“九五”期间，福建省按照交通部《道路旅客运输“三优”、“三化”规范》（道路客运“三优”指通过汽车客运站的基础设施、精神文明建设和经营管理，实现道路客运服务的优质服务、优美环境和优良秩序；“三化”指为达到“三优”的基本要求，通过制定道路客运各项服务工作质量标准，实现服务过程程序化、服务管理规范化和服务质量标准化）的要求，结合交通部JT/T200《汽车客运站级别划分和建设要求》的标准，开展创建部、省级文明客运站活动，促进客运站精神文明窗口建设。
1995年9月，省运输管理局核准首批一级道路客运站12个：分别为福州汽车南站、福州汽车北站、莆田汽车站、泉州客运站、石狮长途车站、厦门湖滨、梧村汽车站、漳州长途客运站、龙岩客运站、三明永安长途客运站、建阳汽车站和福安客运站。一级（客货）运输站2个：莆田市运输站、南平市运输站。
为了全面推行“三优”、“三化”目标管理，省运输管理局专门成立领导小组，全省统一布置、统一要求，规范站务操作规程，消除“脏、乱、差”，完善软硬件设施，福州南站、泉州客运站、厦门湖滨站、龙岩客运站、永安客运站和建阳汽车站6个单位分别被评为“交通部先进单位”。24个一、二级客运站被评为“省级文明客运站”。
1995－1996年，各地开展创建省级文明客运站活动，福州汽车客运南站、建阳汽车客运站、厦门湖滨汽车客运站、龙岩汽车客运站、泉州汽车客运站、永安汽车客运站和福安汽车客运站被评为“省级文明汽车客运站”；厦门梧村汽车客运站和漳州汽车客运站被评为“创建文明客运站先进单位”；福州市交通运输管理处汽车北站管理所、厦门市交通运输管理处汽车管理所和三明市交通运输管理处驻车站办公室被评为“驻站管理所（办）先进集体”。
1997－1998年，全省有24个汽车客运站获得“省级文明汽车客运站”称号，福州市4个，分别为省汽车运输总公司福州南站、福州北站、长乐汽车站、福清汽车站；泉州市4个，分别为泉州市汽车运输总公司泉州客运站、南安汽车站、石狮汽车客运新站、晋江市运输公司晋江汽车站；厦门市2个，分别为厦门特运总公司湖滨站、梧村站；漳州市2个，分别为漳州长运总公司漳州长途客运站、平和汽车站；龙岩市3个，分别为龙岩市汽车运输总公司龙岩客运站、上杭汽车站、长汀汽车站；三明市3个，分别为三明市汽车运输总公司三明西客站、永安客运站、明溪汽车站；南平市3个，分别为南平市汽车运输总公司南平客运站、建阳汽车站、邵武汽车站；宁德地区3个，分别为宁德地区汽车运输总公司宁德客运站、屏南客运站、福鼎客运站。
至1999年，各地市基本建有1个中心枢纽站，配有适量的一、二级站，大部分县城建有1个二级站，配有适量的三级站，部分乡镇建有一定数量的三、四、五级站。2000年，全省经交通主管部门批准成立的客运站基本上都已对社会开放，客运管理围绕着“车进站、人归点、站管车、服务好”为中心运作，道路运输站场的投资渠道由单一的国家投资转变为多渠道集资，站点隶属关系和经营方式由单一化发展为多元化。全省拥有客运站场313个（其中运输企业自办119个，社会集资194个）。
2003年，全省共有15个一级客运站，分别为福州南站、福州北站、莆田汽车站、泉州客运站、石狮客运站、厦门湖滨客运站、厦门梧村客运站、漳州客运站、三明西客站、永安客运站、龙岩客运站、南平客运站、建阳客运站、宁德客运站和福鼎汽车南站。
2004年，组织开展全省道路客运站专项整治工作，围绕“以人为本，安全优质，依法治政，规范服务，依靠科技”的指导方针，以坚持发展为前提，以立足安全管理为核心，以提高服务质量和改善站场服务设施环境、促进智能化管理为重点。通过整治，基本实现四项目标：道路客运站安全管理明显加强，安全隐患基本消除；客运站服务质量明显提高，人性化服务全面推进；客运站基础设施得到改善，智能化管理更加普及；客运站环境进一步美化，行业形象更加突出。通过专项整治，全省17个一级站、80个二级站达到《福建省道路客运站考核标准》的要求。
1.闽运福州客运北站
省汽车运输总公司下属国有非法人的专业道路客运企业，部级文明站，一级客运站。
该车站2005年固定资产总额2542万元，占地面积4_5万平方米，在册职工223名。设有3个不同班线方向的旅客候车室，候车室面积2700平方米，座椅1040座，可提供5600人的阶段性最佳旅客候车条件。设有班车发车位42个（其中主发车位24个、区间短途发车位9个、专线发车位9个），日最佳旅客吞吐量为5万人，具备日吞吐旅客7万人的条件。该车站经营客运及行包托运业务，已覆盖全省各市县，并辐射全国20个省、自治区、直辖市，经营客运班车线路达150条，经过站点210个。日均发送班次1100班、旅客1.5万人次，全年客流吞吐量超过1000万人次，可实现站务旅客周转量11亿人公里以上，客票收入3亿元。
