一、海湾 航道 航标
（一）海湾
兴化湾湾 口介于福清市与秀屿区石城角之间，鸡蛋岛北隅是主要航门，兴化湾水道可通三江口和江口港，水道中央有漂屿，其两侧可航行。湾口中央水深20米以上，向西渐浅，西部水深不及5米。湾内主要港口有三江口港、涵江港。
平海湾 湾口介于平海角和烟墩山（莆禧头）之间。湾口向东南开敞，宽约3千米，水深2米—7米，平海角西侧上欧角西南侧可供小型船舶避东北风。湾内主要港口有前下港、东潘港。
湄洲湾 湾口介于莆禧头与泉港区大屿（剑屿）之间，伸入大陆9千米。湄洲岛横卧湾口，中部偏北处，山乐屿与上横屿为内澳，大竹岛附近诸岛的西南侧水道是通往内澳的主航道，水深10米—30米。湾内主要港口有秀屿港、东吴港。
（二）航道
1.内河航道
木兰溪主航道 由仙游城关至涵江三江口，全长62.5千米。从仙游城关会仙码头至濑溪桥头的航道，原可以通航3吨左右的溪船，20世纪50年代废弃。
南北洋航道 俗称“九十九沟”，是木兰溪下游南北洋支渠航道，长235.89千米，通航河道185.55千米，其中南渠长107.57千米，北渠长77.98千米。原可以通航3吨左右溪船、小汽船，因河床逐渐淤浅，航道缩短停运。
延寿溪航道 通航23千米，其中中游的东圳水库区水面316平方千米，坝头至王宫、坝头至常太航道，共长15千米。
2.通海航道
秀屿港航道 最北侧的盘屿西北水道，在进口处螺港礁东侧有浅段，水深6.4米—9米，长约1千米，其余水深10米以上，万吨级以上船舶需乘潮进港。后屿航门与大竹（大德）航门，水深20米左右，大吨位船舶进港可取道大竹航门。大竹航道有剑屿至林齿礁附近，航程12千米，水深在20米以上（航区最窄处长1千米），底质为贝壳砂砾及部分粘土质粉砂，航线较直，10万吨级大轮可以通航；从林齿礁至白牛浅滩底部，航程6千米，白牛浅滩切入航槽，最浅处水深5米—7米，航线曲折，只有万吨级以下船舶可以通航；白牛浅滩至秀屿，长11.5千米，底质为贝壳砂砾和粉砂粉土，水深15米以上，3万吨级以上轮船可以通航。湄洲湾10万吨级主航道自剑屿至秀屿，于1994年建成通航，航程
29.5千米，航道底宽250米，航道底标高﹣12.6米，可满足10万吨级船舶乘潮通航。
塔林火电厂支航道 1999年建成通航。航段里程4.33千米，航道底宽120米，航道底标高﹣4.6米，2000吨级船舶可以通航。
湄洲岛航道 3000吨对台码头支航道，1996年建成通航，航段里程5.8千米，航道底宽150米（双向航道），航道底标高﹣6.6米，3000吨级船舶可以通航。
枫亭港航道 航道狭窄，低潮时水深几厘米（宽度20米—30米），船舶需乘潮进港，持续时间6小时，从霞桥至陡门1千米，滩涂逐渐扩大成喇叭口，水域长40米—50米，宽10米—20米，涨潮时陡门码头比霞桥码头水深。从陡门至南寺仔牛头湾0.5千米，低潮时水深0.20米—0.30米，滩涂宽阔。从南寺仔码头至秀屿705千米。
三江口港航道 自东筶杯灯桩正北0.5海里，至菜屿正北0.8海里（三峰山西北1.5里处），长度7000米，宽度500米，水深1米—3米，底质泥，乘潮水深5.5米，持续时间6小时，可进1000吨级船舶。自赛屿正北0.8海里至三江口码头，长度11.2千米，宽度80米，其中乌鸦联标至草屿和塔分仔屿之间水深不及1米，最浅处0.2米，底质泥，为河口拦门沙浅段，乘潮水深5米，持续时间3小时，可进出1000吨级入船舶。
涵江航道 自三江口码头至涵江海岑前处，长5.6千米，航道宽度40米，弯道曲率半径160米，曲折地段较多，底质泥，乘潮水深3米，持续时间达4小时，可通航100吨船舶。1996年对涵江通海航道中的后宫湾、东宁湾的航道进行截弯取直，缩短航道1824米，缩短后航道长为3.78千米。
（三）航标
