县内河流属山地性河流，受地形和气候影响，其主要特点是：水量丰富，水位季节变化大，流程短，多独流入海，上下游河床坡度差别大，上游水流急，下游受海潮顶托影响。流域总面积1975平方公里。流域面积在50～100平方公里的河流有5条；100～500平方公里的河流有2条，500～2000平方公里的河流有2条。主要的河流有木兰溪、延寿溪、萩芦溪。河流都顺西北向东南倾斜的地势，自西向东流入海中，但其上游支流则各以地势趋向，多南北流或由西南向东北或自西北向东南流。

一、木兰溪

县内最大的河流，发源于德化县戴云山脉余支的笔架山，流经仙游县至华亭镇的俞潭入境，自西向东横贯中部，把兴化平原分割成南北两部分，至三江口入海。全长105公里，在县境内流域面积715平方公里（包括延寿溪流域面积），自木兰陂以下25.8公里是感潮河段，平均坡降为二千二百分之一。木兰陂以上流域面积1124平方公里。径流量：丰水年15.64亿立方米，平水年9.79亿立方米，枯水年5.59亿立方米。

二、延寿溪

发源于仙游钟山乡，称九鲤湖溪，下游在莆田常太乡境内称莒溪，常太乡以下称延寿溪（又称南萩芦溪），经涵江区涵坝注入木兰溪后入海。全长57公里，流域总面积527平方公里，其中，在仙游县的为108平方公里，在莆田县境内的为419平方公里。1958年6月，在延寿溪中游兴建东圳水库，控制321平方公里的流域面积。径流量：丰水年6.11亿立方米，平水年3.74亿立方米，枯水年2.05亿立方米。

三、萩芦溪

为县内第二大河，河流短促，发源于仙游县游洋乡馨角山，经白沙、萩芦，至江口流入兴化湾。全长60公里，流域面积709平方公里，其中境内有662平方公里。宋代，在下游建有太平和南安二陂，1972年，在干流上建外渡引水工程，控制405平方公里的流域面积。径流量：丰水年6.11亿立方米，平水年3.74亿立方米，枯水年2.05亿立方米。

三叉河是萩芦溪最大支流，发源于福清县，全长26公里，流域面积80平方公里，于江口汇入萩芦溪，在中上游建有中型的东方红水库，控制62.3平方公里的流域面积。