一、林居裔起义
北宋太平兴国三年（978），林居裔（游洋古邑村人）在百丈崖起义聚众，自号西平王，反抗苛捐杂税，涵江陈应功自请为先锋，引兵镇压起义军，战死在桃花洞。百丈起义军进攻泉州城，莆田县令黄禹锡、大官僚陈靖向漕使杨克让乞师。浙西南路转运使冯翊与杨克让率兵从福州南下，援救泉州城。不久，起义军被监军王继升等镇压，林居裔被杀，起义失败。
二、抗元斗争
宋景炎元年（1276）端宗以陈文龙为参知政事。十一月，元将阿刺罕陷福州，福州知府王刚中投降。端宗奔广州，以文龙守兴化。文龙尽散家财，募兵守土。十二月，元军令王刚中遣使劝降，文龙怒斩正使，遣副使持书责王刚中负国。在囊山寺前设伏，连挫元军。元军见多次劝降不成，遂在宋降将林华的引导下攻兴化城，通判曹澄孙开城门投降。文龙力尽被捕，坚强不屈，于次年绝食饿死在杭州岳王庙中。
景炎二年（1277）二月，陈文龙族叔陈瓒率义军抗元，三月收复兴化城，杀死叛将林华等人。朝廷任陈瓒为通判，守卫兴化。陈瓒一面派兵支援张世杰进攻泉州；一面在元军重围中坚守兴化城，但因孤立无援，10月15日城破。陈瓒率所部500人，和元兵展开巷战，力尽被捕，拒不降元，被车裂而死。元兵在兴化城屠城三个时辰，军民死亡达三万多人，“血流有声”。
三、兴化路农民起义
元至正十二年（1352）二月，仙游陈君信率众起义，攻下仙游城后，乘胜进攻兴化路城，莆田黄信一聚众响应。至正十四年（1354）9月，江西王善率红巾军由福安南下，与安溪、南安农民军会合，组成“赣泉军”，并由刘广仁率部进入莆田，进取兴化城，与陈君信部遥相呼应。福建行省严令经历高本祖、万户成三宝和兴化路地方武装分别进剿陈君信部与“赣泉军”，刘广仁部被迫退往仙游，陈君信因内奸告密被俘遇害，农民军终被镇压。
四、亦思法杭兵叛乱
元朝末年，原波斯（今伊朗）亦思法杭商人赛甫丁和阿迷里丁因镇压农民起义，被元朝廷封为“义兵万户”，他们所带的客兵也被称为“亦思法杭兵”。元至正十七年（1357）赛甫丁和阿迷里了割据泉州，当时，兴化地方官争夺权利、互相攻杀，给亦思法杭兵以可乘之机。
至正十九年（1359）三月，阿迷里丁起兵攻陷兴化城，驱逐兴化路分省参政安童，擒分省平章三旦八，据城一个月，四处骚扰，莆田民众群起反抗，阿迷里丁逃回泉州。
至正二十年（1360），兴化路推官林德隆（莆禧人）在黄石集合地方武装攻入路城，驱逐兴化路判官柳伯祥（仙游人），自称兴化路总管。不久，兴化路同知陈从仁（惠安人）和分省右丞藏思丁合兵杀林德隆。林德隆次子林瑛逃到泉州向阿迷里丁求援，阿迷里丁让林瑛回兴化集合武装，自己出兵惠安，牵制陈从仁的弟弟陈同。至正二十一年（1361）四月，藏思丁屈服于亦思法杭兵，诱杀陈从仁。六月，陈同从漳州回惠安，会合柳伯祥的弟弟柳伯顺率兵北攻枫亭，击败林瑛，柳伯顺乘机穷追到吴山（今属忠门）、下林（今属笏石），任意杀人放火。又于七月攻入路城，自称兴化府判。阿迷里丁部下扶信增援林瑛，攻入路城，柳伯顺逃往永福（今永泰县），扶信据路城自称元帅，以林德隆长子林琪为总管。
至正二十二年（1362）二月，泉州市舶司提举、亦思法杭舶商阿巫那（一译“那兀纳”）杀阿迷里丁而统率了亦思法杭兵。扶信惧祸，逃往福州，柳伯顺乘机从永泰攻陷兴化县，并两次进攻路城，不克，退往仙游。
至正二十四年（1364）正月，亦思法杭兵攻陷兴化路城，次年十一月又再次攻陷路城，并北掠至涵江、江口直至福清的渔溪、宏路。