1991年，兴化湾内有6座灯桩，即白浮、鸡蛋岛、路岛（小马屿）、岛东、东杯、西杯。平海湾有3座灯塔，即石城角、南日港、箭屿。11月，湄洲湾10万吨级油轮航道开通后，秀屿至剑屿长29.5千米，设置灯浮7个，弹性灯桩6个。1992年4月，在主航道新设各类航标18座。1993年，设立航标站基地，从国外引进新式弹性灯桩，助航设备采用DK-155塑料封灯塔和雷达全方位反射器，其中3座灯浮最大直径3米，高4米；6座弹性灯塔高为11米，最大反射载面积40平方米，最大射程3.5千米；剑屿灯塔占地面积1200平方米，主塔高14米，建筑面积817平方米，共四层。灯塔高出水面69米，安装PRB-46-1灯器，灯光射程151海里，设有转达应答器用雾号，是引导船舶安全进出湄洲湾的大型灯桩。是年起，境内有航标37处，由福州航道涵江航标站管理。1994年，三江口作业区航道有航标7座，即3座灯桩（乌鸦联、草屿、龙舌尾）、1座立标（猪母石）、3座浮标（海口、三江口一标、三江口二标）。2005年8月，市忠湄轮渡公司在长108海里、宽100米的双向通航新航道上安放3个航标，装有国内先进的太阳能发光系统，每个航标重8.5吨。
二、港口 码头 渡口
（一）主要港口
1.秀屿港区
秀屿作业区 秀屿港位于秀屿区东庄镇莆头村。作业区内有多用途码头，杂货码头，集装箱、杂货码头，中原化工码头、煤炭浮舟码头。
3.5万吨级多用途码头。占地面积7万平方米，长304米，水深13.85米，可停靠7万吨级散货船及第三代集装箱船。1994至2001年6月陆续建成投入生产。2003年3月工程验收优良，年设计通过能力110万吨（其中集装箱3万标箱），完成投资2.15亿元。
万吨级杂货码头。长213米，水深11米，停泊能力2万吨，1990年底至1994竣工投产，年设计通过能力35万吨，完成投资5614万元。
3000吨集装箱、杂货两用码头。长149米，水深6.5米，年设计吞吐30万吨（含集装箱1万标箱），1991—1995年投产。
中原化工3000吨级液体化工码头。长66米，水深6米，1996—2000年投产，年通过能力12万吨，完成投资2000万元。
1000吨级煤炭浮舟码头。长66米，年设计能力8万吨。还有300吨码头2座。
秀屿港还拥有5万吨级、2万吨级、1万吨级单点系泊浮筒各一座，堆场15万多平方米，仓库1.6万平方米，各类港口装卸机械30多台。港口服务功能渐趋完善，可进行海上加油、加水。港区开通56米宽的疏港公路，秀屿至莆田城区、涵江、枫亭三条大道与324国道及福泉高速公路相接。至2005年，已建成港口主干道3条，总长205千米，纵深600米，使面积15万平方米的港区连成一片。大小码头7个，其中万吨级2个、千吨级3个、300吨码头2个、配套仓库及堆场8.8万平方米。是年，秀屿港货物吞吐量850万吨。
莆头港作业区 莆头港作业区岸线长3.3千米，可建1万吨—5万吨级通用散杂泊位18个，吞吐能力3000万吨，规划为提供公共运输服务的港口，万吨级化工码头、5万吨级航道前期工作已陆续开展。
石门澳作业 区面积40多万平方千米，大部分为潮间带，地面标高0米—5米，岸线长16千米，可建1万吨—5万吨级通用泊位50个，吞吐能力6000万吨，规划为大型临港工业港区，2005年在建LNG万吨级码头。
2.东吴港区
罗屿作业区 位于湄洲湾北岸东埔镇塔林村与醴泉半岛之间，岸线长5千米，海面宽5千米，水深15米—20米，可建造10万吨—30万吨级以上货泊位15个，吞吐能力1亿吨，规划为大型专业化商业运输港区。2005年，开展前期工作项目有：林浆纸一体化项目相配套的15万吨级集装箱码头泊位1个、5万吨级木材码头3个、3.5万吨级码头1个、25万吨级散货码头及配套的5万吨级中转码头各1个。是年，塔林和罗屿100吨级陆岛交通码头开工建设。