2.闽运福州客运南站
隶属省汽车运输总公司，一级客运站。固定资产总额464万元。站区占地15436平方米，地处闹市中心，在南、北、西三个方向上，分别与福厦高速公路、324国道、104国道和316国道连接。有营运线路57条，日发班次700余班，日客流量1万人次，经营面覆盖全省各县、市，并辐射浙、苏、赣、鄂、鲁、粤、桂、沪及京7省2市。
3.福州汽车西站
省汽车运输总公司与福州鼓闽运输服务有限公司共同投资建设的股份合作制车站，2001年3月建成投入使用，一级客运站。车站位于鼓楼区杨桥西路，与京福高速路福州西大门相连接，总占地面积31亩，投资3000余万元，职工120人，是集旅行、饮食、住宿为一体的福州地区四大公路主枢纽之一。
该车站服务设施完备，有进站营运班车400多辆，营运班线40多条，主要经营尤溪、屏南、古田、永泰、闽清和闽侯等线路，日发班次800余班，日均旅客发送量9000多人次。
4.莆田汽车站
隶属莆田汽车运输股份有限公司，一级客运站。1986年改扩建，占地面积约21亩，总建筑面积4947平方米。现有在册员工130名，资产总额6000万元，经营客运线路71条（其中省际19条、市际31条、区内短途21条），进站营运车辆368辆，日发班次1230班，日均发送旅客1.3万人次，年营收7000多万元。
5.泉州汽车客运中心站
隶属泉州市汽车运输总公司，总占地面积3万平方米，总建筑面积28685平方米，绿化面积2500平方米，资产总额8428.58万元。按照国家一级站标准设计、建设，站内有长短途中央空调候车室、X光行李安全检测仪、LED显示系统、消防控制系统、全方位24小时电脑电视监控系统、智能语音广播系统和触摸屏查询系统等，站务作业全面微机化。拥有营运车辆935辆，已开通客运班线180条，覆盖全国21个省、自治区、直辖市的200多个县、市，营运里程约16万公里，日发长短途客运班车1578班次，年旅客运量达388万人次。
6.泉州客运站
隶属泉州市汽车运输总公司，一级客运站，位于泉州市温陵路与泉秀路交汇处，固定资产总额781.6万元，占地面积22534平方米，绿地面积2565平方米。站内设有长短途快运空调候车室、X光安全检测仪、LED显示系统及全方位24小时电脑电视监控系统。2002年11月，通过ISO9001：2000国际质量管理体系认证。2005年发送旅客量800万人次。
7.石獅长途车站
隶属泉州市汽车运输总公司，一级客运站，位于石狮市区，固定资产总额2812.5万元，占地面积6600平方米，停车场面积15412平方米。站内设施完善，站务作业实现电脑系统智能化管理，与总公司范围内的客运站点实现分步运务管理，配置电子屏幕显示、安装语音广播系统、危险品检测仪及电子触摸屏，能够让旅客查询市区交通图、班次营运线路图和班次信息等。已开通北京、上海、山东、辽宁、江苏、安徽、浙江、江西、湖南、湖北、四川、重庆、贵州、广东、广西及陕西16个省、自治区、直辖市和省内跨区、区内客运班线，营运线路达130多条，日发班车1200多班次，日均运送旅客2万多人次。
8.晋江长途汽车站
隶属泉州市汽车运输总公司，一级客运站，固定资产总额597万元，占地面积35251.89平方米，职工93人。拥有营运线路235条，日均发车515班次，日均运送旅客1.5万人次。
9.厦门市湖滨长途汽车站
隶属厦门特运集团有限公司车站管理分公司，一级客运站，位于厦门湖滨南路，员工85人，占地面积16024平方米，其中，站房面积7056平方米，停车场面积8968平方米。主营线路范围辐射福建、广东、广西、云南、贵州、湖南、湖北、四川、河南、浙江、江苏、安徽、山东、江西和海南15个省份及北京、上海、重庆3个直辖市和香港1个特别行政区。
10.厦门松柏长途汽车站
厦门特运集团有限公司车站管理分公司，一级客运站，车站总用地面积〗7700平方米，总建筑面积6600平方米（其中，候车室2000平方米，售票房600平方米，行包房1000平方米，站前广场3000余平方米），发车位18个，经营线路108条（覆盖全省各市、县，并辐射到江西、湖南、湖北、浙江、江苏、安徽、山东、河南、上海、北京等省、直辖市），进站经营客运班车830辆，日发班车900多班次，日发送旅客约1万人次。
11.漳州客运中心站
