莆田市土地管理局成立于1986年10月，核编6人。1991年编制10人，内设办公室、建设用地科和地籍管理科。1993年2月，增设计划财务科。1996年，管理体制改革，市对区、县对乡（镇）实行垂直管理，区级管理机构改称为莆田市土地管理分局。是年，党政机构改革，增设法规监察科，行政编制15名，工勤人员2名，各分局行政编制6名，工勤1名。1997年，成立莆田市地质矿产局，内设办公室、业务科，核定行政编制2名，事业编制4名。2000年，成立湄洲湾北岸分局和湄洲岛分局，编制内部调整。

2002年4月党政机构改革，把原来的市土地管理局、市地质矿产局、市规划局测绘站合并，组建莆田市国土资源局，内设办公室、法规监察科、地籍耕保科、财务科、规划农转用科、土地利用管理科、矿产开发管理科、地质环境科、人事教育科、测绘信息科，及驻局纪检组、监察室，行政编制17名，工勤人员2名。2005年，市国土资源局设局长1人、副局长3人、纪检组长1人，内设科室不变。