县内的五条主要山脉地段，为闽中戴云山脉的分支，皆由仙游县蜿蜒入境，为西北～东南走向。北部有望江山脉，中部有龙贡尾山脉、罗太寨山脉、天子山脉，南部有川云顶山脉。

一、望江山脉

望江山脉发脉于仙游县观音埔山，其分支入境，经庄边乡的望江山（1083米）、白玉山（968米），大洋乡的瑞云山（1015.3米），至新县乡的泗洋山分为二支：一支经圣君山（653米，大洋境内），草堂山（662米，新县境内），大山尾（705米，新县境内），樟江寨（597米，新县与白沙交界处）延伸至萩芦乡的梅洋寨（475米），另一支延伸至江口镇的大帽山。海拔在400～1000米。望江山海拔1083.4米，为全县最高峰。庄边乡境内的大尖顶、大磨顶和大洋乡内的石担山、瑞云山、林斜山海拔均在1000米以上。

二、龙贡尾山脉

龙贡尾山脉系仙游县观音埔山分支入境，经常太乡的龙贡尾山（678米）、笔架山（766米），延伸至银坑山（613米）分为二支：一支至萩芦乡境内的大尖山（596米），另一支至西天尾镇境内的九华山（741米）。海拔一般在400～700米。700米以上的山峰有笔架山、九华山。这些山岭，成为萩芦溪和延寿溪的分水岭。

三、罗太寨山脉

罗太寨山脉系仙游县云居山延伸入境，经常太乡的罗太寨山至鸡角桧山，山脉短促，海拔350～1000米。700米以上的山峰有宁山寨、观音山，均在常太乡境内。该走向的山岭成为延寿溪与木兰溪的分水岭。

四、天子山脉

天子山脉由仙游县洋山延伸入境，经常太乡的天子山、华亭镇的龟山至城厢区境内的天马山，与平原分野，海拔一般在250～700米，最高的山峰是华亭镇的紫微山，海拔767.4米，天子山和龟山，海拔均为742米。

五、川云顶山脉

川云顶山脉由仙游县大尖山延伸入境，经灵川镇的云顶山，延至渠桥乡的壶公山，海拔一般在200～700米。其中，壶公山为最高峰，海拔710.5米。山两侧均有东西向断层通过，显得巍峨挺拔。

在沿海半岛和岛屿部分有许多低山、丘陵，如青山（海拔146米，在黄石境内）、天马寨（海拔132米，在黄石境内）、昆仑山（海拔122米，在北高境内）、五侯山（海拔329米，在笏石、北高、东峤交界）、金山（海拔71米，在东峤境内）、岱前山（海拔110米，在忠门境内）、鹭峰山（海拔311米，在平海、东峤交界）、大蚶山（海拔398米，在埭头境内）、九重山（海拔162米，在南日岛）、大峤山（海拔168米，在南日岛）、鹅尾山（海拔75米，在湄洲岛）、乌丘屿（海拔76米，在大丘屿）等。