莆田基督教种分天主教和基督教新教二个教派：

一、天主教

明崇祯八年（1635），天主教传入莆田，当时有领洗信徒107人。清康熙年间，湖南人陈某，在平海卫城西门外一里（今平海乡东美村）定居，他和子孙皆为天主教徒。于该村建立湖南堂。为县内第一座天主教堂。之后，境内陆续建起天主教堂、点。清道光十年（1830），建谢厝堂（在今平海乡东美村谢厝），十九年（1839），建平海堂（在平海卫城），二十六年（1846），建南日堂（在今南日乡岩下村），二十九年（1849），建涵江堂（在今涵江塘北山）、设西江边和蔡埭两个教点（今涵江埭里村的西江边、蔡埭）、咸丰元年（1851）建莆田堂（原名若瑟堂，在今城关十字街），光绪十四年（1888）设莒溪教点（在今常太乡莒溪）、溪边教点（在今平海乡溪边），十六年（1890）建上店堂（在今平海乡上店村）、汀岐堂（在今埭头镇汀岐村）、刘厝堂（在今埭头镇潘宅村刘厝）、樟林堂（在今埭头镇樟林村），十八年（1892），建石狮堂（在今平海乡上店村石狮），二十二年（1896），建草湖堂（在今南日乡三墩村草湖），二十五年（1899），建东洋堂（在今黄石镇东源村邹曾徐）、北高堂（在今北高镇北高村），二十七年（1901），设沟下教点（在今平海乡后林）和曾厝教点（在今埭头潘宅村曾厝）。民国19年（1930），增设筶杯教点（在今埭头镇筶杯）。

由于天主教堂、点的增多，传教范围扩大，教徒也不断增加，至1949年，全县有教徒13204人。

建国后，莆田天主教独立自主、自办教会。“文化大革命”期间，教会停止活动。1978年后，境内22个堂点先后恢复正常的宗教活动。1983年成立莆田县天主教爱国会。至1990年全县有教徒13500多人。

二、基督教新教

鸦片战争（1840～1842）前后，基督教新教传入莆田，先后设立的教会有来自美国的中华基督教卫理公会，来自英国的中华圣公会，来自美国的中华基督教青年会、基督复临安息日会。民国初年还有华人创办的中华基督教自立会、真耶稣教会、基督徒聚会处和耶稣自立会等。

中华基督教卫理公会 清道光二十七年（1847），美以美会由美国传入中国，称中华基督教卫理公会。同治四年（1866），南日岛草湖村建立第一座卫理公会教堂。1949年，兴化卫理公会年议会管辖4个教区37个牧区，有牧师、传道100多人，教徒2000多人，听道友和慕道友不计，1990年，境用有信徒1万多人。

清末至民国初期，卫理公会在莆田兴办一些公益事业。先后创办“培元书院”、“福音书院”、“西学斋”（后改名哲理中学）、“内女学”、“美以美会高等女子学堂”、（后改名咸益女子中学）、培元小学、“农工学校”、“美育小学”、“育德女子小学”、“化石小学”、“育贤小学”、“振声小学”等10多所西学堂；开设罗马文、中文铅字印刷的“奋兴报”，创设“美兴印书局”、“美兴书局”；引进生产机器，创办“美兴纺纱织布局”、“兴化面粉厂”、“涵江电报局”；设立“妇幼医院”、“兴仁医院”、“仁济医院”和“利百加孤子院”、盲人学校等。

中华圣公会 清同治元年（1862）英籍传教士宋恩来莆田传道。光绪二年（1876）英教士胡约翰、罗为霖，在莆田成立圣公会莆田支区。至1949年，圣公会在莆田建教堂69座，男女教牧人员52人，正式教徒和听道友共3678人，遍于全县各地。1990年，境内有信徒数百人。

圣公会为传教布道，在莆田兴办一些公益事业。光绪二十二年（1896），创办圣教医院（后改名圣路加医院），又先后于涵江、江口、笏石、梧塘、广宫、和德化设立分院，光绪二十三年（1897），创办兴化双凤医学校，民国元年（1912），创办“圣教医院附设助产士训练班及护士训练班”，（今福建省莆田卫生学校），还先后开办培德女子小学、哲元小学、培贞学等。

中华基督教青年会 基督复临安息日会，这些教会在莆田也广有影响，参加教会的人也不少。

基督教所有各种教会，都信奉上帝，以耶稣为教主，以《圣经》为信条，以办教堂、学校、医院、慈善事业为传教手段。宗教活动仪式基本相同，教徒平时各自读《圣经》、做祈祷，星期六或星期日集中教堂做礼拜，唱赞美诗，讲读《圣经》。教徒家庭婚丧喜庆时，要请牧师行祝福祈祷仪式。解放后，外籍传教士被遣送回国，教会断绝与外国教会的关系，开展自传、自治、自养的爱国革新运动，成立“三自”爱国运动委员会。“文化大革命”期间，教会活动停止，1978年后逐步恢复。全县共有51个堂、点被批准开放为基督教活动场所。