同文书院
《紫阳朱氏建安谱》录此书院云：“在建阳县崇化里书坊，宋乾道间朱子建，以贮书籍，后遭兵灾。元大德五年，泉州总管府推官张光祖重建。”所载与嘉靖《建阳县志》卷五《学校志》、明戴铣《朱子实纪》卷七《书院·同文书院》相同。
据笔者考证，此书院并非朱子所建。其主要理由：
一是在朱子所建的寒泉精舍、云谷晦庵草堂、武夷精舍、竹林（沧洲、考亭）精舍中，寒泉、云谷、考亭、沧洲、武夷诸名在《朱文公文集》中每每可见，唯此同文一名，不见于《文集》，不见于师友门人的书信往来中，何以到明代，忽然冒出此名？答案只有一个，即此所谓“同文书院”乃后人所名。
二是在元代学者的笔下，此书院也不被认为是朱熹所创。如熊禾在《闲乐堂记》（文载道光《建阳县志》卷十三，《人物志·流寓》）一文中说：“古襄张侯绍先，雅爱东阳山水，卜居崇川者十有余载。岁在辛丑，佐郡温陵。越一年，得告归里，有游倦之心，遂于居之东偏，度地一弓，构堂数楹，与宾客问学自娱。……侯又（于）居之西偏辟室逾百楹，命曰同文书院。”熊禾（1247—1312），是元代福建朱子学的主要代表，建阳人。熊禾距朱熹的时代不远，如果同文书院最早是朱熹所建的书院，文中对此绝不会只字不提，更不会将“同文书院”的命名权送给张绍先。
此外，熊禾在题朱熹建于云谷晦庵草堂的道源堂一诗中说：“伊洛何年此道南，道源堂上意谁参？古文夫子遗经在，建学文公精舍三。”（嘉靖《建宁府志》卷二十）所谓“建学文公精舍三”，指的是朱熹建于建阳的寒泉、云谷、考亭沧洲三所精舍，在此诗中，他也不认为同文书院乃朱熹所建。
那么，此“同文书院”是否完全与朱熹无关？并非如此。据笔者《朱熹刻书事迹考》一文（《福建学刊》1995年第1期），乾道、淳熙年间，朱熹为了出版自己的研究成果，解决其所办书院生员的教学用书，曾在建阳崇化创办刻书作坊，刊刻图书甚多，同文书院即元代张绍先在朱熹当年刻书作坊的旧址上修建。后人所谓“以贮书籍”，实际上是刻印图书，收贮书版。此地当年无名，朱熹仅以“书库”称之，见《别集》卷五《答学古》书二。
山书院
《紫阳朱氏建安谱》录此书院，云：“山书院，在浙江宁波府城西五里，元邑人赵儒（按，应为赵寿）建，设山长主之。袁桷为记。”乾隆《浙江通志》卷二十七《学校志》引嘉靖《宁波府志》云：“元大德三年（1299）乡儒赵寿建为祠，以祀朱子，久圮。”
按，朱熹生前未曾经履宁波，详见下文“南山书院”条，故此书院与朱熹无关。赵寿建此书院，起因乃其祖赵善待（字时举）曾从朱熹学，见王梓材《宋元学案补遗》卷六九所载。
泰亨书院
《紫阳朱氏建安谱》录此书院之名，云：“在长泰县南登科山。国朝洪武末教谕章参建。成化十八年知县刘铎重建。”文中看不出此书院与朱熹有何关系。《闽书》卷三十七《建置志》则载：“泰亨书院，皇朝教谕章参建，中祀朱文公，以高东溪、陈北溪配享。”则此书院与朱熹的生平事迹无关，应删去。
瀛山书院
在浙江淳安县北四十里银峰之麓，北宋熙宁间，邑人詹安于此建双桂书堂，收詹氏弟子入学。其孙詹仪之，乃朱熹门人，绍兴二十一年（1151）进士。淳熙二年（1175）其后人詹骙中状元，故取“登瀛”之意，改书堂名为瀛山书院。万历《遂安县志》、乾隆《浙江通志》均载：“瀛山书院，在县治北四十里……宋熙宁间邑人詹安辟，其孙仪之与朱子论学于此，朱子有‘半亩方塘一鉴开’之句。明隆庆三年知县周恪访名贤遗迹重建，王畿为记。”
