（一）班车客运
班车客运包括城乡班车、普通班车、直达班车等。2005年8月1日起，执行《道路旅客运输及客运站管理规定》，班车客运分类简化为直达班车客运和普通班车客运两种。直达班车客运中途不补充客源，点到点运输，普通班车客运中途可以补充客源。
（二）旅游客运
旅游客运分为定线旅游客运和非定线旅游客运。定线旅游客运包括季节 性的定线旅游客运，按照班车客运的管理方式进行管理。非定线旅游客运又称旅游包车，通过发放省际旅游或者省内旅游标志牌（后改发包车客运标志牌），按照包车客运的管理方式管理。2005年，全省共有旅游客车1311辆/4.10万座。
（三）农村客运
1991年后，农村群众对运输的需求由普及向优质转变。1996年客运附加费调整后，农村客运市场运力过剩的矛盾凸显，面对此情况交通运管机构制定严格的市场准人条件，农村班车客运进入相对平稳期。2001－2003年，柴三机、拖拉机等农用车载客被取缔。全省共淘汰载客厢式农用车、柴三机9000多辆，泉州、厦门、漳州、龙岩及三明等地市基本淘汰了载客厢式农用车，同时，投入中、小型客运汽车或客货两用汽车经营农村客运，并作为省发展农村客运网络化建设试点地区。
2003年下半年，与省交通厅首批发展的莆田市、石狮市、南靖县、上杭县、福鼎市一样，各设区市交通运管机构均选择一个县（市、区）作为省发展农村客运网络化建设试点地区，改善农村客运条件，解决农村客运新一轮“乘车难”的问题。新开通线路87条，新投放客车231辆，建设乡镇停靠站11个，招呼站151个。2004年试点期间，对被确认的农村客运车辆可全额免征养路费、运管费及客运附加费。在2005年试点期间，养路费、运管费按国家规定应缴标准的30％征收，客运附加费按国家规定标准的10％征收。
2004年7月，全省所有试点市（县）开通农村客运线路332条，投放车辆1500辆，开通试点乡镇151个，试点建制村1568个，比试点前约增加10％。2005年底，全省共开通农村客运线路1480条，投放车辆6493辆，开通乡镇974个，占全省乡镇总数的98.68％，开通建制村10396个，占全省建制村总数的71.63％。
（四）春运及旅游黄金周运输
1.春节 运输
自2000年始，福建省道路旅客春节 运输呈现逐年增长的趋势，“学生客流”、“民工客流”、“探亲客流”、“商务客流”和“旅游客流”五种客流都有不同程度的增长。
2.假日旅游黄金周运输
2000年，福建省开始假日旅游黄金周运输。2001－2005年，共迎来“五一”黄金周、“十一”黄金周和春节 黄金周各5个。
（五）出租汽车客运
1990－1994年，出租汽车迅速发展，从少到多，从沿海普及到山区，从中心城市普及到小城镇。1993年，福州市出租汽车经营权开始有偿使用。至1994年底，福建省共有出租汽车9258辆，客位46118座，客运量12959.66万人次，旅客周转量109187.18万人公里，驾驶员14506人，出租汽车行业粗具规模。
1995年，全省共有出租汽车10653辆，客位54354座，客运量14672.76万人次，旅客周转量123775.89万人公里。1996年，出租汽车11533辆，客位59015座，客运量15633万人次，旅客周转量135546万人公里，驾驶员21190人。1997年，出租汽车12972辆，客位67868座，客运量17711万人次，旅客周转量149212万人公里，驾驶员24028人。
1998年，出租汽车14627辆，客位次75651座，客运量20401万人次，旅客周转量160221万人公里，驾驶员31981人。福建省出租汽车行业开始执行交通部颁布的《出租汽车服务规范》，实行出租汽车规范化管理。在统一车容、顶灯、运价的基础上，重点抓好经营者的开业审批、驾驶员上岗前培训和经营行为的检查监督，开展“信得过出租车”竞赛活动，对获得“信得过”荣誉的出租车授予“信得过出租车”标志顶灯，并给予一定的优惠待遇，鼓励驾驶员争当文明使者。福建省出租汽车行业参加交通部和中国道路运输协会组织的“交通出租汽车客运优质服务百日竞赛”，福州、厦门、三明运管处和漳州芗城区运管所被评为“全国出租汽车客运管理先进单位”，厦门海峡出租汽车股份有限公司等3家单位被交通部评为“先进出租汽车企业”，188辆出租车被评为“全国优质服务车”。
