寒泉精舍
朱熹创建的第一所书院。在福建建阳县马伏天湖之阳，此地宋时属崇泰里后山铺东，旧名“寒泉坞”。
乾道五年（1169）九月，朱熹母亲祝夫人卒。次年正月，朱熹葬母于此。朱熹撰有《尚书吏部员外郎朱君孺人祝氏圹志》：“乾道五年九月戊午卒……越明年正月癸酉葬于建宁府建阳县后山天湖之阳。”（《朱文公文集》卷九四）并于墓侧建精舍，匾曰“寒泉”。在此一面守墓，一面读书、著述和讲学。
在此前后，从学于朱熹的门人有许升、范念德、李宗思、吴楫、何镐、林用中、蔡元定、刘爚、刘炳等二十几人。《朱文公文集》卷三十九《答范伯崇》书九云：“熹比携二子过寒泉，招季通来相聚，初不废讲议。”刘爚《云庄集》附《云庄年谱》，以及嘉靖《建阳县志》卷十二《刘炳传》载，刘爚、刘炳兄弟也于此时，“从文公讲学于寒泉精舍”。
朱熹在寒泉精舍期间完成的著作有，乾道六年（1170）撰《太极图说解》初稿，同年撰成《西铭解》。乾道八年（1172）撰《论语精义》十卷、《孟子精义》十四卷、《资治通鉴纲目》五十九卷、《八朝名臣言行录》二十四卷。次年（1173）编成《程氏外书》十二篇、《伊洛渊源录》十四卷。淳熙元年（1174）编成《古今家祭礼》十六篇。淳熙二年撰《阴符经考异》一卷。
淳熙二年（1175）四月，吕祖谦与朱熹在建阳相会，共聚于崇泰里马伏寒泉精舍。他们共同研读北宋周（敦颐）、张（载）、二程（程颢、程颐）四子的著作，深感这些著作博大精深，难以为初学者所掌握，“因掇其关于大体而切于日用者”（嘉靖《建阳县志》卷五），编成理学的入门书《近思录》十四卷，此为我国第一部哲学文章选集。
寒泉精舍的规模，史志缺载，详情缺考。此精舍于元季倾圮。明正统十四年（1449）八世孙朱澍曾重建为祠堂，祀奉祝夫人和韦斋朱松。今精舍、祠堂均无存。祝夫人墓则于1992年由韩国朱子后裔捐资重修，现为县级文物保护单位。
云谷晦庵草堂
朱熹创建的第二所书院，在福建建阳县崇泰里云谷山庐峰之巅。
乾道六年，朱熹过此，见其山水清幽而爱之，遂委托蔡元定在此建草堂三间，于淳熙二年七月建成，榜曰“晦庵”。①朱熹撰有《云谷记》，赞此地“旷然者可望，奥然者可居”，希望能在此“耕山钓水，养性读书，弹琴鼓缶，以咏先王之风”。另据嘉靖《建宁府志》卷二十《古迹》，朱熹还在此建有“道源堂”，朱熹的三传弟子熊禾有《道源堂》诗。
当时，从朱熹在晦庵草堂讲学、著述的弟子有蔡元定、刘爚、刘炳、廖德明、刘纯叟、吴公济，友人有魏元履、丘子服等人。②蔡元定还于崇泰里西山建西山精舍，与朱熹云谷晦庵草堂遥遥相对，有疑难则彼此悬灯，相约次日聚首，以解难释疑。
朱熹在晦庵草堂的著述有诗《云谷二十六咏》、《云谷杂诗十二首》、《云谷次吴公济韵》、《云谷合记事目效俳体戏作三诗寄季通》、《云谷怀魏元履》等。《西铭解》一书，虽成书于晦庵草堂建成之前，但最初的写作起因，却与朱熹登云谷山有关。朱熹曾对门人叶贺孙说：“向要到云谷，自下上山，半途大雨，通身皆湿，得到地头，因思著‘天地之塞，吾其体；无地之帅，吾其性’。时季通及某人同在那里，某因各人解此两句，自亦作两句解。后来看，也自说得着，所以迤逦便作《西铭》等解。”（《朱子语类》卷五）
淳熙六年（1179），朱熹在南康知军任上，仍十分怀念他在云谷的读书、著述生活，以及此地的优美风光。他在一幅名画的题跋中说：“建阳崇安之间，有大山横出，峰峦特秀，余尝结茆其巅小平处。每当晴昼，白云坌入窗牖间，辄咫尺不可辨。尝题小诗云：‘闲云无四时，散漫此山谷。幸乏霖雨姿，何妨媚幽独。’下山累月，每窃讽此诗，未尝不怅然自失。”（《式古堂书画汇考·画考》卷十三）晚年在考亭沧洲精舍讲学之时，对其门人沈侗说：“某尝登云谷，晨起穿林薄中，并无露水沾衣。但见烟霞在下，茫然如大洋海，群山仅露峰尖，烟云环绕往来，山如移动，天下之奇观也！”（《朱子语类》卷二）
云谷晦庵草堂于元季倾圮。明成化十七年（1481），福建提刑按察司佥事、德清人氏谈俊捐俸命朱熹九世孙朱格重建，改名为“云谷书院”（嘉靖《建阳县志》卷五，《学校志》），今仅存遗址。
