里许，俯入荟翳百余步，巨石临水，可跂而息。涧西危石侧立，藓封蔓络；佳木异草，上偃旁缀。水出其下，淙散激射于涧中，特为幽丽。下流曲折十数，腾蹙沸涌。西抵横石如龈齶者，乃曳而长，演迤徐去，欲为小亭临之，取陆士衡《招隐诗》语，命以“鸣玉”，而未暇也。自此北去，历悬水三、四处。高者至五、六丈，聚散广狭各有姿态，皆可为亭，以赏其趣。又北舍涧循山折而东行，脚底草树胶轕，不可知其深浅。其下水声如雷，计应犹有佳处而亦未暇寻也。行数百步得石壁，高广皆百余尺，瀑布当中而下，远望如垂练，视涧中诸悬水为最长，径当其委，跣揭而度。回视所历，群山皆抚其顶，独西北望半山立石丛木名豺子岩者，槎牙突兀如在天表。然石瀑穷源，北入云谷，则又已俯而视之矣。地势高下，大略于此可见。谷口距（通“巨”）峡为关，以限内外。两翼为轩窗，可坐可卧，以息游者。外植丛篁，内疏莲沼，梁木跨之，植杉绕径。西循小山而上，以达于中阜。沼上田数亩，其东欲作田舍数间，名以云庄。径缘中阜之足，北入泉峡，历石池、山楹、药圃、井泉。东寮之西折旋南入竹中，得草堂三间，所谓“晦庵”也。山楹前直两峰，峭耸杰立，下瞰石池，东起层嶂，其胁可耕者数十亩。寮有道流居之。自中阜以东，可食之地，无不辟也。草堂前，隙地数丈。右臂绕前起为小山，植以椿、桂、兰、蕙，峭蒨岑蔚。南峰出其背，孤圆贞秀，莫与为拟。其左亦皆茂树修竹，翠密环拥，不见间隙。俯仰其间，不自知身之高，地之迥，直可以旁日月而临风雨也。堂后结草为庐。稍上山顶北望，俯见武夷诸峰，欲作亭以望，度风高不可久，乃作石台，名以“怀仙”。小山之东，径绕山腹，穿竹树南出而西，下视山前村墟井落，隐隐犹可指数。然亦不容置屋，复作台，名以“挥手”。南循冈脊，下得横径，径南即谷口小山。其山上小平，田甿即以祈年，因命之曰“云社”。径东属杉径，西入西崦。西崦有地数十亩，亦有道流，结茅以耕其间，曰“西寮”。其西山之脊，蟠绕东下，与南峰西垂相啮。而谷口小山，介居其间，如巨人垂手，拱玩珠璧。两原之水，合于其前，出为南涧。东寮北，有桃蹊、竹坞、漆园。度北岭，有茶坡。东北行，攀危石，履侧径，行东峰之巅，下而复上，乃至绝顶。平处劣丈余，四颓皆巉削，下数百太，使人眩视悸不自保。然俯而四瞰，面各数百里，连峰有无，远近环合，采翠云涛，昏旦万状，亦非世人耳目所尝见也。予尝名湘西岳麓之顶曰“赫曦台”，张伯和父为大书，甚壮伟，至是而知彼为不足以当之，将移刻以侈其胜。绝顶北下有魏林，横带半岩，木气辛烈，可已痞疾，疑即方家所用阿魏者。林下岩中滴水成坎，大如杯碗，不竭不溢，里人谓之“显济”。水旱祷焉。又下为北涧，有巨石二，对立涧旁，嶙峋崷崪，古木弥覆，藤卉蒙络，最为山北奇处。里人名其左曰“仁”，右曰“义”，岁时奉祠如法。闻自是东北去，有瀑布出油幢峰下石崖，隒下水泻空中数十丈，势尤奇壮。东南别谷有石室三，皆可居。其一尤胜。比两房，中通侧户，旁近水泉，可引以漱濯。然皆未暇往观。自东嶂南出水岭，下数十步，有巨石贔屃。下瞰绝壑，古木丛生，樛枝横出，是为中溪。别径下入村落，其中路及始入南涧西崖小瀑之源，各有石田数亩。村民以远且瘠，弃不耕，皆以赀获之，岁给守者以其余奉增葺费，势若可以无求于外而足者。
