南朝陈永定二年（558），邑人郑露舍宅建金仙庵，为见于记载的莆田第一座佛教活动之所。经隋、唐、五代至宋，寺、院、庵、迅速发展，宋置兴化军时，莆田县就有寺院246所。至建国前夕，有寺院737所，僧尼2255人。其中，南山广化寺、龟山福清寺、囊山慈寿寺、梅峰光孝寺、鼓峰涌源寺，为莆田5大丛林。有不少旅外侨僧，在印尼、新加坡、马来西亚建有48个廨院。
建国后，部分僧尼还俗。海外侨僧经常汇款寄物支援祖寺建设。“文化大革命”期间，僧人被逐，寺院被拆改。“文化大革命”后，恢复宗教信仰自由的政策，寺院重新开放，海外侨僧更加踊跃修建拓建祖寺，诸名寺面貌焕然一新。1990年全县有寺、院、庵417个，住僧尼1370人。
一、南山广化寺
广化寺在城厢左南湖（今凤凰山，故亦名南山寺，俗称南寺），历史上为莆田十八丛林、后来的四大丛林之首。今福建的四大禅林，亦以此寺的历史最为悠久。
寺创于南朝陈永定二年（558）；初名金仙庵，后升为院，隋开皇九年（589），升为寺，唐景云二年（711）改名灵岩寺，宋太平兴国元年（976）始名广化寺。
宋代南山有寺2、院10庵120所，僧众达数千人。宋乾道元年（1165）前建成的释迦文佛石塔，精美绝伦，为全国名塔之一。治平二年（1065）的石经幢，亦为极高学术价值的文物。
1949年有住寺僧众60人。1965年有僧众57人，寺区内有山林100多亩，种果树300多株，种香蕉500多株。“文化大革命”中，寺宇毁坏。佛像被砸烂，藏经被作践，僧众多离寺还俗。1980年2月6日中共福建省委批准广化寺对外开放，同年3月26日，成立广化寺修建委员会，负责修复事宜。1981年春节期间，中国佛教协会会长赵朴初，来莆田视察广化寺修复工作。
修复工程得到海外侨僧、侨胞、华人的大力支持，于1984年农历闰十月十五日告竣，隆重举行开光法会，参加的有中外佛教界人士1400多人。
广化寺经过修复、扩建，总面积达32000多平方米，建筑面积17000多平方米。于坐西朝东的中轴线上排列有：照壁、牌坊、山门、放生池、天王殿、大雄殿、法堂（上层藏经楼）、祖堂（上层卧佛殿）。两翼廊庑，左自卧佛殿旁功德堂起，接溪声阁，历圆通、水云乡（通观音阁）而下为尊客堂、伽蓝殿、五观堂（后香积）至天王殿；右自卧佛殿旁般若堂起，接着山楼、方丈、经烟霞窟（通如意堂、地藏殿）而下为净行堂、祖师殿、学戒堂至天王殿。钟鼓楼移建于放生池两侧，高13米，三层四方形，相毗连的为新建的五百罗汉堂。该寺交通便利，环境清幽，为福建十佳风景区之
1981年，设佛经流通处。1983年，设有福建佛学院男众预科班。1986年开办南山广化寺僧众培训班。1990年住僧200多人，是年10月25日，赵朴初第二次来视察时，对广化寺不卖门票，不搞经检，僧众生活安定朴素等大加赞赏，对所发行的佛教道德教育书籍给予肯定。是年，中国佛协表彰了家寺庙为全国样板，广化寺名列第一。
二、龟山福清寺
福清寺在华亭镇龟山上，唐长庆二年（822），名僧无了以“六眸神龟”的导引，来此开山，与徒弟慧忠，日以野菜为粮，辟茶园建庵，因名龟洋。武宗灭佛后重建成为名刹，有院宇9座，名龟洋灵感禅院，僧众500多人。后梁贞明年间（915～920）闽王王审知奏请赐名“龟山福清禅院”。
