一、环保机构
1978年，莆田地区成立环境保护办公室，1983年更名为莆田市环境保护办公室，1991年升格为莆田市环境保护局，2002年核定行政编制12人，工勤1人，设有办公室、污染控制与科技科、监督与自然保护科、环保法制与宣教科。2004年和2005年增编2名。辖管莆田市环境监察支队、莆田市环境监测站、莆田市环境保护科学研究所3个直属单位。
仙游县、荔城区、城厢区、涵江区、秀屿区均设立环境保护局，行政编制共21名，2005年实有人员30人。
二、环境保护宣传教育
莆田市认真实施《全国环境宣传教育纲要》，突出三个面向，即面向决策层，面向企业主，面向青少年。通过开展一系列行之有效的宣传教育活动，初步形成了政府引导、部门联动、社会参与的环境保护宣传教育格局。精心组织开展“4.22”地球日、“6.5”世界环境日主题宣传活动，举办踩街宣传、家庭环保才艺秀比赛，妇女、环境、家园环保知识竞赛，“妈祖之夜”—环保使者演唱会等，普及环保知识，提高公众的环境保护意识。与新闻媒体联合开展环保系列宣传，在电视台开辟“环保之窗”栏目，大力宣传环保政策、法律、法规，介绍环保部门职能职责，公布环境质量状况和报道环保工作动态。加强环保系统在职干部职工的环保知识更新教育，提高依法行政能力，不断加强对企业主的环境教育培训。1991年来，先后举办各类培训班50多期，对企业主进行环境法律法规、可持续发展、循环经济、清洁生产、ISO14000环境管理体系以及实施污染物排放总量控制等方面的教育培训，增强了企业主自觉守法意识和绿色环保理念。开展绿色学校、绿色家庭创建活动，评选表彰环保先进企业。自2001年以来，全市共评出20家环保先进企业。2004年，福建雪津啤酒集团被国家环保总局评为国家“环境友好型企业”。截至2005年，全市共有6家企业通过清洁生产，11家企业通过ISO14000环境管理体系认证，使节约能源、降低能耗、减少污染、增加效益成为员工的自觉行动。
重视青少年的环境素质教育，结合绿色学校创建，采取多种方式，把环境教育渗透到学校教育教学的各个环节之中，努力提高环境教育的质量和效果。截至2005年止，全市共有仙游一中、度尾中心小学荣获国家级绿色学校称号，莆田十中等17所学校被评为省级绿色学校，100所学校获得市、县（区）级绿色学校称号。
三、环保执法
（一）重大和特大环境污染与破坏事故及纠纷查处
2001年制定《莆田市环保系统环境污染事故应急处理实施方案》，2003年制定《处置化学紧急情况工作预案》和《处置核和辐射恐怖紧急工作预案》，2005年制定《突发性环境事故应急预案》《环境污染事故应急监测预案》《环境污染事故应急调查和处理工作预案》。这些应急预案的制定，对预防和减少重大和特大环境污染与破坏事故的发生，起到了重要的作用。自1991年以来，莆田市未发生重大和特大环境污染与破坏事故。
1998年，莆田市成立了市环保110联动办公室，专门负责处理各类环境污染纠纷，制定了《环保110值班制度》《环保110承诺制度》《环保110岗位责任制》《环保110工作程序》等工作制度。至2005年已建成较为完善的市、县、（区）环保110联动机制，组织机构、工作程序、人员配套、管理制度等方面逐步健全。
随着社会的发展和群众环境保护意识的提高，环境污染纠纷呈现逐年上升的趋势。1991年全市共接到环境信访93件，至2005年已上升至2127件。1996—2000年期间，全市共接到各类环境污染纠纷投诉4408件；2001—2005年，全市共受理各类环境污染纠纷投诉8293件，办结7962件，办结率96％。其中废水污染投诉1302件，占15.70％；废气污染投诉2907件，占35.05％；噪声污染投诉3567件，占43.01％，其它污染投诉571件，占6.24％。
（二）行政处罚
莆田市环境保护局建立健全一整套行政执法的有效管理制度，如《行政处罚工作程序》《行政复议工作程序》《行政处罚、行政许可听证办法》《行政处罚案件集体讨论和公开办法》以及行政处罚实行罚款收缴分离制度等，执法工作基本做到执法权限法定化、执法责任明晰化、执法程序公开化、执法行为规范化、执法内容合法化。1991年至2005年，市环保局共立案查处340起环境案件，罚款人民币近80万元。环保行政执法严格执行程序规定，行政处罚40起案件中，1起被提起行政复议，1起被提起行政诉讼，均被判维持原处罚决定。
四、环境影响评价和环保“三同时”
“九五”期间全市共办理环境影响评价审批项目966个，完成应执行“三同时”（同时设计、同时施工、同时投产）验收项目104个、实际执行“三同时”验收项目84个。“十五”期间，全市环境影响评价审批项目2185个，其中报告书34个、报告表1461个、登记表690个，应执行“三同时”验收项目265个，实际执行“三同时”234个。
