铁路隧道

余慈铁路桃花山隧道 位于与慈溪市分界线（k5+172.5）处，余姚进口处k4+831.42，慈溪出口处k5+480，总长648.58米，市内段长341.08米。1992年4月25日开工，1995年7月18日投用。

大山脑隧道 位于丈亭镇，为杭甬铁路客运专线隧道，全长6209米，2010年尚未通车。

寺前王隧道 位于丈亭镇，为杭甬铁路客运专线隧道，全长685米，2010年尚未通车。

章家山隧道 位于丈亭镇，为杭甬铁路客运专线隧道，全长152米，2010年尚未通车。

公路隧道

章山岭隧道 位于县道上陈至大隐公路双溪口水库改道路段，桩号k10+387到k10+465，全长78米，净宽9米，行车道宽7.5米，净高6.5米。2006年6月开工，2008年4月完工。

戴山岗隧道 位于上陈至大隐公路双溪口水库改道路段，桩号k10+814到k11+063，全长249米，净宽9米，行车道宽7.5米，净高6.5米。2006年6月开工，2008年4月完工。

运河隧道

东旱门隧道是市内唯一的江河隧道。位于杭甬运河k160+480处，全长623.76米。20世纪90年代初建有东旱门桥，为公路桥梁。2007年拆桥建隧道。2008年5月竣工。江底隧道宽17米，净空高4米，可供机动车双向通行。两边非机动车道宽5米，供行人、非机动车过江。在两岸的南、北兰江路各设2个上下人行进出口，其中上行通道安装电梯。隧道顶部航道最高通航水位（吴淞高程）3.2米、最低通航水位2.2米，航道底宽40米，航道底标高负0.3米，隧道顶标高负1.3米。