余姚属亚热带海洋性季风气候区。市域内河姆渡文化遗址证明，植物分布特征复杂，起源古老，地理成分多样，热带、温带和特有成分兼而有之。
1992年，对市内竹子种类资源调查。2010年，对市内维管束植物种类资源调査，全市有蕨类植物26科、67种，裸子植物9科、47种，被子植物123科、1253种，其中具有药用价值的植物共有827种。
余姚种子植物区系含有不少古老类群和孑遗植物。裸子植物中起源于晚石炭纪的松柏类分布有松科(Pinaceae)、三尖杉科(Cephalotaxaceae)、红豆杉科(Taxaceae)；被子植物，有木兰科(Magnoliaceae)8属15种、樟科(Laareceae)7属20种、毛莨科(Ranunculaceae)6属18种和金粟兰科(Chloranthaceae)、木通科(Lardizabaeaceae)，三白草科(Sauvuaceae)等。另外，许多白垩纪和早第三纪就已形成的古老科也有分布，主要有壳斗科、杨柳科、桦木科、榆科、无患子科、胡桃科、豆科、五加科等。
古树及珍贵植物
苏铁(Cycas revolula) 俗称铁树。1999年，列入国家一级保护植物名录。常见。
银杏(Ginkgo biloba) 1999年，列入国家一级保护植物名录。浙江珍稀濒危植物。古树46株：鹿亭乡12株，大岚镇11株(1株树龄750年以上)，梁弄镇10株，四明山镇4株，河姆渡、泗门镇各2株，陆埠、大隐和三七市镇以及梨洲、兰江2个街道各1株。
马尾松(Pinus massoniana) 古树58株：四明山镇47株，梁弄镇8株，鹿亭乡2株，丈亭镇1株。
黑松(Pinus thunbergii) 四明山镇古树1株。
金钱松(Pseudolarix kaempferi) 1999年，列入国家二级保护植物名录。浙江珍稀濒危植物。古树63株，四明山镇47株(1株树龄700年以上)，大岚镇11株，鹿亭乡3株，陆埠镇和梨洲街道各1株。
柳杉(Cryptomeria fortunei)古树47株，四明山镇46株，梨洲街道1株。
水杉(Metasequoia glyptostroboides) 1999年，列入国家一级保护植物名录。常见。
台湾杉(Taiwania cryptomerioides) 1999年，列入国家二级保护植物名录。2010年调查，见于宁波林场。
福建柏(Fokienia hodginsii) 1999年，列入国家二级保护植物名录。浙江珍稀濒危植物。2010年调査，引自陈征海《宁波市四明山区植物名录》。
刺柏(Juniperus formosana) 梨洲街道古树2株。
圆柏(Sabina chinensis) 诗经上称桧。古树16株：大岚镇10株(2株树龄800年以上)，四明山镇4株，陆埠镇和三七市镇各1株。
高山柏(Sablua squamata)别名翠柏。1999年，列入国家二级保护植物名录。2010年调查，见于宁波林场。
竹柏(negeia nagi)浙江珍稀濒危植物。2010年调查，发现于梁弄烈士陵园。
罗汉松(Podocarpus macrophyllus) 梁弄镇古树1株。
三尖杉(Cephalotaxus fortunei) 2010年调査，见于宁波林场。
南方红豆杉(Taxus mirei) 1999年，列入国家一级保护植物名录。浙江珍稀濒危植物。四明山镇古树6株，其中300年以上3株。
东北红豆杉(Taxus cuspidata) 1999年，列入国家一级保护植物名录。2010年调査，见于宁波林场。
榧树(Torreya grandis) 列入国家二级保护植物名录。古树34株：大岚镇19株(1株树龄750年以上)，四明山镇13株，鹿亭乡2株。
杨梅(Myrica rubra) 1987年3月，经市人大通过定为市果。三七市镇有古树10株。1995年4 月，余姚被农业部命名为中国杨梅之乡。
青钱柳(Cyclocaiya paliurus) 四明山镇古树1株。浙江珍稀濒危植物。
枫杨(Pterocarya stenoptera)古树49株：梁弄镇19株，陆埠镇8株，四明山、大岚镇各4株，大隐、三七市镇和梨洲街道各3株，鹿亭乡和河姆渡镇各2株，兰江街道1株。
锥栗(Castanea henryi)亦称珍珠栗。古树5株，其中四明山镇3株、鹿亭乡2株。
苦槠(Castanopsis sclerophylla) 果实可制豆腐。陆埠镇古树1株。
栲树(丝栗栲Castanopsis fargesii) 2010年，市古树名木保护名录记四明山镇古树5株。前志无记。
大叶青冈(Cyclobalanopsis jenseniana) 四明山镇古树1株。
麻栎(Quercus acutissima) 古树6株，其中四明山镇4株、丈亭镇1株、梨洲街道1株。
白栎(Quercus fabri) 四明山镇古树1株。
光叶榉(Zelkova serrata) 浙江珍稀濒危植物。2010年调查，发现于鹿亭半山腰。
沙朴(Cehis tetrandra ssp. sinensis)朴树的亚种。古树15株：梨洲街道4株，大岚、三七市镇各3株，丈亭镇2株，四明山、陆埠镇和朗霞街道各1株。
长序榆(Ulmus elongata) 1999年，列入国家二级保护植物名录。浙江珍稀濒危植物。2010年调査，引自陈征海《宁波市四明山区植物名录》。