东吴作业区 作业区岸线5千米，水深10米—20米，陆域纵深500米，可建1万吨—20万吨级通用散货泊位15个，吞吐能力800万吨，规划为临港工业区，1999年—2000年，建成湄洲湾火电厂配套码头泊位3个，其中有800吨级煤过驳码头和2500吨级码头。码头岸线212米，年通过能力150万吨，占地6万平方米。2003年，疏港公路开工。2005年，一期工程竣工1.3千米。开展前期工作的项目有：疏港大道、10万吨级集装箱码头泊位1个、5万吨级通用码头2个。
3.三江口港区
三江口港区包括三江口港、涵江港和桥兜港。
三江口港 港区水域面积18万平方米，可利用岸线150米。锚地有浮码头上游锚地面积0.8万平方米，水深7米，可泊1000吨级船舶一艘；浮码头前锚地面积0.7万平方米，水深6米，可泊500吨级船舶一艘；浮码头下游锚地0.7万平方米，水深5米，可泊500吨级船舶一艘。港内避风能力11级。1991年，有泊位12个，最大靠泊能力500吨级，装卸机械5台，最大起重能力10吨，港区货物吞吐量16.7万吨。仓库、堆场总面积6894平方米。1993年11月，300吨级客运浮码头竣工。1997年，三江口1000吨级杂货码头疏港公路通车（即三江口至梧塘）、乌莱港1000吨级陆岛交通码头竣工，购进16吨吊机2台、6吨叉车1辆。1998年，建成综合调度楼1座及港区道路、堆场等基础设备。2000年，港口货物吞吐量57.21万吨。
涵江港 港区位于莆田市涵江区，有港道两条即海岑前港和新开河港。至1991年，货物吞吐量为1.5万吨。1995年，涵江至南日的客运停运。
桥兜港 港区是个简易驳岸码头，前沿水深干出，码头长40米，最大靠泊能力50吨，泊位1个，年综合通过能力1万吨，主要用于堆放件杂货、木帆锚泊和避风。
4.枫亭港点
1991年，货物吞吐量2.31万吨，1988—2000年，货物吞吐量共60.11万吨。2003年5月，港口码头扩建工程开工，2005年1月竣工。靠泊能力500吨，设计年货物吞吐量10吨，客运3万人次。
5.其他港点
文甲港 位于湄洲湾北岸经济开发区山亭乡文甲村（湄洲湾渡口），是平海湾的交界处。水路可通沿海各地，至湄洲岛3海里。文甲港主要为湄洲岛进出大陆的渡口，海峡宽3千米。1997—2000年，建成500吨级文甲陆岛交通码头一座。2001年，文甲候船大楼竣工，建筑面积5000平方米，并添置音像等，在候船大厅设立海上气象实时资料显示屏，为全省沿海码头首创。2005年，港旅客吞吐量70.92万人。
湄洲宫下港 位于湄洲岛北部宫下村，与文甲港隔海相望。1991年，客运量21万人次。1993年，湄洲岛3000吨级对台客运码头开工，1997年建成，年设计吞吐能力20万人次。2000年，对原宫下码头进行改造，码头停泊能力提高到500吨级；建成候船大楼一座，并在码头、大楼设计夜景工程等。2005年，宫下港客运量70.92万人次。
石城港 位于兴化湾内秀屿区埭头镇的石城村。1992年，客运量10.96万人。1993年，建成300吨级车渡码头一座。1997年，笏石至石城码头公路通车。2004年，石城码头候船室落成，面积1060平方米。是年，石城至南日航线每天6次。2005年，石城港客运量达39.8万人。
南日岛港 位于秀屿区南日镇山初村。1993年，建成300吨级滚装码头一座。2005年，增加一艘车客渡轮，在石城、南日码头建立测风站，建立南日码头候船室一处，面积1060平方米。是年，南日岛港客运达39.8万人次。
（二）主要码头