位于漳州市区水仙大街和九龙大道交叉处，一级客运站，2005年9月20日起投入使用。固定资产总额3850万元，日发送旅客1万人次。占地面积40.2亩，由主站房、站前广场、停车场、加油站和维修车间等部分构成。其中，主站房底层占地面积5476平方米，总建筑面积14900平方米，标准发车位22个，候车厅1500平方米，售票厅340平方米。站前广场面积2800平方米，停车场13500平方米。漳州至漳浦、华安、长泰、漳平、厦门、南通、常州、无锡、上海、南宁、贵阳、宁波、温州、平阳、武汉和长沙的客运班车由客运中心站始发。
12.漳州客运站
固定资产总额2200万元，一级客运站，占地面积17169平方米，其中，车场11000平方米，主站房3500平方米，候车厅1279.2平方米，售票厅463平方米，行李房927平方米。设12个发车位。日发班车327班次，营运班线达到28条，其中省际10条，车站旅客日流量约1万人次，主要运营道路旅客普客、高速运输。
13.漳州客运西站
隶属漳州市长运集团有限公司，一级客运站，位于漳州市胜利西路西洋坪地段，固定资产总额2100万元，建筑面积为6600平方米，2000年元月投入使用，2002年9月通过一级客运站考核验收，有员工30人，进站营运班车71辆，日发班车109班次。
14.三明长途汽车客运站
隶属福建闽通长运股份有限公司，固定资产总额922.67万元，占地面积约6000平方米，建筑面积4598平方米，营运班线57条（通往闽、浙、赣、粤、沪、苏等省、直辖市的30多个地市），进站营运客车200余辆，日发班车400余班次，年疏运旅客167万人次以上，行包货物日吞量达500余件，年营收额超过4600万元。
15.闽通三明汽车西客站
隶属闽通长运股份有限公司，一级客运站，固定资产总额1369.6万元，占地面积19-161平方米，有营运班线65条（可直达闽、浙、赣、粤等省的30多个城市），日发班次200班，日均接送旅客3000多人次，年营业收入达3000万元。
16.永安长途汽车客运站
一级客运站，资产总额294.77万元，占地7615平方米，建筑面积1235平方米，职工93人。运用微机与网络管理，采用LED信息发布及智能化信息双语广播系统。有进站营运车辆220辆，经营省内外及县内班线79条（可直达闽、沪、浙、赣、粤等省、直辖市，开通永安至福州、永安至三明、永安至上海、永安至宁德及永安至福清等直达班车），日发班次548班，全年平均日发送旅客6000多人次。
17.南平汽车站
位于南平市江滨南路8号，1996年建成投入使用，一级客运站。现有资产总额579万元，在册职工人数79人，占地面积7800平方米。拥有客运班线36条，其中，跨省8条、跨区19条、跨县9条。日发班次269班，其中，省际班次14班、跨地（市）班次90班、跨县（区）班次165班。
18.建阳汽车站
一级客运站，占地面积8196平方米（其中站房面积3026平方米），资产总额3362万元。开通客运线路46条（承担建阳汽车站发往全国各地如珠海、广州、深圳、汕头、厦门、石狮、福州、龙岩、三明、大田、温州、路桥、上海、广丰、庆元及丽水等省际、跨区、跨县、市区各乡镇3/4以上的公路旅客运输，以及旅游包车运输服务），日发省内外班车356班，年运送旅客约110万人次，营运收入1800多万元。
19.龙岩客运站
一级汽车客运站，资产总额482万元，占地总面积达20671平方米，拥有站务用房、发车位、停车场、安全检验及修配车间等主要设施设备和配套基础设施。进站营运客车400多辆，营运线路覆盖闽西城乡及省内和广东、江西、湖南、湖北、浙江、上海等省、直辖市的主要城市，日发班次560班，日发送旅客6000多人次。
20.宁德客运站
一级客运站，固定资产总额296.5万元，职工139人，营运客车371台，经营线路45条（省际9条，跨地市县36条），日发班次543班，日均运送旅客6500多人次。
21.福鼎汽车南站
一级客运站，2001年10月开业，固定资产总额1482万元，站房面积7480平方米，停车场面积1万平方米。日发送旅客1万人次，进站营运的客车341辆。进站经营线路71条，日发班车803班次，其中，省际班线18条125班，市际班线5条13班，县际班线7条83班，县内班线41条582班。
22.霞浦汽车站
一级客运站，位于霞浦县三河路，固定资产总额189.39万元，停车场面积1_平方米，候车室面积2400平方米。共有7个售票窗口，8个检票口和20个发车位，日发班车500班次，日发旅客13000人次。车站实行计算机（市内）联网售票，站场设置闭路电视监控系统、危险品检测仪，候车室内安装使用天井式空调、LED全彩色滚动电子大屏幕，采用自动语音合成广播系统。车站经营客运线路32条，每日始发班次196班，开通直达广东、浙江、上海、江苏、内蒙古等省、自治区、直辖市线路，年发送客运量312万人次。