余姚历史上湖泊众多，但因历代淤废、垦殖，现已所存无几，且大多数已面积缩小。

牟山湖在牟山镇境内，也名西湖、新湖。北靠萧甬铁路与湖塘江，东傍狮子山，南倚姜山，西邻上虞旗山。1949年有水面6.76平方千米，后逐年围垦或改鱼塘。现尚存湖面面积3.36平方千米。

乐安湖 位于马渚镇南寺前自然村，村中原有乐安寺，因而得名。据光绪《余姚县志》载“乐安湖在云楼乡一都，周二十五顷十五亩”。1949年尚有湖面50余公顷，后逐年围垦。现尚存水面面积7公顷。

臧墅湖 位于马渚镇南臧墅湖自然村西。相传此湖曾为贺循家湖，建有别墅，故名。1949年有湖面面积近20公顷，1984年改为鱼塘，现尚存水面面积数公顷。大多成为荷塘。

小楂湖 位于马渚镇南杨岐岙自然村附近，处余姚、上虞交界，湖中以堤为界。余姚旧有1080亩（72公顷）水面，中华人民共和国成立初大多围湖改田，或改鱼塘。现存水面面积数公顷。

鹦山湖旧名余支湖，在黄家埠镇杏山村。旧有湖面240公顷，1952年尚剩80公顷，现存水面数十公顷。

黄沙湖旧称黄山湖， 位于低塘街道黄湖村。据光绪《余姚县志》载：“黄山湖在云柯乡二都，周一百三顷三十三亩一角二十步。南、西距山，东界附子湖，北至海塘，灌田一百顷有奇。”1960年后，逐年围湖改田。现尚存水面面积约6公顷。