1．朱熹撰记或题诗的书院
邺侯书院
在湖南衡山烟霞峰下。唐代邺侯李泌隐居于此读书、藏书，其子蘩于南岳庙之左侧建“南岳书院”。宋宝庆中改称“邺侯书院”。明人重修改称“集贤书院”，合祀唐宋诸贤于其中。清乾隆间复称“邺侯书院”（《南岳志》卷十七，《书院》。光绪《湖南通志》卷六九，《学校·书院》二）。
宋乾道三年（1167）八月，朱熹、张栻在“岳麓会讲”之余，曾同访烟霞遗迹，并赋诗以纪。朱熹有“山道榛芜大道荒，令人瞻望邺侯堂。怀贤空自悲今昔，泪滴西风恨夕阳”的诗句（诗题《自上封下福岩道旁访李邺侯书堂山路榛合不可往矣》，载《南岳唱酬集》）。
朱文公书院
又名“凤山书院”，在福建安溪县西凤山。绍兴二十三年（1153），朱熹官同安主簿，曾往安溪按事三日，写下了《安溪道中泉石奇甚绝类建剑间山水佳处也》、《留安溪三日按事未尽》、《安溪书事》等诗（《朱文公文集》卷一）。并于西凤庵留有题辞。明正德间邹鲁《改建朱文公书院记》云：“绍兴中，我晦庵朱夫子来簿同安，时以按事留县三日，极爱县之泉石奇峭，谓绝类建、剑山水佳处，往往发泄于吟咏之间，尝于庵题句有云：‘心外无法，满目青山。通玄峰顶，不是人间。’”（嘉靖《安溪县志》卷七）为纪念朱熹，明正德十六年（1521），知县龚颖将“凤山庵”改建为书院，塑像奉祀（嘉靖《安溪县志》卷四、乾隆《泉州府志》卷十五，《学校志》）。
双桂书院
在江西德兴县。光绪《江西通志》卷八二《建置略·书院》载：“双桂书院在游奕坞，相传朱子赠程烨、程燧兄弟诗，有‘两种天香手自栽’之句，书院之名由此。”
按，朱子此诗为《题程烨、程燧兄弟双桂书院》，原载清朱玉《朱子文集大全类编·补遗》，又见雍正《江西通志》卷二十二，今收入《朱熹外集》卷一。诗云：“君家构屋积玉堆，两种天香手自栽。清影一帘秋澹荡，任渠艳冶斗春开。”
据束景南考证，此诗应为淳熙三年（1176）朱熹前往婺源省墓前后所作（《朱熹佚文辑考》，第113页），程烨、程燧当为朱子门人，生平缺考。束先生认为，“按《江西通志》卷二十二《书院》：‘蒙斋书院，朱子门人程端蒙讲学所，旧在德兴县游奕坞。’而程烨兄弟双桂书院亦在游奕坞，似程烨兄弟与程端蒙为同宗之戚，自必相识。朱熹绍兴二十年归婺源省墓，即尝经德兴拜谒名诗人董颖，德兴士子已有来执礼问学者。淳熙三年再归婺源，程端蒙又特自德兴抠衣来谒，程烨兄弟或亦在其时同见朱熹并请赠诗”（同上书）。
隆冈书院
在江西南昌“府城南四十里，形如象尾相近，有澹冈及隆冈。宋淳熙间进士刘邦本建隆冈书院，其裔孙藏有朱子所题四景诗”（雍正《江西通志》卷七）。淳熙八年（1181）四月，朱熹由南康军归闽，途次于此，作《隆冈书院四景诗》。诗分为春、夏、秋、冬四景，每景七言律诗一首，诗载乾隆《南昌府志》卷十七，别见雍正《江西通志》卷一五四、光绪《江西通志》卷八十一。束景南收入《朱熹佚文辑考》（江苏古籍出版社1991年12月版），今编入《朱熹外集》卷一（四川教育出版社1996年10月版，总名《朱熹集》）。
东屿书院
在浙江台州温岭。南宋淳熙间，邑人丁少云建。“有松山、南麓诸亭池楼阁及‘东屿书房’。少云子木又建云海观，台榭岩径无虑七十余所，为浙东冠”（嘉靖《太平县志》卷八）。淳熙九年（1182），朱熹任浙东提举，应丁少云之子丁木（进士、青田县令）之请，作《题东屿书院》五言八句一首。诗原载嘉靖《太平县志》卷八，又见戚鹤泉《台州外书》卷十三。束景南收入《朱熹佚文辑考》，《朱熹外集》卷一亦收之。诗云：
书房在东屿，编简乱抽寻。
曙色千山晓，寒灯午夜深。
江湖勤会面，坐卧独观心。
秋浦瓜期近，何当寄此吟。
石门书院
《紫阳朱氏建安谱》录此书院，云：“石门书院，在青田县石门洞。宋淳熙九年，朱熹提举浙东，循行至此，有汶上之兴。元至正中，廉访使王俣始即谢客堂故址建。”“汶上之兴”令人不知所云。考清朱玉编《朱子文集大全类编·补遗》有《训蒙绝句》百首，其中第四十五首题为《汶上》。故所谓“汶上之兴”，殆指朱熹循行至此，触发了诗兴，留下此绝句一首。诗云：“仕非其地宁无仕，此地还他德行人。彼以势邀吾自逝，丈夫无欲气常伸。”从诗意看，比较符合朱熹在浙东任上因连续弹劾唐仲友而未能奏效的激愤心情。
