典型航道、航标工程19项，其中，1～3项由省交规院完成，4～19项由省港航院完成。
（一）福清湾3万吨级进港大型深水航道工程
为配合福清元洪投资区和松下港区开发建设，该工程与国家海洋局第三研究所等单位协作开展。1992年7月完成施工图设计。航道海域区内礁石多、水深流急，浅滩开挖3～4米后，至2005年尚能保持水深7米以上的原设计水深，保证元洪码头的正常运营。
（二）厦门造船厂10万吨级舾装码头和3.5万吨级滑道船台
该工程是厦门造船厂易地改造工程，设计中结合当地自然条件和地质特点，当时在全省首次采用重力式扶壁结构，工程投资少，施工方便。1999年1月完成施工图设计，2000年建成投产。（三）漳州后石电厂十万吨级航道工程
该大型航道工程所处海区自然条件复杂，设计中经反复研究论证，合理选择航线，设计航道水深14米，晤屿南侧浅滩开挖无明显回淤。航标设计采用灯阵光源新技术，航行安全。1999年8月完成施工图设计。
（四）大型散货码头7万吨级支航道工程
南浦电厂7万吨级支航道，长3.0公里。2004年12月完成施工图设计，2005年与码头同步建成。
（五）福建省内河航运发展规划
包括福建省内河Ⅶ级以上航道，航道总里程约2000公里。按照重要航道和一般航道两个层次进行规划。闽江干流及主要支流航道是本次规划的重要航道，总里程550公里。规划范围内除重要航道外，均为一般航道。其中，九龙江北溪和汀江干流共227公里航道在规划期内开发建设，其余1075公里的一般航道规划作为资源储备加以保护。内河航道规划结合航电枢纽建设，走渠化梯级道路，同时，规划配套建设内河港口基础设施和内河航运支持保障系统。2006年12月完成规划工作。
（六）闽江下游南港航道整治规划
闽江南港航道整治规划从淮安至乌龙江大桥，航道里程40公里。规划提出南港整治线布置和航线布置方案，对南港的水文泥沙条件、河床演变现况进行分析，根据2000－2001年观测的潮位资料推算淮安至峡南设计最低通航水位，采取丁坝和潜坝等整治工程措施，使南港航道达到通航500吨级船舶的Ⅳ级航道标准。2002年12月完成规划工作，并与福建省水利规划院的南港河道整治规划合并，形成闽江南港综合整治规划报告。
（七）福州港闽江通海航道二期整治工程
福建省“八五”期间重点工程，海洋三所、天津水运工程科学研究所、华东师范大学、厦门大学、南京水利科学研究院及华东水利学院等科研单位、高校参与前期工作，由交通部水运规划设计院和省港航管理局设计室联合设计。技术难点在于大屿、新丰、中沙、马祖印、内沙和外沙六大碍航浅滩的整治。项目前期开展全面深入的勘察、科研工作，包括闽江口大规模水文泥沙测验、浅地层剖面探测、钻探、放射性示踪沙和水下地形测量研究等，较全面地掌握闽江口的水文泥沙特征、浅滩演变及其成因、泥沙运动规律。同时，在福建省航道模型试验中心的闽江口通海航道整体物理模型上对各浅滩整治工程方案开展模型试验研究。其中，内沙浅滩是整治的重点浅滩，开展两个阶段共25组工程方案的物模试验以筛选出最佳整治工程方案。1990年2月至1997年11月完成施工图设计。
（八）水口电站升船机承船厢拖运工程
