一、三一教

三一教，亦名夏教，明嘉靖三十年（1551）邑人哲学家林兆恩（字懋勋，号龙江）所创立。至17世纪中叶渐致完备。最初流行于莆仙方言区，全盛时流行于福建、浙江、湖北、安徽、河南、陕西、山东、南京、北京等地，至清康熙末年和乾隆年间，两次遭清廷的禁止而衰落。近代三一教随海外移民的足迹，从台湾、东南亚传入欧美。

三一教以儒家纲常伦理为“立本”，以道家的修身炼性为“入门”，以释家的虚空本体为“极则”，主张用儒术治世，道术治身，释术治心，融三教于一体。

信徒入教，称为“入门”，必须履行入教仪式。由老教徒3人介绍，入教者须是“伦纪无亏品行端正”而有恒业（士、农、工、商）者，经掌教师认可后，呈“誓戒启章”，检讨自己“心病”，然后斋戒沐浴，在教主像前焚化“入门启章”和“誓戒启章”。掌教师宣读“入门规则”，并授以“艮背心法”。入门者履行上述仪式，并交纳少量“贽仪”（教费），即为教徒。

入门教徒必须严守教规“明训”：（1）以三纲五常为日用；（2）以入孝出悌为实履；（3）以士农工商为常业；（4）明义利之辨；（5）戒饮过量之酒；（6）戒斗气之勇；（7）戒淫邪之行；（8）日搜己过，痛自忏悔；（9）每日素食一餐。女教徒诫条同，惟其（2）为“以三从四德为实履”；其（3）为“以勤治纺织为常业”。

由于三一教反对道、释二教的出世观和修行法，提出简单易行的在家修行法，宣传中国传统的纲常礼教，劝人勤业行善，要求教徒以身作则，身体力行（在明代倭祸中，三一教为被害群众收尸二万多具就是一例），所以，当时广为群众所信仰。

1949年，县境内有三一教堂祠523所，教徒11820人。

建国后，教徒多在家修身。“文化大革命”中堂祠被毁，一切停业，中共十一届三中全会后，逐渐恢复。近年来台湾省和海外的三一教徒很多来莆田东山祖祠和“先生墓”（在华亭镇后角村）朝拜。1989年4月24日，市社会科学联合会、市政协、东山祖祠联合主办“林龙江学术讨论会”，来自北京、天津、上海、福州、厦门、泉州和美国的专家、学者100多人，共同讨论并交流了中国、美国、西德、日本、马来西亚和台湾学者研究三一教的成果，同时成立了“林龙江研究会”。1990年全县有堂祠490所，教徒148488人。

二、摩尼教·明教

13世纪时，摩尼教曾流行于泉州与莆田，现在世界上已经绝迹。摩尼把基督教、佛教、诺斯替教（早于基督教的希腊、罗马世界性的秘传宗教）和琐罗亚斯德教（伊朗的国教）的思想揉合成为新的教派。教的主神称摩尼光佛，旧译为光明使者，全称为：清净光明大力智慧无上至真摩尼光佛。

摩尼在唐武宗灭佛时期，同外来宗教一道被厉禁之后没有得到恢复。此时洪州、越州的摩尼师逃难进入福建隐蔽下来，当时这些阴阳人以佛教为掩护，摇身一变成了法师，保存了许多摩尼教经典，以合法宗教的面目吸收教徒，称为“明教”。

1987年，涵江扩展公路，发现有块半截碑石，二行文字为；“大力智慧”和“真”字约三分之一，还有“摩尼光佛”四字。1990年，又从涵江区政府礼堂前发现盖水涵的一块略呈三角形的残石，有“清净光”3个完整的字和“明”字的上半，断处恰好与前者吻合。碑的主文为“清净光明大力智慧无上至真摩尼光佛”。它说明摩尼教后身的明教到明代还在莆田涵江地方流行。

三、金堂教

明天启二年（1622），金堂教由邑人蔡文举和陈直斋传入兴化府。

清初，金堂教流行于境内。莆田民间以其教门法事活动一向是关门举行，俗称为关门教其在莆田的传教祖姓蔡，俗称蔡阿公教；以其入教终身吃斋，称它为斋教，也称菜教。教堂中男的称菜公，女的称菜婆。建国前，莆田有金堂教斋堂130处。在一个村里斋堂最多的是黄石龙华（今黄石镇桥兜村龙华），不大的村子，有斋堂10多所，全村老幼男女都是吃斋教徒。解放后，金堂教逐渐消失。

四、先天教

清道光年间（1821～1850），境内出现青莲教，其创始人，系康熙年间（1662～1722）江西省饶州府人黄德辉。由其教徒莆田县西门外安福村人，欧阳德元传入兴化。所奉教义和经典大都是道教的东西。其教自称来自禅宗，奉达摩为初祖。张琴的《莆田县志稿》载：“其教（指先天教）介在道、释之间，本奉达摩初祖，达摩东来后，参中国道教之旨创为禅宗，遂为道、释会流之始。先天二字，道家言也”。

先天教在莆田极盛时，有教堂42处，教徒数千人。斋堂祀观世音菩萨，教徒皆在家修行，守素食，神职人员禁婚娶，已婚嫁的另室别居。经济收入除自给之外，有余则舍之教中为公财。境内现存先天教的斋堂已甚少，秀屿镇尚存6处。