2000年，开展出租汽车市场清理整顿工作，提高福建省出租汽车管理水平，引导出租汽车企业走联合、集约、规模化经营的道路，提高企业竞争能力。
2001年，福州、厦门、漳州和泉州等沿海地区的出租汽车绝大部分都达到中、高级档次等级，山区地市出租汽车的结构也有较大改善。同时，全省出租汽车行业开展“笑迎八方客，共建文明城”、“文明出租车”等优质服务活动，引导出租汽车行业文明服务，规范市场。6月，福州市政府颁布施行《福州市客运出租汽车管理办法》和《福州市客运出租车经营使用权出让和转让办法》。7月，福州市对300辆出租汽车经营权进行拍卖，有效期8年。11月，厦门市人大出台《厦门经济特区出租汽车营运管理条例》。2001年全省出租汽车14498辆。厦门、龙岩、三明等地市加大对出租汽车的更新力度，采取报废不更新或报废2辆更新1辆的办法。
2002年底，全省共有出租汽车14461辆，客位72737座，其中，高级车2072辆，中级车4670辆。
2003年，全省共有出租汽车14741辆，莆田、南平两市增幅较大，分别增加145辆和91辆。福州市开展出租汽车招投标工作，对经营权到期的764辆出租汽车进行二次经营权招投标，进一步提高车辆档次。三明、宁德、龙岩三市发展中档出租汽车，淘汰“面的”车辆。
2005年底，全省共有出租汽车14908辆，客位74577座，其中，高级车1684辆，客位8423座，中级车6459辆，客位32506座。福州、莆田、厦门和三明4个设区市和南平邵武市实行出租汽车有偿使用。
（六）“快速”客运
1996年3月，福建省开始培育“快运”体系。厦门经济特区运输总公司在全省率先提出国有全资经营“直达快速客运班车”，厦门至福州线开始试点，被厦门市政府誉为“雷锋号”优质服务班车。高速公路客运始于1998年1月。泉厦高速公路通车后，泉州、厦门、漳州3市5家国有骨干运输企业联合组建跨区域、集约化、规模经营的股份制公司（简称“闽南快运”），首期投放28辆大、中型高档豪华客车，在泉州、石狮、厦门、漳州等线路上运行，实行准点发车，途中不上客，当年获得利润超600万元。此后，福建省又相继组建“福建快运”，投入20多辆高档豪华客运车辆。福建省汽车运输总公司与深圳运发实业有限公司共同组建闽深发快速客运股份有限公司，投人26辆高档豪华大巴，经营福州至深圳省际班车线路，采用“两地各半注册、统一经营管理”的办法，成立第一个跨省市的运输联合体。组建“三福快运”、“南福快运”、“鹭峰快运”3个跨地（市）经济联合体，实行国有全资经营，不搞单车租赁承包，分别由福建省汽车运输总公司与三明、南平、漳州、龙岩市运输总公司、厦门特运总公司共同出资，投入60辆豪华中巴车。同时，还在各地区内跨县（市）干线公路组建不同形式的普快客运，如“南武普快”、“金沙普快”、“雪峰普快”、“明燕普快”等。三明、宁德等地（市）运管机构针对客运市场普遍存在车况老旧、车多客少、抢争客源、经营主体分散、规模过小和承担风险能力差等问题，淘汰旧车，压缩车辆投放数，发展高、中级大中型客车和分线实行集约化组织，实行统一购车、统一结算、统一排班、统一管理，形成利益和行为共同体。主要模式有三种：第一种是以资产为纽带组建股份制有限责任公司；第二种是以合同为约束机制组建客运联合车队；第三种是以国有骨干运输企业为依托，实行个体挂靠经营。2000－2005年，全省共组建快速客运股份制有限责任公司13家、联合车队37家，淘汰老旧车辆2110辆，更新投放高、中档客车1900辆，总投资达6.55亿元。各条线路改制后，平均日发班次提高一倍，车日行程提高65％，实载率提高18％，经济效益提高30％。