春榆(Ulmus davidiana) 古树13株，其中四明山镇3株、鹿亭乡5株、梨洲、兰江街道分别有1株和4株。
榉树(Zelkova schneideriana) 四明山镇古树2株。1999年，列入国家二级保护植物名录。浙江珍稀濒危植物。
厚朴(Magnolia officinalis) 1999年，列入国家二级保护植物名录。浙江珍稀濒危植物。2010年调查，发现于马渚泰夫昌农庄(罗大岙村)。
凹叶厚朴(Magnolia officinalis subsp.biloba) 1999年，列入国家二级保护植物名录。浙江珍稀濒危植物。2010年调查，见于宁波林场。
鹅掌楸(Liriodendmn chinense) 1999年，列入国家二级保护植物名录。浙江珍稀濒危植物。余姚常见，龙泉山南大门西边并排3株。2010年调査，见于宁波林场。
玉兰(Magnolia denudata) 四明山镇古树13株。
荷花玉兰(Magnolia grandiflora) 俗称广玉兰，1987年3月，经市人大通过定为市树。
乳源木莲(Manglietia yuyuanensis) 浙江珍稀濒危植物。2010年调査，引自陈征海《宁波四明山区植物名录》。
乐东拟单性木兰(Parakmeria lotungensis)浙江珍稀濒危植物。2010年调查，见于下坑水库边。
香樟(Cinnamomum camphora) 1999年，列入国家二级保护植物名录。古树118株：陆埠镇23株，牟山镇15株，大隐镇13株(1株1200年以上)，河姆渡镇12株，梁弄、三七市镇各11株，兰江街道10株，丈亭镇和低塘街道各7株，梨洲街道4株，鹿亭乡3株(1株树龄880年以上)，黄家埠镇和朗霞街道各1株。
黑壳楠(Lindera megaphylla) 浙江珍稀濒危植物。2010年调査，见于宁波林场。
云杉青冈(cyclobalanopsis sessilifolia) 四明山镇古树1株。
牛鼻栓(Fortunearia sinensis) 浙江珍稀濒危植物。2010年调查，见于下坑水库溪沟边。
枫香树(Liquidambar formosana) 古树86株：四明山镇46株，鹿亭乡11株，梁弄镇7株，陆埠镇5株，大岚、三七市和丈亭镇各4株，梨洲街道3株，大隐镇和兰江街道各1株。
杜仲(Eucommia ulmoides)浙江珍稀濒危植物。2010年调查，见于宁波林场。
野大豆(Clycine soja) 1999年，列入国家二级保护植物。2010年调査，见于陆埠镇石门村。
黄檀(Dalbergia hupeana)古树8株：梨洲街道3株(1株树龄600年以上)，大岚和陆埠镇各2株，鹿亭乡1株。
皂荚(Gleditsia sinensis) 四明山、陆埠镇和朗霞街道古树各1株。
槐(Sophora japonica) 梨洲街道古树1株。
臭椿(Ailanthus altissima) 兰江街道古树2株。
冬青(Ilex purpurea) 兰江街道古树1株。
三角槭(Acer huergerianum) 古树7株：兰江街道4株，陆埠镇2株，鹿亭乡1株。
苦茶槭(Acer ginnala) 四明山镇古树1株。
枣(Ziziphus jujuba) 黄家埠镇古树1株。
杜英 (Elaeocarpus decipiens) 2010年，市古树名木保护名录记兰江街道古树7株。前志无记，2010年调查报告正文有记，名录中无。
浙江红山茶(Camellia chekiangoleosa) 别名红花油茶。浙江珍稀濒危植物。2010年调查，见于宁波林场。
长柱紫金（Stewartia rostrata) 浙江珍稀濒危植物。2010年调查，引自陈征海《宁波市四明山区植物名录》。
木荷(Schima superba)四明山镇有古树1株。
柞木(Xylosma japonica) 鹿亭乡古树1株。
喜树(Camptotheca acuminata) 1999年，列入国家二级保护植物名录。
紫薇(Lagerstroemia indica)朗霞街道古树1株。
杜鹃(Rhododendron simsii) 俗称映山红，1987年3月，经市人大通过定为市花。
金桂(Osmanthus fragrans)梁弄和陆埠镇、鹿亭乡、朗霞和梨洲街道有金桂古树各1株。
银桂(Osmanthus asiaticus)朗霞街道有银桂古树1株。
柿(Diospyros kaki)大岚镇有古树3株，其中1株树龄500年以上。
刺楸(Kalopanax septemlobus)四明山镇古树4株。浙江珍稀濒危植物。
香果树(Emmenopterys henryi) 1999年，列入国家二级保护植物名录。浙江珍稀濒危植物。2010年调查，见于下坑水库溪沟边。
七子花(Heptacodium miconioides) 1999年，列入国家二级保护植物名录。浙江珍稀濒危植物。2010年调查，见于下坑水库路边灌丛。
绣球荚蒾（Viburnum macrocephalum) 浙江珍稀濒危植物。2010年调查，见于兰墅公园。
野荞麦(Fagopyrum dibotrys) 1999年，列入国家二级保护植物。2010年调查，见于陆埠镇石门村。