盖此山自西山横出，以其脊为崇安，建阳南北之境，环数百里之山未有高焉者也。此谷自下而上得五之四，其旷然者可望，其奥然者可居。昔有王君子思者，弃官栖遁，学练形辟谷之法，数年而去，今东寮即其居之遗址也。然地高气寒，又多烈风，飞云所沾，器用、衣巾皆湿如沐，非志完神王（通“旺”）气盛而骨强者不敢久居；其四面而登，皆缘崖壁，援萝葛，崎岖数里，非雅意林泉，不惮劳苦，则亦不能至也。自予家西南来，犹八十余里，以故他人绝不能来，而予亦岁不过一再至。独友人蔡季通，家山北二十余里，得数往来其间。自始营葺，迄今有成，皆其力也。然予常自念，自今以往，十年之外，嫁娶亦当粗毕，即断家事，灭景此山。是时，山之林薄当益深茂，水石当益幽胜，馆宇当益完美，耕山、钓水、养性、读书、弹琴、鼓缶以咏先王之风，亦足以乐而忘死矣。顾今诚有所未暇，姑记其山水之胜如此，并为之诗，将使画者图之，时览观焉，以自慰也。
山楹所面双峰之下，昔有方士吕翁居之，死而不腐。其地亦孤绝殊胜，本属山北民家，今亦得之，名曰“休庵”。盖凡耕且食于吾山者，皆翁之徒也。往往淳质清静，能劳筋骨以自给，人或犯之，不校（通“较”）也。有少年弃妻子从之，问其所授受，笑不肯言。
然久益坚苦，无怨悔之色。呜呼，是其绝灭伦类，虽不免得罪于先王之教，然其视世之贪利、冒色，湛（通“沉”）溺而不厌者，则贤矣。因附记之，且以自警云。
云谷二十六咏
《云谷》
寒云无四时，散漫此山谷。
幸乏霖雨资，何妨媚幽独。
《南涧》
危石下峥嵘，高林上苍翠。
中有横飞泉，崩奔杂奇丽。
《瀑布》
峰回危径转，垂练忽千寻。
不为登山倦，踌躇秋涧阴。
《云关》
白云去复还，黄尘倒难入。
只有涧水声，出关流更急。
《莲沼》
亭亭玉芙蓉，回立映澄碧。
只愁山月明，借作寒露滴。
《杉径》
南起云关口，萦纡上草堂。
天风发清簌，山月度寒光。
《云庄》
小丘横翠几，层嶂复嵯峨。
释耒闲来看，岩姿此处多。
《泉峡》
入关但平田，复得此清响。
何必问仙源，神禁一萧爽。
《石池》
两崖苍峭石，护此碧泓寒。
秋月来窥影，骊珠吐玉盘。
《山楹》
山楹一怅望，恨此云迷谷。
仙人不可期，缥缈双髻绿。
《药圃》
长鑱劚云根，莳此泉下圃。
珍剂未须论，丹荑已堪煮。
《井泉》
山高泽气通，石窦飞灵液。
默料谷中云，多应从此去。
《西寮》
畲田种胡麻，结草寄林樾。
珍重无心人，寒栖弄明月。
《晦庵》
忆昔屏山翁，示我一言教。
自信久未能，岩栖冀微效。
《草庐》
青山绕蓬庐，白云障幽户。
卒岁聊自娱，时人莫留顾。
《挥手》
山台一挥手，从此断将迎。
不见尘中事，唯闻打麦声。
《怀仙》
四望多奇峰，北瞰独仙府。
欲致武夷君，石坛罗桂諝。
《云社》
自作山中人，即与云为友。
一啸雨纷纷，无劳三奠酒。
《桃蹊》