至正二十六年（1366）正月，博拜、大阔攻陷兴化、仙游两县城，所到之地，杀掠殆尽。在亦思法杭兵的进逼下林琪和柳柏顺化敌为友。二月，柳伯顺攻入兴化路城，擒杀阿巫那的部下哈散。博拜倾巢而出，直逼莆田吴山，林琪坚守砺前寨，林瑛以水军接应，在海上遭亦思法杭水军袭击，全军复没，林瑛只身逃脱，沿海一带被亦思法杭兵杀掠一空。亦思法杭兵进而围攻路城。四月，福建行省参知政事陈友定奉兵部命令，率军自路城东北“宁真门”入城，第二天突然从西、南二门杀出，博拜、大阔等数千亦思法杭兵于城下被歼灭，溃逃的残兵也被附近农民用锄头、扁担击毙。七月，陈友定率军攻入泉州擒阿巫那。至此，长达十年之久的亦思法杭兵叛乱遂告平息。莆田人民在这次兵乱中被杀2万多人，房屋被焚毁的有324万家。
五、抗倭战争
十四世纪，日本在内战中失败流亡海上的封建主、武士、海商、游民组成的海盗队伍（史称“倭寇”），一再侵犯中国的东南沿海地区。在嘉靖二十二年至四十二年（1543～1563）的20年中，兴化府先后16次遭其侵掠，沿海群众深受其害，兴化军民奋勇抗击倭寇。
洪武二十年（1387），朝廷派信国公汤和、江夏侯周德兴来闽修筑工事抗。
明永乐八年（1410）十月廿六日，2000多倭寇驾船23艘，在平海登陆，平海卫指挥同知王茂率军奋击，倭寇溃逃。
嘉靖二十三年（1544），兴化卫中所千户白仁、分巡姚凤翔率水师挫败倭寇的袭击，俘倭寇14人。翌年十一月中旬，倭寇从福清海口袭来，白仁率兵在江口侨尾立阵阻击，傍晚寇至，见明军严阵以待，不敢妄动。当晚4名倭探被白仁擒杀。翌日晨，倭寇乘白仁部在东狱庙口早餐时，突然袭击，明军在众寡悬殊，腹背受敌，没有援军的情况下，浴血奋战，白仁战死，士兵大都阵亡。
嘉靖三十二年（1553），平海卫左所千户叶巨卿率水师与驾驶几十艘船来犯的倭寇鏖战，俘倭100余人；同时，泉州卫右所百户张养正也在莆田巡守时击退入侵的倭船，翌日，又登陆，张部奋力抗击，因孤立无援，张养正战死。
嘉靖三十四年（1555）3月，倭船船100余艘乘夜雾企图潜登吉了澳，水寨参将黎鹏命令炮击；并率水寨哨舟与100余艘商船、渔船迎击，击沉倭船3艘，斩倭100余人，俘倭87人，不少倭寇坠海溺死。同年十一月，倭船几十艘袭击莆田沿海，被平海卫千户邱珍率兵击败。倭寇转向白湖，焚舟登陆，进犯涵江。邱珍率百余轻骑迎击，追至东岳山，不幸坠马被杀。兴化卫指挥佥事丁桐，在海上先后共杀倭5人，俘擒倭寇362人，缴获敌船、铠仗无数。
嘉靖三十七年（1558）四月初十，倭寇1000余人自福清直趋三江口登陆，焚掠涵江，进迫兴化府城。是时，府城无兵可用，邑人林兆恩等筹资2000两，请过境的千名湖南麻阳兵（客兵）击退倭寇，保住府城。
嘉靖四十年（1561）自夏至冬，倭寇三次进犯兴化府城周围地区，守将侯熙通倭。倭寇屠荔浦村，血染沟水为赤。都司白震带傜兵来莆，却与本地兵互相仇杀。乡民奋起抗倭自卫。
嘉靖四十一年六月，倭寇由三江口登陆，屯扎蔡垞、杭头等村。蔡垞、杭头诸村的千余户船民奋起抗倭，歼敌一百余人。当时，华亭有数百猎户（虎匠）正在伏击溃逃去白杜的残倭，侯兵向倭敌报信，致使虎匠反中伏击，死伤100余人。七月初，戚继光奉命率部入闽抗倭。戚继光于九月二十日从囊山小道抵兴化府城，半夜，队伍经洋城、青埔，至达西洪，天亮时倭寇踞桥抵抗。由于向导通倭，让倭寇从大道逃退，却引戚军从沟渠四布、桥多道窄的西洪攻敌，致使戚军追击艰难，“三进三出”，泅水夺渡，前哨官周能等90多人牺牲，戚军的后援遭敌截击后退，戚继光怒斩逃阵的哨长刘武等14人，后续部队拼死前进，挫败阻敌。戚军冲进巢与寇拼杀，打败寇，直追残寇于窑兜乡。林墩一役共毙倭2023人，俘其一部分，救出被掳的群众2114人。10月25日，戚继光班师回浙。
