1986年～2005年，武义县坚持“预防为主、科学防控、依法治理、促进健康”的方针，加强森林植物检疫，开展林业有害生物综合工程治理和重要森林病虫害预测预报，及时防治灾害性森林病虫害，提高检疫御灾、防治减灾能力，为保护森林资源、维护生态安全保驾护航。2004年3月，县委《关于加快林业现代化建设的决定》提出：“要防止有害生物入侵；要建立健全预测预报、检疫和防治体系。”2005年国家林业局确定武义县为国家级林业有害生物中心测报点，测报对象为板栗病虫、竹子病虫和松毛虫。
森林病虫害防治
1986年～2005年，全县经人工防治仍有较大危害的森林病虫害有10多种。
马尾松毛虫是武义县发生频次最多、产生灾情最重、危害面积最大的虫害。1986年以前松林常受松毛虫危害。1989年松毛虫大发生，发生面积26.7万亩次，成灾面积10.8万亩次，最高虫害等级10级；1990年发生面积22.9万亩次；1995年发生面积17.4万亩次，壶山松林遭到侵袭，虫口密度高达50条／株，各景点设施爬满毛虫，严重影响市民游乐休憩。1986年～2005年全县累计发生松毛虫危害面积10万公顷次，以1986年～1990年、1995年～1996年的7年间危害最重，年危害面积在1万公顷次～1.8万公顷次，7年合计松毛虫危害发生面积8.6万公顷次。
黄脊竹蝗严重危害发生在6月上旬～9月下旬，把竹叶取食殆尽，第二年不出竹笋，严重时使毛竹枯死。2004年，竹蝗发生面积623.33公顷，其中成灾面积96.67公顷，2005年发生面积533.33公顷。危害区域主要在熟溪、泉溪、大田等地。两年投入700人次，防治面积533.33公顷次。
栗疫病曾列为检疫对象管理。县内1989年首次在新宅乡沿溪村野和坑嫁接的板栗苗圃中发现栗疫病危害。1990年在石甲洞村一苗圃又发现板栗栗疫病。1994年柳城、履坦、新宅等乡镇防治栗疫病66.67公顷；1998年全县受灾面积806.67公顷，栗树干枯死亡1万多株，直接经济损失30多万元；2002年防治40公顷。
板栗金龟子主要有铜绿金龟子和鳃毛金龟子两种，主要在履坦、王宅、新宅、柳城等地栗园为害。1990年防治66.67公顷，1993年～1995年防治833.33公顷，2002年防治133.34公顷。
桃蛀螟主要危害板栗，严重危害时造成落果。全县1998年桃蛀螟发生防治266.67公顷。
栗绛蚧危害板栗，全县1990年防治面积26.67公顷，2002年66.67公顷，2004年114.4公顷。
栗瘿蜂影响栗树发芽、抽枝生长，使板栗减产或无收。2004年栗瘿蜂发生，全县防治面积132.47公顷。
其他主要森林病虫害还有：栎掌舟蛾危害麻栎、苦槠，栗皮夜蛾、栗大蚜危害板栗，白蚁危害杉木、古树、经济林，皱鞘双条杉天牛危害杉木，茶袋蛾危害樟树，竹毒蛾危害毛竹，柳杉毛虫危害柳杉，松褐天牛、焦艺夜蛾危害马尾松等。
森林病虫害调查
武义县1986年以后主要开展了4次较大规模的森林病虫害调查。1989年9月～11月，开展了森林植物检疫对象普查，该次普查发现境内分布森林植物检疫对象4种（现均已作为常规管理病虫害）。1991年10月～11月杉木病虫害调查，普查发现杉木病虫害主要有瘿螨、白蚁、皱鞘双条杉天牛等10余种。1996年森检疫对象及危险性病虫普查，发现检疫对象3种（现均已作为常规管理病虫害），补充检疫对象2种，危险性病虫2种。2004年～2005年，进行了林业有害生物调查，发现并采集昆虫标本12目48科520种2000余只，病害标本50盒153只，有害植物标本18只，拍摄各类图片1250张，获省森防站奖励。
森林病虫害综合治理工程
武义县1986年以后开展了马尾松毛虫综合防治、板栗病虫害工程治理和森林病虫害目标管理。
马尾松毛虫综合防治1986年，县政府成立由各部门领导参加的综合防治工程建设指挥部，建立中心测报点1个、副点2个、虫情测报点15个、固定测报样地800个，建立测报网络，开展每年4次的松毛虫预测预报工作；完成松毛虫发生类型区划分；建立综合防治示范林833.87公顷；聘用1名脱产防治辅导员、15名业余森保员，根据测报和实际情况及时开展除治工作。1986年～1988年全县累计防治松毛虫7400公顷。1988年12月，经省工程验收鉴定组人员验收认定，3年挽回木材损失价值163万元，为综合防治总投资的15倍。1986年～1990年、1995年～1996年，7年间累计除治松毛虫面积9333.33公顷，其中飞机防治两次，飞防6933.33公顷，受益松林5472公顷。1996年4月原履坦、邵宅乡防治松毛虫133.33公顷，5月、8月原邵宅乡、桐琴镇设置288盏白炽灯诱杀蛾722公斤，受益松林960公顷，全年全县合计防治松毛虫1225.33公顷。同时加强松毛虫预测预报，制定《武义县马尾松毛虫预测预报技术实施细则》，1986年～2005年累计测报80次。通过综合治理，1991年～1994年及1997年以后，全县基本上没有发生松毛虫灾。