1.港口码头 1992年1月，增设湄洲岛宫下各船停泊点为对台小额贸易点。1993年7月，省政府在原莆田县南日岛浮叶、仙游县枫亭镇海安设立台湾渔船停泊点。是年，境内沿海货物吞吐量万吨以上港口12个、码头26个，在建码头2个，总长度2073.8米，泊位38个（客运12个、货运26个），其中停泊能力3000吨—5000吨级2个，1000吨—3000吨级3个，500吨级4个，100吨—300吨级12个，50吨—100吨级11个，50吨以下6个。各种装卸、运输机械89台，最大起重能力16吨，拖驳船42艘，总载重量8768吨。至1995年，境内先后建成码头泊位9个，累计完成投资1.25亿元，新增港口吞吐能力60万吨。1999年12月，国务院批准秀屿港（含湄洲岛3000吨级客运码头）为对外轮开放的一类口岸。2000年，湄洲湾港务局码头总长1167米，泊位18个，其中万吨级1个、浮筒泊位3个，仓库面积6.2万平方米、容量1.5万吨，堆场面积4.9万平方米6万吨，生产用装卸机械127台。是年，境内有港口码头泊位29个。全市港口设计吞吐能力达396万吨（其中集装箱4万标箱），设计年通过旅客能力为200万人次（含轮渡）。2005年，福建省人民政府增设秀屿综合码头、湄洲湾火电厂码头、湄洲湾中原环保化工码头为一类口岸作业点。是年，境内有港口企业码头长2434米，泊位36个（其中万吨级码头泊位2个、中型泊位5个）。是年，港口货物吞吐量1050万吨。莆田港已与世界29个国家和地区的近50个港口通航。
2.陆岛交通码头 1991—1995年，先后建成500吨南日岛浮叶码头、1000吨级乌菜港码头和500吨级湄洲岛码头（含文甲港码头、宫下港码头）。2001—2005年，相继建成200吨级南日镇小日岛码头、500吨级仙游县枫亭镇海安码头、500吨级南日岛坑口码头、200吨级埭头镇潘宅码头、100吨级埭头东窖码头、100吨级南日岛罗盘码头、100吨级南日岛赤山码头、100吨级东埔镇东屿码头、100吨级东埔镇塔林码头、100吨级山亭乡蒋山码头和100吨级南日岛大鳌屿码头。
附：废弃码头
溪河码头 在木兰溪沿岸有仙游会仙、南山、杉尾、土堀头码头，涵江宫口码头，荔城水关头、黄头、岭头尾码头，共有溪河码头19个，其中货运码头11个，长320米；客运码头长89米。因失去功能而废弃。
水关头码头 位于木兰溪下游北渠荔城水关头，水域以旧汽船站为中心向南北各延长200米，宽18米，面积7200平方米，岸线长0.4千米。简易客运码头1个，长14米，前沿水深1米，5吨级泊位2个。1991年货运量1.8万吨，客运量17万人次。1994年福厦公路扩建改造时废弃。
宫口码头 位于涵江宫口河沟两岸。水域从市顶鳗巷口至汽船站码头两侧止，长400米，宽11米，面积4400平方米，岸线长0.5千米，5吨级泊位1个，货运驳岸码头1个，可停靠3吨—4吨级汽船。1991年，货运吞吐量5万吨，旅客吞吐量12.6万人次。1996年，旧城改造后废弃。
黄头码头 位于木兰溪下游北渠，城厢区霞林村。水域从驳岸码头向两侧延伸60米，宽15米，水域面积900平方米，简易码头1个，长20米，前沿水深0.8米，泊位1个，可停靠3吨沟船，是莆田糖厂专用码头。1991年货运量3.94万吨，后因莆田糖厂倒闭，码头废弃。
岭头尾码头 位于东圳水库坝头西侧，有简易码头1个，长60米，宽6米，前沿水深52米，为东圳水库的客运码头。泊位5个，靠泊能力15吨，航线总长15千米，年客运量20.6万人次。2000年后，公路开通，水路停运。
（三）渡口
上世纪90年代，境内溪河与沿海渡口31个。溪河渡口分布在仙游县的西南、昌山、仪店、东溪库区和仙潭；荔城区下江头、张镇、郑坂、清江、郊下、陡门村和下墩村；城厢区的西许、漳林、下尾、万坂、油潭、园头、南湖和坝头；涵江区的美尾、陈桥。随着公路建设发展，溪河轮渡客运量与日俱减，有的渡口停运，甚至荒废。沿海渡口有湄洲湾北岸开发区的文甲，湄洲岛的宫下，秀屿区的石城、南日、黄瓜、潘泽和秀屿，涵江区的乌莱港、三江口。境内客运量最大为文甲至宫下的渡口，其次为石城至南日的渡口。