2000年，市委办、市府办出台《莆田市领导干部环境保护实绩考核方案》，使全市建设项目环评审批和“三同时验收”工作得到了较大加强。2002年开展贯彻《建设项目环境保护管理条例》，全市共检查186个建设项目，对未执行环评审批的28个项目责令补办环评审批手续；对未执行的环保“三同时”的16个项目依据不同情况分别进行了处理。
2003年，开展“1998—2002”年建设项目环保审批及“三同时”清理工作，全市共检查517个建设项目，对10个违规建设项目依法予以处理。2004年开展全市环保专项行动清查活动，共检查建设项目545家，对查出的70家已建成未验收的企业，责令限期进行环保验收审批，并立案处罚了12家违法企业。
2005年，全市又开展建设项目环境影响评价和环保“三同时”制度执行情况清查活动，重点清查了2003年以来的建设项目。全市共检查建设项目1018家，对38个未办理环境影响评价审批手续和66个未办理环保“三同时”验收的违规项目，下达了限期补办环评审批手续和环保竣工验收计划，对严重违法的企业进行了立案处罚。
五、排污费征管
莆田市从1991年开始至2003年6月30日，依据国务院发布的《征收排污费暂行办法》对排污单位征收排污费。从2003年7月1日开始，依据《排污费征收使用管理条例》和《排污费征收标准管理办法》等有关收费规定对排污单位征收排污费。
排污费征收程序一般分为排污申报登记、排污申报登记审核、排污申报登记核定、排污收费计算、排污费征收与缴纳等五个主要环节。排污费资金纳入财政预算，实行收支两条线的规定，作为环境保护专项资金，全部用于重点污染源防治、区域性污染防治、污染防治新技术、新工艺的推广应用等方面的拨款补助和贷款贴息。
“九五”期间，全市征收排污费3303.44万元，“十五”期间，征收排污费4069.02万元。1991—2005年，全市共征收排污费8679.16万元。
2001年开始在全市范围内实行区域污染物排放总量控制，并将污染物控制指标分配下达到各排污企业。对新建项目实行污染物排放总量申请和审批制度，以区域环境质量为目标，控制新建项目污染物排放，实现了由单一浓度控制向浓度总量控制相结合的转变。截至2005年底，全市累计共发放排污许可证（含临时）2060本。2004年莆田市在全省率先开展排污审计试点，当年共完成27家重点企业排污审计，2005年全市共审计200家企业。
六、排污源限期治理
1993年市环境保护局下达限期治理通知，要求兴化宾馆、九五医院、莆田第一中学、税务学校4家单位锅炉限期治理；要求46家鞋业企业有机废气限期治理。1998年市政府以《关于批转莆田市工业污染源达标计划的通知》要求莆田市彩龙化工公司、莆田市金匙玻璃制品有限公司等8家企业的工业废水、废气污染物排放进行限期治理。
1996—2000年，全市列入考核的工业企业118家，建成治理设施149套，达标率为100％。2001年开展严肃查处环保违法行为专项行动，对11家污染设施闲置、偷排、漏排的超标排放污染物的企业，4家建设项目未批先建，没有执行环评要求和“三同时”的企业，1家使用含苯胶水未经治理企业，4家群众反映强烈的污染企业要求限期整改。2002年开展查处环保违法行为遏制污染反弹专项行动，9家企业被责令停产治理，并处罚款13.8万元。2003年开展清理整顿不法排污企业专项环保行动，停业整顿64户家庭式石英作坊，责令2家企业停产，取缔不法排污企业2家，对6家违法企业进行限期整改，共处罚款19.1万元。2004年开展整治违法排污企业及清查放射源保障群众健康环保专项行动，2005年开展整治违法排污企业保障群众健康环保专项行动，共挂牌督办环保问题19个。
七、城市环境综合整治
城市环境综合整治是地方政府对辖区环境质量负责，实行环境质量行政负责制的具体体现。“八五”期间，莆田市加强城市环境治理力度，创建了“烟尘控制区”和“噪声达标区”。市、县、区环境保护机构建设进一步得到完善，1992年，城市环境综合整治定量考核得分为55.88分。“九五”期间，进一步扩建“烟尘控制区”和“噪声达标区”，开展机动车排气监测和木兰溪、萩芦溪流域水环境污染整治，环境基础设施投资力度不断加大，污水处理和城市垃圾无害化处理场开工建设，初步遏制城市环境恶化趋势。“十五”期间，加强生态环境保护，自然保护区面积进一步扩大，城市环境基础设施得到完善，建成了闽中污水处理厂及配套管网、涵江垃圾处理场、大湖垃圾处理场、南日岛风力发电站等一批污染集中防治设施，进一步强化工业污染控制，城市环境质量上升，城市环境综合整治定量考核得分从2003年起连续三年在全省排名第五名。