涧里春泉响，种桃泉上头。
烂红纷委地，未肯出山流。
《竹坞》
峭蒨桃蹊北，萧森竹坞阴。
不堪秋夜永，风雨助悲吟。
《漆园》
旧闻南华仙，作吏漆园里。
应悟见割忧，嗒然空隙几。
《茶坂》
携籝北岭西，采撷供茗饮。
一啜夜心寒，跏趺谢衾影。
《绝顶》
当年赫曦台，移治在兹岭。
寥廓无四邻，山光疑倒影。
《北涧》
土断山亦分，北下成阴涧。
秀石得佳名，服膺吾敢慢。
《中溪》
南下东岭河，云是中溪道。
岩树爱樛枝，石田悲蔓草。
《休庵》
别岭有休庐，林峦亦幽绝。
无事一往来，茶瓜不须设。
云谷杂诗十二首
《登山》
夕阳翳东峰，微月下西岭。
不辞青鞋穿，陡此岩路永。
岩路永且跻，中情何耿耿。
《值风》
山下风吹衣，山上风拔木。
茅茨何足保，嬴海虑翻覆。
未念执鬯人，无心还自恧。
《玩月》
风起云皆昏，风定天宇肃。
遥遥万里晖，炯炯穿我屋。
良友共徘徊，山中讵幽独。
《谢客》
野人载酒来，农谈日西夕。
此意良已勤，感叹情何极。
归去莫频来，林深山路黑。
《劳农》
四体久不勤，筋力坐驽缓。
何事两山阿，离离豆苗满。
多谢植杖翁，居然见长短。
《讲道》
高居远尘杂，崇论探杳冥。
亹亹玄运驶，林林群动争。
天道固如此，吾生安得宁？
《怀人》
吾党二三子，欲来从我游。
尘机谅扰扰，遐诺终悠悠。
空山日复晚，伫立怅夷犹。
《倦游》
故人千里别，约我仍丹丘。
云何一解散，书到令人愁。
此山岂不幽，何必赋远游。
《修书》
紬书厌尘累，执简投云关。
灵钥启玄秘，肃斧锄幽奸。
书成莫示人，留置此山间。
《宴坐》
登山思无穷，临水心未厌。
沉疴何当年，膏肓今自砭。
默坐秋堂空，遐观靡余念。
《下山》
行随流水声，步出哀壑底。
绿树枝相樛，白涧石齿齿。
树石无穷年，流水日千里。
《还家》
出去柴门掩，归来蕙草秋。
素荂林下吐，清芬衣上浮。
欲寄山中友，日慕怅离忧。
《云谷怀魏元履》
叹息艮斋老，当年共此来。千峰奇绝处，一望兴悠哉。
病怯披云卧，诗劳拥鼻裁。只今何处所？宿草闷余哀。
熊禾《赫曦台四咏》
《薄暮明霞》
赫曦薄暮真奇绝，初到残阳复西没。仙霞山外何处山，五彩云霞互明灭。
须臾群阴解剥尽，雨脚如麻渐开豁。冥冥渤海不可留，空有残霞半天赤。
《中宵皓月》
赫曦日夕真奇绝，最好中秋看明月。竦身飞上第一峰，不觉清寒近天阙。
初离海角犹朦朣，行到天心转光洁。今宵端正照山河，长笛一声愁欲裂。
《中夜白云》
赫曦中夜真奇绝，起视茫茫大瀛渤。风涛雪浪无际涯，绝岸时看孤岛出。
洪炉巨甑如蒸炊，囿形宇宙非金石。直凌倒影窥三光，俯见尘寰如超越。
《鸡鸣日出》
赫曦昧爽真奇绝，远望海门观出日。金戈铁骑走千峰，闪闪万旗张天赤。
火龙飞上使人惊，烁眼祥光成五色。扶桑欲出升何难，认取真情凝太极。
陈大观《云谷山诗》
四书日行天，万古仰余光。读之十五载，稍稍知惭惶。
不辞千里远，意升文公堂。多谢退斋翁，为予指迷方。
初来心犹疑，久之念俱忘。齿齿南涧石，庐峰正斜阳。