武夷精舍
朱熹创建的第三所书院，在福建武夷山五曲隐屏峰下。淳熙九年（1182）七月，朱熹在浙东提举任上弹劾唐仲友受挫，次年正月奉祠主管台州崇道观而归居武夷，建此书院，这年四月落成。
精舍地广数亩，有仁智堂、隐求室、止宿寮、石门坞、观善斋、寒栖馆、晚对亭和铁笛亭等建筑物。其挚友、时任建宁知府的韩元吉为其写了《武夷精舍记》一文以示祝贺，陆游、袁枢亦有诗纪之。
精舍建成，四方学者纷纷负笈前来，就学于此。知名的门人有蔡元定、黄干、潘植、潘柄、郑可学、江默、陈孔硕、杨至、余大雅、程端蒙、滕璘、徐昭然、吴必大、万人杰、任希夷、包扬、陈文蔚、董铢、窦从周、杨楫、张洽、杨道夫、李闳祖等百数十人。
从淳熙十年到绍熙元年（1183—1190）这八年中，朱熹大部分时间是在精舍授徒讲学和从事学术活动。这里是朱子学派的学者们开展学术研究活动的重要场所。朱熹在此写成的著作有《易学启蒙》四篇、《孝经刊误》一卷、《小学》六卷、序定《大学章句》一卷、《中庸章句》一卷。此外，还有《武夷精舍杂咏》十二首并序、《武夷棹歌》等一批诗文和书信。
淳祐四年（1244），朱熹季子朱在、孙朱鉴因精舍“荒苔蓿草蔽荫”，故加以重修，“葺治而广大之”，当时任建宁知府的王遂为之撰《重修武夷精舍记》（董天工《武夷山志》卷十）。
景定二年（1261），崇安县令林天瑞又在书院中创古心堂，由官府设山长主其事。咸淳四年（1268），官府又大加营建，程若庸曾任山长。元代也曾修葺一新，詹光祖、游鉴、江应、詹天祥相继担任教授。元末毁于兵火。
明正统十三年（1448），朱熹八世孙朱洵、朱澍重建。正德十三年（1518），当局曾辟地重建。明清时期，曾前后数度重修，康熙五十六年（1717），闽浙总督觉罗满保捐俸倡修，今残存书院厢房。
考亭书院
朱熹创建的第四所书院，在福建建阳三桂里考亭。初名竹林精舍，绍熙五年改名为沧洲精舍，淳祐四年御书“考亭书院”。
绍熙二年（1191）朱熹离漳州知府任后，将其家从崇安五夫迁居建阳童游。绍熙三年，建“竹林精舍”于考亭，在此广招门徒，聚众讲学。绍熙五年（1194）十二月，因生员日多，便将精舍加以扩建，更名为“沧洲精舍”，并自号“沧洲病叟”。从绍熙三年至庆元六年（1192—1200）前后约八年，朱熹大部分时间都在书院讲学和著述。这时，曾先后就学于寒泉、云谷、武夷的蔡元定、黄干等众多门人弟子，又聚集考亭，金去伪、李季札、黄灏、蔡念成、陈淳、李燔、叶贺孙、潘时举、蔡沉、杨复、辅广等一大批弟子也先后来此就学，形成了中国理学史上著名的“考亭学派”。
这一时期，朱熹在考亭撰就的著作有《孟子要略》、《韩文考异》十卷、《书集传》六卷、《楚辞集注》八卷、《楚辞辨证》二卷、《仪礼经传通解》三十七卷、《周易参同契考异》一卷等。
宝庆二年（1226），刘克庄任建阳知县，在书院内辟文公祠，以崇祀朱熹，以黄干配祀，真德秀为记。①淳祐四年（1244），宋理宗御书“考亭书院”四大字以赐额。淳祐十一年（1251），福建转运使史季温重建书院内的燕居庙。
元至元二十五年（1288），建宁路判官毋逢辰、建阳尹郭瑛又增修之，熊禾为之作记。至正元年（1341），建宁路通判刘伯颜重新修葺文公祠，虞集为之记。
明天顺六年（1462），建宁府推官胡缉重修，朱熹八世孙朱洵出资以助，彭时为之记。
清康熙三十一年（1692），建阳教谕蓝勋卿、建宁府同知刘邦彦又加以重修，至三十六年（1697）始告成，王绅为之记。康熙四十四年（1705），康熙御书“大儒世泽”匾额，配以“诚意正心，阐邹鲁之实学；主敬穷理，绍濂洛之心传”对联。
书院经历代重修，到清道光年间，其总体格局为：正中是集成殿，左右两庑为竹林、沧洲精舍。前有二门，门外左为道源堂，右为报德祠。此外，尚有碑亭、石坊、十贤祠等建筑物。今仍存明嘉靖十年（1531）建立的“考亭书院”石牌坊。造型古朴典雅，是珍贵的历史文物。