福建地方病有甲状腺肿、氟中毒等，医药部门把地方性寄生虫病如疟疾、血吸虫病、丝虫病等也列入地方病专项供应中。

疟疾 旧称“瘴疠”，唐代已有记载，在本省流行了1000余年。1953年起，福建各地医药部门配合卫生部门采用流行季节服预防药的方法，降低疟疾的发病率。50年代，省医药公司购进的抗疟药有奎宁、百乐君、环氯胍等。60年代，购进的抗疟药有氯化喹啉、伯氨喹啉、乙胺嘧啶、环氯胍等。这些抗疟药由省医药公司报专项计划，多由上海调入。1962年调入氯化喹啉30万片，伯氨喹啉320万片。1963年，龙岩、南平等林区疟疾流行，省医药公司调入氯化喹啉26.5万片，伯氨喹啉340万片，乙胺嘧啶60万片，环氯胍片1500万片，仍不够用，又向中国医药公司要求增补抗疟药，又调入氯化喹啉35万片，伯氨喹啉310万片，乙胺嘧啶100万片。1964～1965年，省寄生虫病防治研究所在宁化县经过试验，总结出用氯化喹啉1.5克和伯氨喹啉120毫克4日治疗方案，及用乙胺嘧啶50毫克和伯氨喹啉30毫克每隔10～15日服用一次的预防方案，在全省推广。1972年，闽西北32个县疟疾大流行，发病率为238.3人/万。1973～1985年，全省治疗疟疾病人392万人次，服预防药1034万人次。省医药公司调入氯化喹啉2500万片，伯氨喹啉9500万片，乙胺嘧啶7000万片，满足卫生部门防疟、治疟的需要。各地医药部门积极配合卫生医疗单位做好预防工作，采用药物灭蚊和清理蚊虫孳生地等方法，使疟疾的发病率大幅度下降。1985年后，疟疾发病率降到万分之一以下。

丝虫病 清同治十一年（1872年），福建首次发现此病。1958年上半年，木省查出丝虫病患者94万人。省防疫站在闽清县试用大剂量海群生短程疗法，治疗丝虫病。闽西北山区为马来丝虫病流行区，采用海群生1克睡前顿服疗法；沿海一带为班氏丝虫病流行区，采用海群生1克连服3次的疗法。省医药公司购进海群生9000万片，用于防治丝虫病。1962年，采用海群生小剂量递增长疗程方法，防治丝虫病。即每日服药一次，马来丝虫病患者10日服足2.5克；班氏丝虫病患者12日服足4克海群生。该方法减轻了药物反应，迅速在全省推广。1978年，采用海群生药化食盐、虾油、酱油等盐制品防治班氏丝虫病。1979年，省医药公司购进海群生粉6吨，用于加工药盐。1980年，开始控制盐源和盐制品的产销单位，在20个县、市使用海群生药化盐制品防治班氏丝虫病，并用滴滴涕乳剂滞留喷洒灭蚊，截断感染途径，提高防治效果。1987年12月，全省基本消灭了丝虫病。

血吸虫病 福建首例血吸虫病患者，于清光绪三十年（1904年）被发现。1957年，在福清、闽侯、平潭、长乐、龙海、漳浦、南安、同安、仙游、云霄、华安、霞浦等12个县发现血吸虫病患者23949人。省医药公司购进酒石酸锑钾注射液30余万支，供应血吸虫病区，治愈15121人。1958年，中共福建省委成立以省委书记魏金水为首的血吸虫病防治领导小组，拨出大量药品和器械开展防治工作。医药部门供应灭螺药物——五氯酚钠200多吨，酒石酸锑钾注射液50余万支及呋喃丙胺、敌百虫等抗血吸虫药。1972年，省医药公司调入锑——273中速片30万片，血防846滴丸500万粒，防治血吸虫病。全省采用锑——273中速片和血防846滴丸10天联合治疗方法，减轻了药物反应，治愈大多数病人。1979年，省医药公司调入五氯酚钠50吨，呋喃丙胺80万片，敌百虫栓10万个，用于防治血吸虫病。1980年，省医药公司调入吡喹酮50万片，供应霞浦、福清等县，卫生医疗部门使用吡喹酮2天疗法，治愈所有的遗留的病人。1987年，全省消灭了血吸虫病。

地方性甲状腺肿 （简称地甲病）是一种地区性环境缺碘而引起的疾病。1968年10月，莆田县水产公司化工厂制出福建第一瓶精碘。1970年，惠安县涂寨化工厂、32610部队制碘厂等生产碘85公斤，翌年生产340公斤，1979年，全省碘产量为17.73吨；碘作为原料，用于制备防治地甲病等药物。经过调查，全省有48个县、市流行地甲病，患病人数84.3万人。省医药公司调入防止地甲病的药品有碘化钾、复方碘溶液、甲亢平片、甲状腺素钠片和注射液、甲碘安片等。1982年，福建开始使用1/5万浓度的碘盐（即每吨食盐加碘化钾41.3克）防治地甲病。并在厦门同安盐场开碘盐加工厂，生产1/5万浓度的碘盐。以后陆续在福州、邵武、建瓯、永安、南平、荆西（明溪）、石码（龙海）、赛岐（福安）、钟厝（惠安）、龙岩等地建立10个碘盐加工厂。医药卫生部门每年购进捵化钾约2吨，用于生产碘盐。1986年，省人民政府将碘盐浓度提高到1/4万，向缺碘的地甲病县、市供应碘盐。每年消费碘化钾约2.54吨，全省治愈近40万病人。

地方性氟中毒 （简称地氟病）是饮用含氟量过高的水而引起的。80年代，省医药卫生部门调入氟宁片、解氟灵等药品对地氣病患者进行治疗，防治结合，改善了地氟病的流行情况。