嘉靖四十一年（1562）十一月，倭寇乘戚军回浙之机，再次兵分两路进犯福建。从福清入侵的一路在海口登陆直迫兴化府城。知府陈瑞龙指挥所部与居民各界固守，不少群众自动出击杀敌，倭寇屡攻不下。后因知府猝亡，加上城内粮缺，瘟疫流行，城防虚弱。广东总兵刘显奉命来援，至江口派健卒8名从小道进城联系，不幸健卒被擒，犯敌以8名倭寇顶替健卒混进城内作为内应，夜间杀死守城士兵。倭寇从城西北角东岩山（古称乌石山）高处用云梯爬上城垛，兴化城遂于11月29日陷落。摄郡守奚世亮、训导卢尧佐战死。倭寇放火烧掠，杀害军民5000多人，其中包括19名进士，53名举人，356名庠生。兴化府城失陷，御史李邦珍上疏告急，朝廷命谭纶抚闽，征召俞大猷为福建总兵，戚继光为副总兵前来破倭。次年（1563）正月，俞从江西昼夜兼程赶来，府城已陷二个月，刘显、俞大猷各距倭50里外驻营，待戚军兵来。倭寇占城后因城中断粮，饿尸遍地，弃城进踞崎头为巢。都指挥欧阳深率兵入城抚慰难民后，移营东萧。二月，由于轻敌，被倭伏击，欧阳深及所部数百人皆阵亡。倭乘胜进攻平海卫。此时，俞、刘移师秀山、明山，距倭营5里左右列栅坚守，并催促戚军南下。戚奉诏后，由于兵力少，在义乌募兵16天，得万余人，派胡守仁率兵先行，四月初，戚继光率部到了福州，十三日抵达宏路。倭获悉，买通明水师把总许朝光，载财物脱逃出海，剩下3000名黠倭移兵渚林以南许家村结巢。戚继光军趋烽头，经黄石，十九日抵东亭，二十日，参加谭纶、汪道昆召集的军事会议。当夜四鼓，戚军分三路进五党岭侧岭，凌晨逼向倭巢，激战一个时辰，倭寇惨败，退入许厝大巢，后被官军包围。戚军顺风火攻，化倭营为焦土，此役共歼倭寇2300多人，缴获器械3900多件，救出被掳邑民3000多人，二十三日明军凯旋入兴化府城。同年四月与十月，俞、刘、戚军又先后两次痛歼从三江口登陆企图进犯平海的倭军。
六、柯守岳起义
柯守岳，广业里下溪人，与曾建邦联合畲民雷五等于明万历十六年（1588）揭竿而起，十二月廿三日起义军自新县涂糜坑至白沙，包围百户高泰住宅，见其有备，遂至西坞。万历十七年（1589）正月十六日，起义军至院埔大户赖先家，次日杀掉地霸郑志宏。树旗书曰“游天王，镇江山、救万民”。不久起义军开赴永福县五都，打击地方土豪。永福县县令一日三次飞檄福建巡抚周采。周采派把总王子龙带兵征剿。二月初在大洋大战，知县孙继有率军配合围攻。因众寡悬殊，起义军失利，柯守岳、陈文章、雷五等一百多人被杀害，起义被镇压。
七、抗清斗争
清顺治三年（1646），清军占领兴化府，明知府刘永祚自杀。顺治四年九月，常太里潘仲勤、仙游王士玉与郑成功部将杨耿合兵围攻兴化府城，明遗臣东阁大学士朱继祚与余凤、李朝伟、刘元会、林尚奎等起兵响应。清总兵张应元紧闭城门，不敢出战。十一月十七日，清分守道彭遇■带兵到达兴化。十九日，清军出城反攻，抗清义军在太平山和马峰两次受挫，府城围解，清军在莘郊、黄石等地大肆杀掠，死亡3000多人，米谷被掠一空。顺治五年（1648）正月，朱继祚与杨耿合兵再围府城，邑绅黄鸣俊、林嵋等起兵响应，三月，彭遇■等开城东门引入明军，张应元逃往仙游，明军光复兴化城。五月，抗清义军内部发生分裂，潘仲勤被杨耿所杀。七月，清总督陈锟、靖南将军陈泰等率军反攻，明军退出兴化城。朱继祚在赤岐（今属东峤）被捕，于次年遇害。
顺治六年（1649），莆田抗清义军再次集合攻克兴化府城，杀清知府黎树声，但不久城又被清军攻陷。顺治八年，郑成功部攻克平海卫。郭尔隆在寨碉山起兵响应。顺治十年，郑成功遣部将王大振率军驻三江口、涵江，郭尔隆驻黄石、塘下。顺治十二年正月初五，郑军攻克仙游，于十三日移兵攻兴化，次日撤退。顺治十四年七月十二日，郑军至三江口、涵江、黄石等地征粮。顺治十七年又进至黄石一带。