云时弄晴影，瑶花吹古香。失笑丹崖上，振衣岩溜旁。
须臾云影开，仰见天苍苍。晦庵数弓屋，破碎云中央。
土花照人碧，腐瓦如鸳鸯。下有神仙宅，金碧相焜煌。
玉狗守洞口，白云绕丹房。上有赫曦台，冥邈超八荒。
君山粒米小，沧海寸线长。乃知子朱子，胸次不可量。
道高古无上，聊托千仞冈。斯人今已去，余迹欣未亡。
悠然一长啸，宇宙空茫茫。
杜本《云谷山诗》
晦庵筑室此山巅，梁栋亲题乾道年。苔藓斑烂封断石，松杉郁密护流泉。
精神已与天相遇，文字犹如世所传。袖疏往来嘉遁吉，至今遗像尚依然。
“庐峰”摩崖石刻 位于云谷山一顶西南侧的蛇仔岭山脚，由宋理宗皇帝御书赐蔡抗，以彰其祖蔡元定，宝祐丙辰（1256年）蔡抗刻石于一座高约四米的圆锥形岩石上，“庐峰”二大字约一米见方，其周围镌有小字：“理宗皇帝御书”（上方），“乙卯赐蔡抗”（右边），“宝祐丙辰十月朔太中大夫参知政事臣蔡抗刻石”（左边），字迹保存完好，已列入市级重点文物保护单位。
西山 在莒口的西北部，位于莒口、长埂、东山、焦岚四个行政村的结合点，距莒口约2公里，与东北向云谷山对峙，海拔633.9米。山体雄伟，四面峻峭，山顶平旷，山中有两处农田数十亩。终年雾霭萦绕，古树参天，泉石奇特幽胜，山涧瀑布流水潺潺，逶迤数十里，史载，古可通舟。西山四周山峰起伏，连绵不断，似群狮狂舞之态，民间有“九鲤游崇安，九狮上西山”之说。
山顶有古城墙遗址，兴废年代不详，颇具规模。现存石城墙高约2—5米，厚约3—4米，绕山一周3.24公里，城墙内外树木丛生，难以眺望全貌，城墙内有跑马场、练兵场、水闸门、纱帽岩、石锣、石鼓、石抽屉、天书岩、石宝剑、龙井等人文自然景观，半山有蔡元定1153年构筑的蔡氏书院遗址，山顶有1175年蔡元定创建的“西山精舍”遗址。两遗址近年有爱好西山风景之士正在重建精舍，精舍门前有热心者余荣贵先生自资筑坝兴建西山瑶池。
“西山”摩崖石刻 位于山顶西侧，纱帽岩旁，字大一米见方，属市级文物保护单位。石刻系南宋宝祐三年（1255年）理宗皇帝乙卯赐蔡抗的御书真迹，字体苍劲，气势磅礴，刻工精细，至今完好如初。
寒泉林 在马伏村太平山南麓（今良种场），朱熹葬母祝夫人处。据《建阳县志》载：林中有湖曰天湖，文公筑寒泉精舍于墓旁与吕祖谦编《近思录》于此。西有一石曰“仁义石”。祝氏夫人墓于1976年马伏良种场扩建时被毁，后于九十年代初重修，天湖水长存不涸，现为市级文物保护单位。
龙湖山 位于湖桥村东南向，东邻莒口村江源，东南与茶㘵为界，标高505米。四周山峦起伏，群山怀抱，植被多为阔叶乔灌及松，顶峰陡峭，岩石裸露，山中多各种形态立石。海拔约490米处有一天然湖，十余米见方。据传有龙藏身于此，故名“龙湖”。湖水长年不竭，湖中有杉木从湖底冲出水面一截约一米余（可惜在八十年代被人为折断）。湖旁有古庙曰：仰山禅寺（又名高仰禅寺、龙湖庵），坐北朝南，视野开阔，由远至近，山峦起伏，连绵数十里，晴天隐约可见前方笔架山、大金山、罗岩、草山岩一字排列，形成了青山无墨千古画的意境。朱熹曾登龙湖山，爱其幽胜，并筑室以居，与蔡元定贴云：“书堂高敞，远胜云谷、武夷，他时可相聚也”。书堂遗址距龙湖往北里许，面积约300平方米，现可见残垣的墙基、方砖、条砖、瓦砾、瓷器碎片等物。