省重点工程。水口电站升船机承船厢长123米，宽16.1米，高6.3米，重量达1300多吨，在马尾造船厂拼装。因水口一福州解放大桥航道底宽20米，水深1.5米，弯曲半径150米，无法满足承船厢拖运要求（航宽50米，水深1.8米，弯曲半径大于300米），且电站1993年4月截流后坝下河段发生剧烈变化，沿程要通过7座大桥，20个浅滩。为确保升船机在翌年汛期前安装好，对电站1〇〇〇立方米/秒、15〇〇立方米/秒、2000立方米/秒和2500立方米/秒四种流量的放水方案进行水面线推算，并对放水方案进行优化（因枯水季节电站的水十分宝贵），最终决定采取上段加大电站下泄流量，中段采取疏浚，下段采取乘潮的方式进行拖运，并对承船厢拖运时间、电站放水时间及流量均作出详细安排。1996年9月28日在马尾拖运，9月29日拖运至水口坝下停泊区，创造了闽江干流拖带航运的最大纪录。该工程的论证研究、设计及实施，确保了水口电站升船机按时安装。
（九）高砂电站坝下至福州航运工程
交通部“八五”期间内河航道建设项目。该建设项目除航道整治工程外，还包括船闸、港口作业区等内河航运支持系统。工可研究和初步设计由交通部水规院和省港航局设计室共同完成，施工图设计由后者完成。1999年6月完成施工图设计。水口一福州航段由于受到水口电站建设、坝下大量无序挖取沙等影响，河床下切，低水位大幅下降。在施工图设计阶段开展多项勘测研究工作，重新推算水口一福州沿程最低通航水位。在抛坝工程设计中，首次在福建省采用土工织物袋填充沙料作为坝芯，上覆块石的结构。
（十）沙溪河三明至高砂坝上航段航运工程
交通部“九五”期间计划项目，1998年12月由省计委批复立项，按V级航道标准建设，通航2x300吨级船队，航段里程为46.7公里。工程建设主要内容有沙县城关电站和斑竹电站两座V级船闸，3个300吨级码头作业区、航道整治工程及航标工程。
（十一）晋江干流航道整治工程
自晋江顺济桥至前浦河段，长13公里。整治前，泉州内港已建成500吨级泊位3个，200吨级泊位3个。但该航段浅滩交错，最浅水深仅0.1米，浅滩总长度为3.2公里，占该航段总长度的21.3％。500吨级的船舶在高潮位时减载方能通航。由于水深严重不足，影响码头的利用率，制约泉州内港航运业的发展。2001年11月完成施工图设计。
（十二）罗源湾深水航道一期工程
按单向航道标准设计。口外锚地至湾内规划的牛坑湾作业区、碧里作业区、可门作业区航道，航程约36.2公里。口外至将军帽航段自然水深条件良好，30万吨级船舶不需要乘潮通航，30万吨级航道底宽为350米（可满足5万吨级双向航道的要求）、航道设计底标高-26.0米（当地理论最低潮面，下同）。将军帽至碧里作业区5万吨级航道设计底宽为200米，S航道设计底标高为-13.5米（为兼顾发展目标，炸礁区炸至-15.0米），5万吨级船舶乘潮通航，乘潮保证率为90％，乘潮历时为10小时，乘潮水位1.54米，可同时满足3万吨级船舶不乘潮通航。2005年4月完成施工图设计。
（十三）福州港江阴港区5万吨级进港航道工程
兴化湾进出港有南日水道和兴化水道两条天然水道。在工程设计中，对这两条航道进行优选，兴化水道顺直，不需炸礁，少量疏浚即可，通航条件优越，而且兴化水道的路屿航门在大潮时水流湍急，可满足大型船舶安全通航，具备将来建设25万～30万吨大型深水航道的条件，而南日水道需炸礁疏浚，航道浅，转向角较大。该工程设计开辟兴化水道作为5万吨级深水航道的通道。2001年12月完成施工图设计。
（十四）湄洲湾10万吨级主航道及支航道
湄洲湾港阔水深，但湾内分布着众多岛屿及水下暗礁。经全面勘察及对多个航线方案比选，确定的10万吨级主航道穿越航门，仅在白牛浅滩航段需少量疏浚，无需炸礁，可在短时间内建成福建省第一条1〇万吨级航道。1991年7月完成施工图设计。
湄洲湾火电厂支航道是火电厂的运煤专用支航道，配套建设水上过驳锚地，用于大型散货船系泊及水上煤炭过驳作业。设计建设1〇万吨系船浮筒，系船浮筒受力计算考虑船舶及风、潮流、波浪的组合，计算锚链所受的拉力及沉锤的破土力，设计采用42吨沉锤及相应强度的锚链及卸扣等，是福建省首次设计建设的大型系船浮筒锚地，1998年10月完成设计。