板栗病虫害治理工程1998年，开始实施板栗病虫害综合治理工程。第一期工程期间（1998年～2000年），成立县领导小组；完成工程可行性研究；建立2个示范基地、5个测报点、10个副点，形成了测报网；确定了重点防治对象，开展防治试验。通过宣传培训，引导广大林农科学管理栗园，科学开展病虫害防治。二期工程（2001年～2003年）在一期的基础上，结合栗林病虫害发生的新情况，以营林措施为基础，指导栗农人工、物理、生物等防治措施，保护天敌资源；板栗病虫害监测覆盖率达90％；蛀果害虫发生面积大为减少，虫果率从原来的15.6％下降到4.3％;3年平均增产超过10％，挽回经济损失679万元。第3期工程期间（2004年～2007年）已新建示范林基地2块，调整测报网，完成板栗低产林改造试点。
1997年，武义县列入省板栗害虫测报县。2002年12月，成为国家级板栗病虫害定点测报县。2003年3月，建立国家级中心测报点。此后每年向国家提供至少8次测报数据。
森林病虫害目标管理1992年，武义县围绕“四率”和“一降三提高”开始开展森林病虫害目标管理，提出“四率”的标准是森林病虫害发生率5％以下，防治率60％以上，监测覆盖率60％以上，种苗产地检疫率80％以上。2001年对四率指标进行调整，森林病虫害成灾率0.15％以下，防治率80％以上，监测准确率90％以上，种苗产地检疫率90％以上。
松材线虫病预防监测松材线虫病是危害松树的一种毁灭性流行疫病。武义县根据省统一部署于1991年10月始开展松材线虫病预防监测工作，每年开展春秋两季监测调查。从1991年到2005年累计开展监测调查29期，未发现发生松材线虫病。2003年11月，武义县建立松材线虫病防治工作领导小组，建立测报网，以继续开展每年2次的预防监测调查。同时为进一步加强松材线虫病预防监测工作，开展了松材线虫病防范宣传，通过报纸、广播、电视以及发放宣传资料介绍松材线虫病的危害及预防方法。
森林植物检疫
1986年前，武义县已开展了植物检疫工作，而规范化实施森林植物检疫证制度是在1988年以后。1988年12月，根据省统一部署，县内实行规范化的调运检疫证制度，县林业局《关于开展木材、毛竹等林产品检疫工作的通知》对森林植物检疫证办理程序作了具体明确的规定。1993年，开始规范化实施林木种苗产地检疫合格证制度。同年10月，在种苗产地检疫的基础上，实行产地检疫合格证制度。县内种苗调运凭合格证运输；出县出省凭合格证到县森检站换取“森林植物检疫证书”。
林木种苗调运检疫1988年12月，列入检疫名单的森林植物和植物产品以及所有林木种子、苗木和其他繁殖材料，在调运之前，必须经过检疫，检疫检验后未发现检疫对象的方可调运。每年申请调运检疫检验的有2000批次～3000批次。2004年1月，县政府《关于加强松材线虫病预防监测工作的通知》提出：“对调入武义县的松类材料（主要是电缆盘、包装箱），有关单位要及时向林业部门通报，由林业部门及时进行全面复检”。2005年8月，对从缙云调运进的60多立方米松原木进行了复检，未发现检疫对象。
林木种苗产地检疫1993年10月，县林业局规定：“林木种苗产地检疫于每年9月～10月由森检员及兼职森检员深入实地实施，林产品产检于经营者调运前报检”。同月，武义县制订《武义县种苗产地检疫实施办法》，此年苗木产地检疫12.07公顷，发放产地检疫合格证102份。随着武义县苗木产业的兴起，产地检疫工作量大为增加，2004年，产地检疫226.67公顷；2005年，产地检疫313.33公顷。
林木种苗检疫检查1988年12月，县林业局规定：“凡无检疫证书的木、竹等林产品，一律不得调运，各有关单位（汽车站、运输公司、邮电局等）和检查站应予扣留，报县森检站处理”。1993年10月，又规定：“对无证（检疫证书）调运种苗，将按《植物检疫条例》第十六条规定一律予以查扣”。1994年起在木材检查站增设森林植物检疫检查内容，对无检疫证调运者，一律予以查扣。1995年检查站聘请了17名兼职森检员。2005年仍有兼职检疫员7人。2002年9月～12月，开展森林植物检疫行政执法检查，发现并查处10起违反植物检疫法规规章调运森林植物的案件。
森林病虫害防治检疫机构
武义县森林病虫防治检疫站的前身为县森林病虫害防治站和森林植物检疫站，2002年8月通过国家森防检疫标准站验收。2004年9月，更名为武义县森林病虫防治检疫站。
1986年，县森林病虫防治检疫机构有森防检疫专业技术人员3人。1989年，有国家森检员资格证书的工作人员1人。2005年年底，县森防检疫站有专业技术人员5人，全部获得国家森检员资格证书。