短萼黄连(Coptis chinensis var. brevisepala) 浙江珍稀濒危植物。2010年调查，见于马渚泰夫昌农庄。
八角莲(Dysosma versipellis) 浙江珍稀濒危植物。2010年调查，见于马渚泰夫昌农庄。
华重楼(Parfs polyphylla var. chinensis) 浙江珍稀濒危植物。2010年调查，引自陈征海《宁波市四明山区植物名录》。
水稻(Oryza sativa)河姆渡文化遗址表明，7000年前余姚先民大量人工栽培水稻。现为栽培种。
方竹(Chimonobambusa quadrangularis) 20世纪80年代引种过竹苗，不成活。90年代引播过种子，不适宜生长。
主要药用植物
解表药 石香薷(Mosla chinensis)、高粱泡(Ruhus lambertianus)、紫苏(Perilla frutescens)、杭州荠苧(Mosla hangchowensis)、姜(Zingiber officinale)等。
清热药 江南卷柏(Selanginella moellendorfii)、井栏边草(Pteris multifida)、蕺菜(Houttuynia corda-ta)、无花果(Ficus carica)、野养麦(Fagopyrum dibotrys)等。
泻下药 合萌(Aeschynomene indica)、美洲商陆(Phytolacca americana)、乌桕(Sapium sebiferum)、裂叶牵牛(Pharbitis nil)等。
祛风湿药 粗榧(Cephalotaxus sinensis)、水蓼(Polygonum hydropiper)、柱果铁线莲(Clematis uncina-ta)、小果蔷薇(Rosa cymosa)、肉花卫矛(Euonymus camosus)、窄基红褐柃(Eurya rubiginosa)、八角枫(Alangium chinense)、白簕(又称三加 Acanthopananx trifoliatus)、树参(Dendropanax dentiger)、九节龙 (Ardsia pusilla)、赛山梅(Styrax confuses)。
芳香化湿药 黄香草木樨(Melilotus officinalis)、檵木(Loropetalum chinensis)、兰香草(Caryopteris incana)、菖蒲(Acorus calamus)、石菖蒲(Acorus tatarinowii)、金钱蒲(Acorus gramineus)等。
利水渗湿药 蕨(Pterisium aquilinum)、葎草(Humulus scandens)、透茎冷水花(Pilea pumila)、萹蓄(Polygonum aviculare)、垂盆草(Sedum sarmentosum)等。
温里药 浙江樟(Cinnamomun chekiangense)、山鸡椒(Litsea cubeba)、毛山鸡椒(Litsea cubeba var.formosana)、臭辣(Euodia fargesii)、茴香(Foeniculum vulgare)、浙江柿(Diospyros glaucifolia)、柿(Diospyros kaki)、姜(Zingiber officinale)8种。
理气药 苏铁(Cycas revolute)、福建柏(Fokienia hodginsii)、杨梅(Myrica nibra)、化香(Platycaryastrohilacea)、马兜铃(Aristolochia debilis)、木通(Akebia quinata)、乳源木莲(Manglietia yuyuanensis)、柚(Citrus grandis)、野芝麻(Lamium barbatum)等。
消食药 三尖杉(Cephalotaxus fortunei)、野山楂(Crataegus cuneata)、小叶三点金(Desmodiurn mi-crophyllum)、柚(Citrus grandis)、油桐(Vemicia fordii)、蝴蝶戏珠花(Virbumum plicatum f.tomentosum)、萤蔺(Scizpus juncoides)等。
驱虫药 土荆芥(Chennopodium ambrosioides)、龙芽草(Agrimonia pilosa)、云实(Caesalpinia decapeta-la)、油桐(Vemiciafordii)、野胡萝卜(Daucus carota)、香根芹(Osmorhiza aristata)、南瓜(Cucurbita moschata)、天名精(Carpesium abrotanoides )等。
止血药 卷柏(Selaginella tamariscina)、竹柏(Negeia nagi)、金线草(Antenoron filiforme)、羊蹄(Rumex japonicus)、轮叶八宝(Hylolelephium verticillatum)、牛鼻栓(Fortunearia sinensis)、山莓(Rubus corchori-folius)等。