（十五）泉州后渚港区及通海航道一期整治工程
泉州后渚港区及通海航道平均水深3.3米，航槽流速缓慢，港池平均水深2.7米。工程整治范围：上起石油码头，下至湾口引航锚地，全长16.9公里。工程内容为抛项工程、疏浚工程和航标工程。1996年8月完成施工图设计。
（十六）厦门港航道工程
厦门港1〇万吨级航道一期工程设计阶段，曾对青屿水道以外航线走南碇岛航线（靠近大陆沿岸）和走东碇岛北航线（靠近金门水域）进行反复比选论证。鉴于台湾海峡两岸形势的缓和趋势，且在东碇岛北航线疏浚工程量少，水深条件好，因此设计外航道推荐开辟东碇岛北航线。
内航线做两个方案比选，确定航线条件好的方案。1998年5月完成施工图设计。设计航道尺度按满足1〇万吨级油轮乘潮通航。厦门湾1〇万吨级航道工程在一期工程基础上拓宽增深，航道底标高-12.0米，航道底宽250米，第三代集装箱船基本不乘潮通航。厦门港东渡港区猴屿西航道工程是新开辟进出东渡港区的航段。该航段长3_3公里，最小水深不到1.0米，地形较复杂，水域狭窄，礁石密布。在对多个航道平面方案进行经济、技术比选后，推荐的航线方案炸礁工程量较少，与原东渡航道平顺衔接，与两侧的大屿岛和猴屿岛有一定安全距离，对位于白海豚保护核心区的炸礁工程也提出了全面合理可行的施工组织设计，2001年7月完成施工图设计。
（十七）厦门一金门航道（厦门航段）工程
厦金航道由厦门与金门港务部门共同建设，由省港航院设计厦金航道厦门航段。2005年6月完成施工图设计。从和平码头到水头码头，利用自然水深，不疏浚炸礁，航道沿程配布航标，航线设计难度较大。经扫海测量和查阅历史海图等资料，航线沿四号锚地北缘，避开浅礁，穿二担航门与金门航段平顺衔接。航线布置考虑到已通航数年厦金船舶的习惯航线，完整保留四号锚地。设计航道尺度，除满足厦金客船的通航要求外，还可满足3000吨级货船双向通航，5000吨级货船单向乘潮通航。
该航道航标贴近厦门岛岸边，受岸边建筑物和灯光影响很大，于是省港航院勘测中心会同厦门航标区提出灯浮标灯质和闪率设计采用快闪率（同步闪），可达到最佳的助航效果，明显地标明航道走向和界线，克服厦门环岛路夜间背景灯光影响，并能与邻近锚地、主航道航标区别开来，但该设置不符合现行航标设计规范（规范规定相邻的灯浮标应采用不同闪率），该灯质方案经上海海事局特批后实施。
（十八）三都澳白马港区进港航道工程
三都澳周边岸线总长450公里，海湾总面积570平方公里。澳内湾阔水深，风浪小，是国内少有的优良深水湾。但湾内有不少岛屿，许多航段水深流急且没有明确的航行线路，影响大型船舶航行安全。
白马港区进港航道工程全长60公里，该工程从吉壁角引水锚地至白马港区42.2公里，其中，吉壁角锚地至青山北礁E点长20公里，为双向航道，不乘潮通航万吨级船舶。从E点至白马港区22.22公里，为单向航道，乘潮通航万吨级船舶（乘潮保证率40％）。吉壁角锚地经C点至城澳港万吨级多用码头，长18.2公里，为双向航道，不乘潮通航万吨级船舶。1999年5月完成施工图设计。
（十九）大唐宁德电厂码头5万吨级进港航道工程
乘潮通航5万吨级船舶单向航道，长31公里，航道底宽180米，设计底标高-10.5米，转弯半径为1125.250米，乘潮水位5.2米，乘潮保证率为95％。设计代表船型为225米x32.3米xl3米（长x宽x满载吃水）。2004年4月完成施工图设计。