民国3年（1914）僧平章南渡马来西亚，主持马六甲青云亭。之后，龟山僧人不断南渡，寄归侨汇修建祖寺。民国18年，僧香霖继主青云亭，更大力支持祖寺的复兴。自民国10～21年，该寺先后修建禅堂、客堂、斋堂、法堂、方丈、库房、钟鼓楼、东西庑，又改建天王殿，翻盖大雄殿，整修历代灵塔。1950～1958年间，又先后修砌六眸池，设置自来水管道，建造储水池，新建念佛堂，重修地藏殿、天王殿，塑天王像，修塑大雄殿金像。“文化大革命”中，上列刚修建的建筑物悉遭破坏，僧众离寺还俗。
1978年后。海外侨僧支援修寺。至1988年已修复山门、钟鼓楼、天王殿、六眸池、大雄殿、法堂、方丈、斋堂、禅堂、客堂、念佛堂等，还重建七宝塔，增建学戒堂和招待所，耗资250多万元全寺总面积1.4万平方米。。1987年从山门起，新辟一条直通华亭镇的登山公路，全长7公里，耗资15万元。中国佛协会会长赵朴初亲笔题写“六眸胜迹”匾，高悬于天王殿后檐。1990年住僧41人。
龟山寺在群山中有一片百多亩平洋，岚雾浓重，宜于繁育名茶。宋绍熙《莆阳志》记戴：“莆诸山产茶，龟山第一”。今龟山茶场的“炒绿”茶叶最为著名，除供寺僧饮用及招待施主外，还运到海外侨地寺供佛待客。
三、囊山慈寿寺
慈寿寺在江口镇囊山上。囊山横卧于福厦公路的石庭～涵江段西侧，遥望像古代人席地而坐所凭的“隐囊”，故名，寺在其南麓，为唐名僧涅梁（赐封妙应圆智大师）的道场，光启二年（886）赐名慈寿寺，人们习惯称为囊山寺。
唐代，囊山寺僧众达千人。时福建的琅邪王王审知，拨给太平、霞塘、南隐等处田以供僧粮。景祐初年，殿堂楼阁才全部完备，建有放目亭、云涛亭、苍霞亭、蘸绿亭、石屏轩、松风阁、云卧堂、白云堂、海月堂、延寿堂、西来室、幻如室、净居室、放光室等。宋代，寺为福州至兴化驿路上的宿站，寺僧还负责招待过往官员。15世纪初，寺里僧人有300多人，至“文化大革命”前还有30多人。“文化大革命”开始后，寺宇佛象和山上风景树石多被毁坏，僧众多离寺还俗。1976年后，僧人陆续返寺。1981年经县人民政府批准，列为开放寺院。1982年旅居马来西亚的侨僧悟丹、马来西亚佛协副会长寂晃、旅居印尼的侨僧海涵，汇回捐款援助全面修复。1990年，全寺总面积1.86万平方米，住僧38人。
四、梅峰光孝寺
光孝寺在城厢胜利路中段，宋代此地名梅子岗，崇宁二年（1103）赐“梅林佛国”匾，以此称梅峰寺。
唐江安王后裔莆田白塘（今涵江区洋尾村）人李泮，与妻黄氏，于这满山梅树中的一座观音亭祈生贵子，果于宋元丰八年（1085）生下一男，命名李富。夫妇俩遂舍梅子岗山地100多亩，扩建观音亭为佛宇。崇宁三年（1104）敕赐名崇宁禅寺，政和元年（1111）敕改天宁万寿寺，绍兴七年（1137）改名报恩广孝寺，十二年（1142）才改为今名。这时李富捐资扩建，成为著名的“城市山林”。
“文化大革命”期间，梅峰寺被占改他用。1979年后，侨僧支持重建祖寺。于山巅海拔55米处的古望海亭故址建一座高15米，三重檐、悬栏高阁式的大悲殿，中塑一尊高13米的观世音坐像，前砌广庭、高台、围栏，以供登眺；又于望海亭左侧，扩建大雄殿，成为面阔、进深各5间，三重檐歇山顶的宏伟建筑，并撤民居建天王殿。今大雄殿和天王殿的后檐角柱均保存一对宋代瓜楞柱，明代建的瞻拜亭移前立于两殿之间，其左右为新建的3层钟鼓楼，并以长廊接连成为宫廷式结局；两廊侧分布有客堂、斋堂、禅堂、僧房等配套建筑物；又于天王殿前建一座高10米多，开3个拱券的石牌坊。1990年中国佛教协会会长、名书法家赵朴初题了寺名。是年，全寺总面积0.7万平方米，住僧40多人。