乾隆《浙江通志》卷二九《学校志》则载：“石门书院，在县西七十里石门洞。《续文献通考》：宋淳熙九年朱文公提举常平至此，欲居之。元至正中廉访副使王俣始即谢客堂故址建，久圮。”所载与《建安谱》大同小异，文中基本上也看不出此始建于元至正间的书院，与朱熹有何关系。但朱熹既有《汶上》一诗，则此书院勉强可列入因朱熹题诗之后而建的书院。
石鼓书院
在湖南衡阳石鼓山，唐元和中州人李宽始建，北宋至道三年（997），邑人李士真重建。景祐二年（1035），宋仁宗赐“石鼓书院”额（《南岳志》卷十八《书院》，光绪《湖南通志》卷六十九《学校·书院》二），成为宋代四大书院之一。
淳熙十二年（1185），部使者潘畤、提刑宋若水相继修建。淳熙十四年（1187），朱熹应宋若水之请，为撰《衡州石鼓书院记》（《朱文公文集》卷七十九）。告诫诸生不要被“使人见利而不见义”的“学校科举之意乱焉”，而要“养其全于未发之前，察其几于将发之际，善则扩而充之，恶则克而去之”。书院立石刻碑以传。
2．朱熹题词或题额的书院
小山丛竹书院
在福建泉州。宋绍兴二十三年（1153），朱熹官同安主簿时，曾至泉州。“每抵郡城，必登小山，称其山川之美”（道光《晋江县志》卷十四，《学校志》），并“种竹、建亭、讲学其中”（乾隆《泉州府志》卷十三，《学校·书院》）。并手书“小山丛竹”四字，落款题“晦翁”（民国《福建通志·金石志》卷十）。
明嘉靖间，泉州通判陈尧典重建斯亭，更名“过化”，且镂朱子遗像以崇祀之。清康熙四十年（1701），通判徐之霖因建书院在“府城隍庙旁，其匾为朱子书，镌于石”（乾隆《泉州府志》卷十三，《学校·书院》），并自撰《重兴朱夫子小山丛竹亭记》（同上书）。
此书院中朱子手书“小山丛竹”石刻今仍存。
台溪精舍
在福建邵武城东，朱子门人何镐读书处。“叔京从朱熹游，熹尝造焉。以地近七台之麓，小溪之滨，故名。今乡人称为学堂”（弘治《八闽通志》卷四十五，《学校志》。咸丰《邵武县志》卷一，《古迹》亦载）。其堂名“味道”，朱熹曾为之撰《味道堂记》（《朱文公文集》卷七十七）。
蒙谷精舍
在福建邵武城北故县之泉山。宋黄中致仕后读书讲学之所。取《易经》蒙卦之义，名蒙谷。又建果亭、育亭于泉山之上。朱熹曾过从其间，为大书其匾（弘治《八闽通志》卷四十五，《学校》；咸丰《邵武县志》卷一，《山川》）。
黄中（1096—1180），字通老，邵武人，游酢门人，官至兵部尚书兼侍读。卒后，朱熹为撰《墓志铭》（《朱文公文集》卷九十一）。
会文书院
一名“会邱书院”。在浙江平阳南雁荡山，崇宁三年（1104）建，宋陈经正、陈经邦兄弟读书处，名“会文阁”。朱熹官浙东提举时，至此一游，为之题额“会文书院”（乾隆《浙江通志》卷二十九，《学校》）。
龙江书院
在福建漳州西北芝山，上有临漳台，下有开元寺。
绍熙元年（1190），朱熹出守临漳，“登兹台而爱之，欲筑读书之室，不果”（道光《重纂福建通志》卷六四，《学校志》）。题句台上云：“十二峰送青排闼，自天宝以飞来；五百年逃墨归儒，跨开元之顶上。”（《闽书》卷三七，《建置志》）宝庆元年（1225），郡守危稹始筑龙江书院于台之下，以“成夫子之志”。淳祐六年（1246），郡守方来又在书院讲堂之东建朱子祠以祀朱熹，而以门人陈淳、黄干配祀，名“道源堂”。元郡儒黄元渊以私资重修之，虞集为记。元渊是黄干七世孙。明代重修，改名“芝山书院”（明戴铣《朱子实纪》卷七）。
龙峰书院
在福建长乐方安里筹峰山。据《闽书》卷三二《建置志》载：“宋儒刘砥、刘砺读书处。朱文公避学禁寓此，二刘从之受业。”民国《福建通志·金石志》卷十一则载，朱熹曾手题“读书处”三字镌于石门之上。明弘治间（1488—1505），长乐知县潘府建为书院祀朱熹，以二刘、黄干、李枅配祀。但据《朱文公文集》卷八十四《跋刘司理行实》云：“长乐刘砥及其弟砺相与来学，累年于兹，更历变故，志尚愈坚。”后署“庆元己未（1199）四月乙酉新安朱熹书”。陈荣捷《朱子门人》云：“刘砥1190年初事朱子。其弟1198方来，1199同归。……履之曾录语类庚戊（1190）所闻约七十条。”则二刘从学朱熹应在建阳考亭而不在长乐，故此书院不应列为朱熹讲学之所，而应只是题词之处（《闽书》卷三十二，《建置志》。