半月山 在莒口村后，山形似弯月得名，为新石器时代遗址，海拔210米，山势低矮平旷。近年考古发现并采集到新石器时代的生产工具石斧、石锛、石镞和生产用具陶釜、陶鼎等器物，证实远在四千多年前已有人类在此繁衍生息。东面山脚有一井，名曰“黄婆泉”，泉水清澈甘洌，久旱不涸，久雨不溢。清道光三年（1823年）天旱异常，溪域断流，唯此泉依然源源不竭。
华家山 位于莒口最南端，距莒口27公里，南邻顺昌，西接邵武，因华姓居住而得名。主峰有二：西南雨伞峰，海拔1162米；东南笔架峰，海拔1112米。涧有谷水常流，山上以毛竹为主，间有杉、松、阔等树种，盛产毛竹、竹笋、笋干、木材等。华府老基旁有千年红豆杉五棵，围径分别为3.8米、3.95米、4.3米、5.3米、最大为5.55米，1964年省供销社创办毛竹采育场于此。山北有南窑、中窑、碗厂为宋代古窑址，以烧制白釉、青釉瓷闻名，近年考古出土饰有牡丹、菊花、莲瓣、缠枝、笼点等花卉草叶的碗、盘、杯、碟、瓶、壶等，系我国古代陶瓷罕见之珍品，现三处古窑址为市级文物保护单位。
大金山（旧名大同山） 在莒口南部社州与金山村界内，距莒口约15公里。山势峻峭挺拔，主峰有仙人床，海拔1027.9米，山中林木繁茂，主要以杉、松、杂、竹混交为主，半山有古银杏、核桃、红豆杉、山楂等珍稀树种。明洪武元年（1368年）建有“金山福寺”，后改名“大金山庵”。大金山矿产资源丰富，现查明有金、银、铅、锌等矿，抗日战争前，有日本人在此开采金、银。现炉墘尚可见当年冶炼的炉渣和矿井，近年又有外商在此开采铅锌矿。
三峰山（又名笔架山） 位于莒口南部金山村内，是华家山山脉西侧的主峰，与书坊交界，三峰耸秀，标高1178米。山中多为毛竹和阔叶树混交，现为华家山毛竹采育场经营区。
野猪窠 在金山村境内，位于莒口至华家山公路23.5公里处右侧，与书坊乡交界，海拔787米，口小内宽，现大部为镇林场毛竹经营区。
乌沙垅 在社州村境内，位于莒华公路19公里右侧，与书坊乡交界，标高743.1米，山形如一把折扇，多为毛竹和人工种植杉木林。
水古栋 在金山村境内，位于东坑之东，岩前之东南，归阳厂（又称建阳厂）之西南，与本市徐市镇及顺昌县交界。岗顶有四条山脉，分别向东北、正北、西南、南西走向，主峰标高为1181.6米，为莒口镇内最高山峰。山体陡峭挺拔，山中多为毛竹和阔叶树混交林。
罗岩 在东徐村，位于大金山之东，岩上村之西南，与徐市镇交界。标高1033米，山脉多为东北和正北走向，山中以毛竹和阔叶树混交，现为镇林场经营区。
草山岩 在东徐村，位于苏墩东南向，与徐市镇交界，标高791.1米。山中以阔叶树和少量毛竹混交，主峰多为岩石裸露地，多产灵药，故又称草药岩。