县境东、南临海，有三大海湾：

兴化湾湾口介于福清县牛头尾与莆田县石城角之间。鸡蛋岛北侧是主要航门，兴化湾水道可通三江口和江口港，水道中央有白浮屿，其两侧均可航行。湾口中央水深20米以上，向西渐浅，西部水深不及5米。湾内主要港口有三江口港、涵江港。

平海湾湾口介于平海角和烟墩山（莆禧头）之间。湾口敞向东南，宽约6里，水深2～7米，平海角西侧上欧角西南侧可供小型船舶避东北风。湾内主要港口有前下港、东潘港。

湄洲湾湾口介于莆禧头～惠安县大屿（剑屿）之间，伸入大陆18里。湄洲岛横卧湾口，中部偏北处，〓屿与横屿为内澳，大竹岛附近诸岛的西南侧水道是通往内澳的主航道，水深10～30米。湾内主要港口有秀屿港。