今相继有人据方志、淳安《詹氏宗谱》、明王畿《瀛山书院记》以及清乾隆丁卯（1747）南州后学闵鉴所书方塘诗石碑，著文论证方塘在淳安瀛山（《浙江学刊》1983年第二期《朱熹的方塘诗考》）；或言朱熹生前曾分别于乾道七年（1171）、乾道九年（1173）、淳熙十六年（1189）三次到瀛山书院讲学（《朱熹在淳安事迹考略》，文载《朱熹与中国文化》一书，学林出版社1989年6月版）。
对此，束景南先生考证说：“《朱文公文集》卷二及卷三十九《答许顺之》书十均有此诗而无此题（按，指《方塘诗》），‘惟有源头活水来’均作‘为有源头活水来’，诗名《观书有感》，非访詹虚舟仪之有感而作，宗谱、书院记均不可信。遍考朱熹生平仕历游踪，断无往淳安游访之可能，石碑诗题之伪不待一辨。……后世各地据朱熹此诗附会方塘并构天光云影亭甚多，以予只就方志所见，不下五六处，淳安瀛山不过附会之一也。”（《朱熹佚文辑考》第766页，江苏古籍出版社1991年12月版）。
考《朱文公文集》，朱熹与詹仪之的书信凡五通，见于卷二七，四通，题为《与詹帅书》；卷三八，一通，题为《答詹体仁》，卷八七有《祭詹侍郎文》，行文中亦无任何迹象表明朱熹曾往淳安讲学。
宗晦书院
《紫阳朱氏建安谱》录此书院云：“在乐清县治东。宋建，以祀朱。旧名艺堂书院，咸淳中改名宗晦，取宗晦庵之义也。”乾隆《浙江通志》卷二九《学校志》所载与此略同，但行文中均看不出此书院与朱熹生前有何关系。嘉靖《温州府志》卷一《学校》则载：“宗晦书院，在（乐清）县治东。宋杨艺堂立，有文公祠，故名。”朱熹逝世后，尤其是在南宋后期，他被封为徽国公，从祀庙堂，并取得与周、张、二程并列的五大道统圣人的地位后，各地书院崇祀朱熹者甚多，若均收入，将不可胜计。
南山书院
《中国书院辞典》载：“南山书院，在浙江宁波，为宋代沈焕（1139—1191，谥号端宪）讲学处，宋理宗赐额。朱熹与沈焕谈道信宿于此，时比白鹿洞书院。……”（见该书第64页，浙江教育出版社1996年8月版）。
束景南《朱子大传》认为朱熹与沈焕虽“保持着学术友好交往的关系”，但在浙东却没有同他见过面（见该书第503页）。并认为张懋建《鄞江人物论》所云：“端宪先生（沈焕）承朱子转运浙东见访，相与阐发道理，遗书‘静廉’二字”之说有误，因朱熹在浙东提举任上未曾至宁波。”根据是《朱文公文集》卷四十九《答滕德粹》书十一云：“四明多贤士，可以从游……熹所识者杨敬仲、吕子约，所闻者沈国正（焕）、袁和叔（燮），到彼皆可从游也。”“所识”乃指见面相识，“所闻”则未尝一见（见该书第520页，注10）。陈来考定此书约写于淳熙十一年（1184）滕璘官鄞县尉赴任之际（《朱熹书信编年考证》，上海人民出版社1989年4月版），时已是朱熹官浙东提举之后，而此后朱熹再也未曾到过浙东，所谓“谈道信宿”于南山书院也就不大可能。
芗江书院
《紫阳朱氏建安谱》录此书院云：“芗江书院，在漳州府城东北二十里。国朝洪武三十三年知府钱古训建，中塑朱子像，以陈淳、黄干、刘宗道配享。”明何乔远《闽书》卷三七《建置志》所载与此略同，则此书院乃后人为纪念朱熹曾官漳州知府而建，与朱熹生前事迹无关。
建安书院
《紫阳朱氏建安谱》录此书院云：“建安书院，在建宁府治北。宋嘉熙二年，郡守王埜建，而以真德秀配享。理宗赐名建安书院。故址改知府廨。”万历《建宁府志》所载与此略同，卷二三《名宦志》王埜条下载：“王埜，字子文，金华人。知建宁府事，陛辞，理宗命曰：‘游、胡、朱、真，风流未泯，表宅里以率其民，则予汝怿。’至郡，以游酢、胡安国旧尝有祠，乃创建安书院祠朱熹，而以真德秀配享。”由此可知，建安书院之创，亦朱子身后之事，与朱熹生平无关。