活血化瘀药 线蕨(Colysis elliptica)、龙柏(Sabina chinensis) 、罗汉松(Podocarpus macrophyllus)、丝穗金粟兰(Chloranthus fortunei)、庐山楼梯草(Elatostemastewardii)、荭草(Polygonum orientale)、柳叶牛膝(Achyranthes longifolia)、莲(Nelunibo nucifera)等。
化痰止咳平喘药 锥栗(Castanea henryi)、构树(Broussonetia papyri fern)、虎杖(Polygonumjaponi-ca)、阔叶十大功劳(Mahonia bealei)、瓜子金(Polygala japonica)、天胡荽(Hydrocotyle sibthorpioies)、白花前胡(Peucedanum praeruptorun) 醉鱼草(Buddleja lindleyana)等。
安神药 昆明鸡血藤(Millettia reticulate)、茅栗(Castanea seguinii)、何首乌(Polygonum inultiflorum)、合欢(Albizia julibrissin)、落花生(AracAis Aypogaea)、铁马鞭(Lespedeza pilose)、野灯心草(Juncus setchuensis)7种。
平肝息风药 葱兰(Zephyranthes Candida)、野大豆(Glycine soja)、白背叶(Mallotus apeltus)、一把伞天南星(Arisaema erubescens)、天南星(Arisaema heterophyllum)5种。
开窍药 香樟(Cimamomum camphora)、皂荚(Gleditsia sinensis)、野柿(Diospyros kaki var.sylvestris)、菖蒲(Acrus calamus)、石菖蒲(Acoms tatarinowii)、金钱蒲(Acorus gramineus)6种。
补益药 罗汉松(Podocarpus macrophy11us)、菠菜(Dpinacia oleracea)、蓝花参(Wahlenbergia marginata)、锥栗(Castanea henry i)、土人参(Talinum paniculatum)、杜仲(Eucommia ulmoides)、多花黄精 (Polygonatum cyrtonema)、枸骨(Ilex cornuta)等。
收涩药 梅(Prunus mume)、金樱子(Rosa laevigata)、香椿(Toona sinensis)、盐肤木(Rhus chinensis)等.
涌吐药 狼尾草(Pennisetun alopecuroides)、牯岭藜芦(Veratnnnschindleri)、石蒜(Lycorisradiata)3种。
解毒杀虫燥湿止痒药 乌蕨(Sphenomeris chinensis)、狗脊蕨(Woodwardia japonica)、金钱松(Pseu-dolarix kaempferi)珍珠莲(Ficus sarmentosa var.henryi)、刺蓼(Polygonum senticosum)、莲子草(Alternan-thera sessilis)等。
前志有记2010年调查无记植物
紫柳(Salix wilsonii)。小红栲(Castanopsis carlesii)。榆树(Ulmus pumila)。枸杞(Lycium chinense)。当归(Angelica sinensis)。柃木(Eurya japonica)。鹿蹄草(Pyrola calliantha)。商陆(Phytolacca acinosa)。乌头(Aconitum carmichaeli)。茵陈蒿(Artemisia capillaris)。龙胆(Gentiana scabra)。沙参(Adenophora stricta)。
2005年调查森林有害植物
马唐(Digitaria sanguinalis)。杠板归(Polygonum perfoliatum)。钻形紫宛(Aster suhulatus)。牛皮消(Cynanchum auriculatum)。车前(Plantago asiatica)。藜(Chenopodium album)。乌蔹莓(Cayratia japonica)。互花米草(Spartina alterniflora)。苍耳(Xanthium sibiricum)。葛麻姆(Pueraria lobata var.montana)。狼尾草 (Pennisetum alopecuroides)。凤眼莲(Eichhornia crassipes)。一年蓬(Erigeron annuus)。葎草(Humulus scandens)。
外来野生植物入侵
加拿大一枝黄花(Solidago canadensis)被子植物，双子叶植物纲，菊目，菊科，余姚加拿大一枝黄花大面积发生于2004年，发生面积585.33公顷。2005年，发生881.67公顷。是年，成立市重大农业植物疫情防控指挥部，全年防控加拿大一枝黄花，并在重点区域设立专业队伍以防控为主体的综合治理示范区，进行不间断防治。2010年，一枝黄花发生面积400.2公顷。
豚草(Ambrosia artemisiifolia)菊目，菊科。2004年，首次发现。2010年，阳明街道道路两侧，仍发生0.1公顷。