位于泉州市北郊3公里，主景区最高海拔498米，面积62平方公里，为花岗岩丘陵地貌。1979年开始建设，至1990年，风景内的清源山、灵山、九日山3大景区，已经过初步清理修复，拓建了近3公里的沥青旅游公路，配套建设水、电、游路和服务等基础设施。

1991～1997年，累计投入3000多万元资金，以保护性建设为原则，对风景区内的文物古迹、景物景观进行修复和开发。1991年2月，联合国教科文组织海上丝绸之路综合考察团来泉州考察、游览清源山时，在九日山镌留考察记事石刻一方。同年市政府投资40万元，对三世佛摩岩石雕造像楼宇进行复建。三世佛石雕像为元代石刻，位于碧霄岩崖壁上，原殿堂早已坍毁。复建工作历经2年多，建后的楼阁平面呈“品”字形，一、二层为封闭式屋宇，三层为开敞式亭廊，整个建筑古朴飘逸、小巧典雅，总建筑面积107平方米。1992年4月开始在闽海蓬莱意境区建老君岩山门，于次年3月竣工，建筑面积53平方米，总投资21.5万元。山门以道学“玄妙”为内涵，因名“众妙之门”。正门前庭建三级曲尺形踏步，上下台地分别用黑白石块铺成变形的“太极图”，在阴、阳眼上各竖一方石刻，左侧刻“青牛西去，紫气东来”，右侧刻“老君岩”。1993年5月新建风景区大山门，于次年10月竣工，总投资78.38万元，大山门为牌坊型，高12.6米，宽21米，面阔三间，钢筋混凝土结构，饰以辉绿岩花岗石板材。正面题刻“清源山”；背面为“闽海毓秀”，分别为方毅、卢嘉锡手书。1994年，泉州市政府拨款修缮千手岩寺，并在清泰岩景点建停车场及服务设施。同年10月，在主景区山海大观意境区虎乳泉下方的紫泽洞天谷地，开始兴建清源天湖蓄水工程，1996年建成蓄水，总投资550万元。清源天湖大坝为双曲石拱坝，最大坝高27米，坝顶总长136.3米，总库容11.5万立方米。构成湖光山色、波光云影，为泉山增添秀色。1997年，实施老君岩景区环境改造工程。增辟老君岩《道德经》石刻群，共18方，分置于老君造像前方两侧的绿地上，碑体采用泉州产花岗岩，经文书法以元代赵孟頫手书的《道德经》为范本，阴刻于黑色磨光石板材，镶嵌在白花岗岩碑体上。刻工精湛，具有浓厚的道学意蕴。同年扩建由市区至景区大山门，全长2.5公里的泉山路，并复建清源山弥陀岩大雄宝殿及五观堂、法堂等。1997年9月，建于清源山景区左侧，凤山之麓的少林寺大雄宝殿主体建筑竣工，寺庙用地13公顷，殿前匾额“少林禅寺”为赵朴初题。

清源山风景名胜管理处依据有关法规，先后制定风景区保护措施和管理办法，通过维修和保护，使文化古迹展现新姿。风景区南面地带植被和一级保护区地貌保护较为完好。但二、三级保护区内曾一度出现开山采石、毁林造坟以及盗伐风景林等事件。1996年11月7日，泉州市政府召开清源山风景名胜区管理与保护专题会议，决定由风景区管理处、城市监察大队协同清理风景区范围内违章采石、取土及盗伐行为。半年间共清理76个采石场和3个取土场。同年，泉州市城市监察大队成立清源山监察中队，监察破坏风景资源的违法行为。